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Qu’est-ce que la cartographie du web ?

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Franck Ghitalla

Études cartographiques

Chapitre 12. Archéologie des connaissances

Texte intégral

« Il se peut bien – et encore, ce serait à examiner – qu’une science naisse d’une autre ; mais jamais une science ne peut naître de l’absence d’une autre, ni de l’échec, ni même de l’obstacle rencontré par une autre »,
Michel Foucault, Les mots et les choses, 1966.

1Lorsque l’on me proposa de cartographier les acteurs et les projets de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB), je sautai évidemment sur l’occasion, et pour trois raisons. La première paraît la plus évidente : nous allions pouvoir déployer dans un nouvel espace, ailleurs que sur le Web, nos instruments et notre méthode. Il s’agissait d’opérer la migration délicate de technologies et de compétences humaines vers l’univers cloisonné des bases de données documentaires internes. Pour le documentaliste de la fondation, cependant, notre arrivée ressemblait beaucoup plus à une invasion ! Mais chacun devina rapidement les plus-values que pouvaient représenter des cartographies des activités de la FRB et des communautés de recherche qu’elle avait pour mission d’animer. Pour nous, c’était le premier voyage hors du Web à destination, cette fois, d’un univers circonscrit et discret.

  • 1 Cédric Chavériat, Flora Pelegrin (responsable du pôle Stratégie et animation scientifiques), Fatima (...)

2La seconde motivation de cette expédition tient en la qualité remarquable des informations contenues dans la base, toutes vérifiées et maintenues à jour lorsque le projet a débuté1. La base constituait donc un véritable trésor informationnel, un capital qu’ignorent souvent à mon sens les organisations et qu’elles devraient valoriser. Pour la FRB, cette base est d’autant plus centrale que la fondation avait pour mission de mettre en relation et de fédérer les chercheurs et les structures impliquées dans un type de recherche par nature pluridisciplinaire et souvent international, la « biodiversité ». Cette base, en partie en accès public, a toujours fait l’objet de soins particuliers depuis sa création en 2005, en termes d’évolution technique comme de contrôle qualitatif des données. Elle contenait déjà en 2010 des informations sur plus de 4 300 chercheurs français et 1 200 étrangers qui publient dans des journaux internationaux à comité de lecture et/ou participent à des projets de recherche financés sur appels à projets compétitifs. Elle intégrait aussi à l’époque des renseignements sur 342 laboratoires de recherche français participant plus ou moins directement à la recherche sur la biodiversité, et 308 projets de recherche financés depuis 2005 sur ce thème.

Structure de données indexées dans la base de la FRB.

Base de données
Laboratoires Projets Acteurs
Les identifiants (nom*, abréviation, code d’unité)
Les coordonnées
Les contacts
Une URL Un résumé des activités de recherche
Les mots-clés
Les acteurs qui en font partie
La ou les institutions de tutelles
Les structures qui la composent (les équipes de recherche…)
La ou les structures dont elle fait partie (le département d’une université)
Les identifiants (nom, acronyme)
L’appel à projets
Une date de début et une date de fin
Le pays du coordonnateur
Une URL
Un résumé
Les mots-clés
Les financements s’ils sont disponibles
Les laboratoires participants
Les acteurs participants
Les identifiants (nom*, prénom*)
La fonction (chercheur, enseignant-chercheur, autre acteur)
Les coordonnées professionnelles
Les contacts professionnels (téléphone, fax, email*)
Une URL
Un résumé des activités de recherche
Les disciplines
Les mots-clés
Les terrains d’études
Les écosystèmes étudiés
Les texons étudiés

3Avec autant de descripteurs et de croisements potentiels, la base de la fondation s’est avérée une véritable aubaine pour un cartographe ! On pouvait ainsi multiplier les angles de vue sur les formes et l’intensité d’un réseau de coopération sociale et professionnelle avec une précision que ne permettent pas les données web ou les publications scientifiques. En concentrant nos efforts sur des cartographies représentatives de la dynamique sociale ou collective engendrée par la construction de projets multidisciplinaires de recherche, nous avons éveillé l’intérêt que peut y porter une gouvernance (le terme est horrible !) dans son appétence pour les outils de gestion ou de mesure à long et moyen terme des effets de sa politique de mise en réseau et d’animation, la mission principale de la fondation. S’appuyer sur un état des lieux exhaustif des mises en réseau générées par une politique de labellisation des projets, voilà un chantier qui ne manquait pas d’intérêt pour un cartographe.

  • 2 M. Foucault, L’archéologie du savoir, Paris, Gallimard, 1969.

4Mais la raison essentielle de cette expédition cartographique qui s’est déroulée sur plus d’une année tient en cette question : est-il possible d’esquisser la géographie intellectuelle générale sur laquelle tiennent la recherche en biodiversité, sa tectonique théorique, son architecture scientifique à titre de construction collective ? C’est le type de questionnement qui peut animer habituellement ceux qui connaissent ce champ de recherche de l’intérieur, à titre d’experts. Ou encore ceux dont le travail de recherche consiste à examiner les agencements théoriques qui président aux objets de sciences, nouveaux ou anciens, comme en épistémologie et en histoire des sciences. En l’occurrence, c’est ce même désir qui nous animait donc, à ceci près, évidemment, que nous partions de données massives et capitalisées depuis plus de 5 années. Nous faisions alors le pari que l’analyse de données telle que nous la pratiquions pour les web data pouvait être appliquée aux bases qualifiées de connaissances. De notre point de vue, on pouvait considérer la base de la FRB comme un système d’indexation des traces de l’activité scientifique, qui s’amoncellent comme des couches temporelles dessinant des patterns remarquables et inaperçus jusque-là. Cependant, nous n’avions aucune garantie d’en trouver dans nos données et c’est en toute incertitude que nous avons commencé notre entreprise d’exploration, nourris par le désir de voir déconstruite, là devant nous l’architecture actuelle des connaissances qui se mettent en place autour d’objets complexes et nouveaux tels que la recherche sur la biodiversité comme d’autres pourraient le faire sur l’environnement, les nanotechnologies ou les réseaux. Tout dans cette entreprise me rappelait l’esprit de L’archéologie du savoir2, l’œuvre magistrale de Michel Foucault.

*****

5La fondation nous avait demandé d’étudier la dynamique de coopération entre laboratoires français dans le cadre des réponses aux appels d’offres sur les cinq années précédentes. Cette demande ponctuelle reposait sur un travail de croisement des données-projets avec toute une famille d’attributs présents dans la base, comme les dates, les lieux, les objectifs de chacun des projets, les biotopes étudiés, les laboratoires ou les noms des chercheurs. Avec les données d’un côté et notre méthodologie venue du Web de l’autre, nous étions équipés pour répondre aux demandes de la FRB, mais aussi à des questions essentielles : comment s’organise donc ce vaste réseau d’acteurs coopérants, qui s’agrègent autour d’objets d’étude comme les écosystèmes, les espèces animales, la génétique des végétaux ? Selon quelle logique se croisent le chimiste, l’éthologue et le biologiste dans l’étude de biotopes qui s’étendent depuis les fonds marins, les milieux aquatiques continentaux, les zones cultivées jusqu’aux déserts, sous l’angle de l’histoire comme de la génétique ? Comment s’articulent autour de la biodiversité les approches et les disciplines (biologie, biochimie, agronomie, génétique, médecine, santé, écologie, histoire…) étant donné la complexité de l’objet ? Il se trouve que la BDD (Base De Données) de la fondation contenait le genre d’indices suffisant pour entamer un vaste travail de cartographie des acteurs et des thèmes de recherche sur la biodiversité, notamment parce que chaque chercheur peut définir et déclarer lui-même dans la base sa ou ses disciplines de rattachement. Ainsi, plutôt que de décrire les disciplines très générales auxquelles se rattachent les laboratoires, nous avions donc l’occasion d’analyser de près la dynamique d’agrégation de compétences personnelles dans les projets labellisés.

6Les bases documentaires fermées n’incluent généralement pas de structures de graphes directement accessibles. Sur le Web, comme dans d’autres systèmes techniques (pensons aux aéroports et aux liaisons aériennes, ou encore au réseau électrique reliant des transformateurs), les liens sont directement dénombrables, donc représentables sous forme de graphe. Par exemple, quand on « parse » des pages web, on peut repérer automatiquement les liens hypertextes (href) et les lister dans un fichier de graphe. Dans une base fermée, les données documentaires ont besoin d’être transformées en structures de graphes. Si l’on réduit un système documentaire à un tableau classique de données, décrivant par exemple les projets d’une fondation, lignes et colonnes se croisent de multiples façons. On peut extraire de ce genre de structure informationnelle une série de graphes en exploitant un principe généralisé de redondance.

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Structure d’un jeu de données relationnelles.

7La cartographie d’informations commence donc par une sorte d’art des croisements. Par exemple, un chercheur est impliqué dans un projet 1 (P1) ainsi que d’autres collègues, mais il est aussi par ailleurs impliqué (donc signalé dans le tableau de données) dans un projet 2 (P2), même situé à une autre date. De là, le principe de l’extension du procédé à la totalité des données pour produire une structure générale sur laquelle viennent opérer différentes formes d’analyse réseau, comme pour le Web. Ainsi, les projets de la fondation peuvent être classés ou analysés en fonction des chercheurs communs qui y participent comme en fonction d’autres dimensions (par les mots-clés décrivant l’objectif d’un projet, ce que l’on appelle à la FRB les taxons).

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Plusieurs réseaux peuvent être extraits d’un même jeu de données.

8Notre croisement projets-chercheurs-compétences ou disciplines scientifiques ne représentait que l’une des nombreuses combinatoires possibles pour produire une structure de graphe. En effet, plus la table comporte de dimensions ou de colonnes, plus les occasions de croiser les données – donc de les cartographier – sont nombreuses. On approche ainsi de la notion d’information complexe, autrement dit multidimensionnelle et interrogeable sous de nombreuses facettes. Les objets complexes constituent encore aujourd’hui un fameux terrain d’investigation scientifique et, avouons-le, notre méthode pour générer des structures de graphes n’est pas des plus avancées au regard des procédures en mathématiques appliquées, en économétrie ou en sémantique. Plutôt que de générer des espaces en n-dimensions pour saisir, analyser et comparer les multiples dimensions d’un jeu de données, la cartographie à base de graphes ne peut reposer, au mieux, que sur le croisement de deux, voire trois dimensions au maximum et encore, successivement. Nous ne mobilisons donc pas ces sortes de « boîtes noires » hautement « abstraites » : la rentabilité ou la plus-value scientifique de la cartographie vient en aval quand on projette sur une structure de graphes les métriques réseau qui nous font apercevoir les informations sous forme de topologies. Dans le travail pour la FRB, la réduction de la complexité de l’information s’est effectuée dans le croisement systématique, les dimensions prises deux à deux pour trouver des angles pertinents et apercevoir des patterns remarquables (lorsque je saisis le résultat du croisement sous la forme d’un cliché). Évidemment, pour notre approche, la rubrique « projets labellisés » semblait constituer le ciment qui fait tenir ensemble aussi bien les chercheurs, leurs compétences, leurs laboratoires ou leurs biotopes favoris que les concepts, les disciplines, les mots-clés ou les descripteurs de contenus. Par définition collaboratifs et multidisciplinaires, ils écrivent sous forme de traces matérielles (des documents) la dynamique sociale d’un réseau de recherche comme la richesse et la diversité des savoirs qu’ils mobilisent.

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L’étude des collaborations entre les laboratoires français autour des problématiques de biodiversité a constitué une part importante du travail de cartographie. Les laboratoires de recherche ont été regroupés par région (vues circulaire et géoréférencée à gauche) pour étudier de façon macroscopique les réseaux de collaboration. Dans des vues plus précises où figure chacun des laboratoires, les nœuds ont été anonymisés pour éviter les polémiques potentielles (un nœud est d’autant plus volumineux qu’il participe à de nombreux projets).

9La première série de cartographies réalisée pour la fondation constitue une sorte de catalogue, presque un atlas, dont les vues participent à une forme de dashboard social qui correspondait aux demandes de la fondation. Ces cartographies constituent des éclairages successifs et complémentaires sur la base, mobilisables par la suite à titre d’instruments d’évaluation des activités de la fondation (nos cartes couvraient sept appels à projets et 286 projets labellisés) ou d’instruments d’aide à la décision (pour identifier les pistes émergentes de recherche). Nous n’étions plus sur le Web, libres de nos directions expérimentales, mais contraints par les cadres d’une organisation, de ses services et de ses objectifs. Les données de la base, une fois transformées en cartes ou en indicateurs, pouvaient alors être mobilisées au service de la stratégie d’animation d’un immense réseau d’acteurs (plus de 4 000 chercheurs identifiés), notamment dans des périodes de recherche d’experts ou d’activation de réseaux de coopération à l’échelle européenne dans le cadre des appels à projets. Pour la première fois, les patterns relationnels qu’exhibaient nos graphes allaient être mobilisés au service d’une analyse stratégique, ce moment où la structure de l’information n’est plus un objectif de recherche, mais un vecteur ou un instrument accompagnant la décision ou l’évaluation.

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L’identification et la description des communautés de chercheurs ont constitué une part importante du travail de cartographie. Ici, les chercheurs sont reliés entre eux en fonction de leur(s) participation(s) à différents projets de recherche. Ces derniers contiennent une description du type de biotope qu’ils analysent. En croisant les données-chercheurs avec les descripteurs de biotope, on peut produire une carte des biotopes et des communautés de chercheurs qui travaillent dessus.

*****

10Pendant que la production des vues cartographiques se poursuivait, notre projet de cartographie générale des savoirs scientifiques mobilisés autour de la question de la biodiversité commença réellement. Les affiliations de disciplines déclarées par les chercheurs eux-mêmes (en rappelant que la BDD de la FRB peut être utilisée comme un instrument de recherche de partenaires potentiels) ont constitué le principal élément de notre entreprise cartographique. Si l’on possède les noms des chercheurs impliqués dans la totalité des 286 projets labellisés, il devient alors possible d’agréger autour de chacun d’eux les différents champs scientifiques et de les traiter sous forme de graphe pour chercher à en comprendre l’articulation ou la complémentarité à grande échelle. Les données de la FRB associées à notre méthode de travail ouvraient donc directement sur la dynamique sociale des projets de recherche collaboratifs et pluridisciplinaires, comme une sorte de logistique théorique associée à chacune des problématiques traitées dans les projets labellisés. Nous étions arrivés à un niveau de granularité descriptive beaucoup plus fin que ne le sont les « grandes » catégories des éditeurs comme le Web of Science ou Scopus. Et surtout, nous avions ainsi accès à un ensemble d’indicateurs forts sur les complémentarités de disciplines scientifiques telles que les associent les chercheurs dans leurs activités.

11Notre objectif, ici, n’a pas été de produire une carte générale des sciences, ni même d’y situer la recherche en biodiversité (ce que l’on peut faire à partir de grandes bases comme le Web of Science), mais seulement de remonter « en abstraction » depuis le niveau granulaire des acteurs, en passant par les mécanismes de leurs interactions, vers la façon dont s’agencent les grands continents de la connaissance scientifique et de sa distribution en disciplines à travers notre analyse des projets labellisés par la fondation. Il s’agissait donc de déformer l’arborescence générale des disciplines et de ses catégories en introduisant des masses de liens transversaux pour espérer obtenir une structure de graphe interprétable.

Disciplines de la recherche en biodiversité

Physique
Physique et science des matériaux

Chimie et science des matériaux
Chimie
Chimie organique, minérale, industrielle
Chimie theorique, physique, analytique

Mathématiques et leurs intéractions
Mathématiques
Médecine, santé
Épidémiologie
Pharmacologie
Thérapeutique
Maladies infectieuses

Sciences et technologies de l’information et de la communication
Traitement du signal et des images
Informatique et ses applications

Sciences pour l’ingénieur
Acoustique
Bio-mécanique
Bio-ingéniérie
Génie civil
Mécanique des matériaux, des structures et des surfaces
Biologie
Biologie cellulaire
Biologie moléculaire
Botanique
Cladistique
Génomique
Biomolécules
Biologie des organismes
Biologie des populations
Biologie des interactions
Biologie de la reproduction
Biologie du développement
Endocrinologie et métabolisme
Entomologie
Evo-devo
Ichtyologie
Malacologie
Mycologie
Phylogénétique
Physiologie
Toxicologie
Mammalogie
Microbiologie
Ornithologie
Parasitologie
Systématique
Taxonomie
Virologie
Zoologie
Ethologie
Biologie des populations et écologie
Biologie de l’environnement
Écologie
Écologie urbaine
Écologie du paysage
Biologie marine
Hydrobiologie
Écophysiologie
Génétique quantitative
Génétique des populations
Biogéographie
Phytogéographie

Biologie appliquée
Biologie animale
Biologie végétale
Biotechnologies agroalimentaires
Biologie de la conservation
Écotoxicologie
Bioprocédés et microbiologie appliquée
Bioclimatologie, sciences de l’environnement
Sciences agronomiques
Agronomie
Phytotechnie
Agriculture
Sciences vétérinaires
Productions animales
Productions végétales
Sciences et techniques des pêches
Sciences forestières

Sciences de la terre et de l’univers, espace
Sciences de la terre et de l’univers
Climatologie
Géologie
Géophysique
Géochimie
Hydrologie
Paléontologie
Pédologie
Physique et chimie de l'océan
Sciences de la société
Science de gestion
Science économique
Droit public
Sciences politiques
Anthropologie
Ethnologie
Sociologie

Sciences humaines et humanités
Langues et littérature
Éthique et déontologie
Épistémologie, histoire des sciences et des techniques
Aménagement de l’espace et urbanisme
Géographie physique, humaine, économique et régionale
histoire et civilisations
Préhistoire
Sciences de l’information et de la communication

Liste de disciplines utilisée comme base pour construire le réseau.

12La phase initiale de notre projet consistait à supposer l’existence d’une forme (interprétable, compréhensible, presque rationnelle) d’organisation des savoirs, tout en étant habités par quelques doutes sur la consistance du phénomène : verra-t-on apparaître un univers morcelé de disciplines scientifiques ou, au contraire, un seul ensemble très densément connecté ? Contiendra-t-il des îlots ou des continents, éventuellement organisés selon des directions ? Les données de la dynamique sociale d’agrégation des chercheurs sur plusieurs années permirent de redistribuer les 96 disciplines selon la logique d’association de compétences des 1 700 chercheurs sur 296 projets qui révéla presque exactement le type de graphe que nous attendions :

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Réseau des disciplines (spatialisation avec Force Atlas 2).

  • 3 Jack Goody, La raison graphique. La domestication de la pensée sauvage, Paris, Minuit, 1979.

13Comme certains se le sont écrié en regardant la spatialisation obtenue avec Gephi, « un plat de spaghettis ! ». Au-delà de la blague, le plat de spaghettis augure, pour l’habitué que je suis, d’un espace relativement organisé, où tous les éléments sont connexes, appelés peut-être à s’agencer d’une certaine façon ou comme des indices des multiples complémentarités entre savoirs scientifiques différents et mobilisés autour d’une question. Certes, nous sommes là en face de quelque chose qui n’a plus rien à voir, semble-t-il, avec la liste, la formule et le tableau dont parlait Jack Goody3. À certains égards, nous n’en sommes pas très éloignés non plus avec une telle spatialisation : les nœuds ont des grosseurs variables selon le nombre de fois où la discipline est associée à une autre et l’on peut donc en faire la liste ordonnée (principe du ranking). Les couleurs renvoient aux 13 sous-ensembles dans lesquels elles étaient regroupées dans l’arborescence de départ (les couleurs dites « chaudes » pour les sciences du vivant dans la partie gauche). La structure visuelle sous-jacente, en revanche, peut en laisser certains surpris par l’apparition transversale d’autant de liens ou de connexions, dans un univers que ne permettait plus d’apercevoir l’arborescence des disciplines de départ. L’espace graphique et logique y est d’un certain niveau de complexité, comme si l’on passait à un niveau supérieur d’abstraction. L’arbre hiérarchique des disciplines semblait ainsi s’être dilaté dans un espace de propriétés statistiques où les notions de distances, de diamètre, de densité, de chemins, de centre et de périphérie vont alimenter désormais l’interprétation.

14Indéniablement, un nombre réduit de disciplines issues des sciences du vivant forment un cœur dense de relations, donc très souvent associé aux projets de la fondation. Au cœur de la question de la biodiversité figure donc la question du vivant ou de la « vie » au sens biologique. Autour de la biologie, un rôle majeur semble joué par une série de disciplines très reliées entre elles, mais aussi reliées, depuis le cœur, à toutes les autres (biologie des populations, biogéographie, génomique, écologie, biologie de l’environnement). À ce niveau, la biologie semble s’étirer en différentes branches dont les spécialisations ou les directions ne nous apparaissent pas encore. La partie droite du cœur contient au moins deux types de disciplines : agriculture, sciences forestières, agronomie et écologie du paysage d’un côté ; de l’autre, l’économie, l’ethnologie, la sociologie et la géographie physique, humaine, économique et régionale. Ce rôle majeur peut-être vérifié via une visualisation circulaire : il s’agit du même jeu de données, mais dont les éléments sont projetés, cette fois, sur un cercle et regroupés par catégorie. Le principe permet d’étudier la distribution générale de la connectivité entre éléments, notamment les zones de grande densité de liens. On y aperçoit nettement la densité importante qui associe biologie de l’environnement et biologie des populations via un lien rouge dont l’épaisseur rappelle que, de très nombreuses fois dans les projets soutenus par la fondation, les deux champs scientifiques sont intensément associés. On y aperçoit aussi les liens plus secondaires, mais importants qui relient science économique et géographie physique et humaine au reste des sciences du vivant.

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Réseau des disciplines (spatialisation circulaire).

15Cet indicateur circulaire de distribution et de la densité de la connectivité entre disciplines n’épuise pourtant pas les pistes que nous propose la première vue générale dans Force Atlas 2. Les forces d’attraction et de répulsion de l’algorithme ont généré cette vue générale qui a des vertus particulières. À l’examen, elle fait apparaître au premier abord quelques éléments curieux pour un néophyte comme la « cladistique » (ou l’étude de la classification des êtres vivants, selon leurs relations de parenté, dans un cadre évolutionniste) ou encore « EvoDevo » (génétique évolutive du développement) sans oublier la « Mammalogie » (étudier les origines, le comportement, le régime alimentaire, la diversité génétique et la dynamique des populations des mammifères) que je ne connaissais pas. Mais il y a plus : elle situe (ou « contextualise ») chacune des disciplines les unes par rapport aux autres, notamment à partir des chemins, plus ou moins denses, dessinés par les liens. Quand on en suit quelques-uns depuis le cœur, ils s’achèvent dans l’une des branches périphériques où sont positionnées essentiellement les disciplines moins mobilisées. Elles s’y regroupent parce qu’elles partagent en partie le même type de distribution de la connectivité (elles sont liées ensemble localement, mais, de surcroît, elles sont reliées aux mêmes types de disciplines dans le cœur). Quand on est néophyte dans un domaine de recherche, il est difficile d’apercevoir tous les accidents historiques (par exemple, deux disciplines qui se rapprochent autour d’un nouvel objet), sociaux (des chercheurs et des laboratoires qui aiment à travailler ensemble, ou pas) ou tout simplement l’arrière-plan théorique (tels hypothèses ou modèles théoriques viennent se loger à tel endroit de la carte) qui aboutit à ce type complexe d’agencement des 96 disciplines. Des experts se sont prononcés de nombreuses fois sur cette carte lorsque nous l’avons imprimée en A0, un format idéal de discussion collective, et il faudrait qu’une sociologie des sciences vienne ici relever tous les événements qui ont contribué à livrer une telle géographie, depuis les témoignages des chercheurs jusqu’à l’analyse des documents présents dans la base ou à la fondation. Pour un explorateur de data, voire un cartographe de l’information comme moi, il fallait réduire les propriétés essentielles de cette carte en principes intelligibles et les synthétiser sous une forme concentrée. Une boussole des disciplines, voilà ce qu’il fallait.

16On peut faire l’hypothèse que ce type d’agrégation des disciplines par le jeu d’attraction/répulsion permis par l’analyse des liens (et donc des compétences humaines qui y concourent) ne devrait avoir rien de fortuit et tout d’un programme historique, comme une photographie ou une empreinte de ce que peut être un champ de recherches interdisciplinaires. Cela ne veut pas dire que les 96 disciplines identifiées sont à considérer de façon équivalente, ne serait-ce que par la hiérarchie introduite par l’analyse de leur occurrence (une discipline apparaît plus souvent dans les projets qu’une autre) ou de leur co-occurrence (une discipline est plus ou moins souvent liée dans les projets à une autre). À ce titre, une dizaine de disciplines constitue un cœur remarquablement concentré de relations (dont l’écologie, la biogéographie et la biologie des populations), comme si la question de la nature de l’homme, depuis la génétique jusqu’à la géographie, imprimait à ce vaste ensemble qu’est la biodiversité, un centre de gravitation très fort. Ce n’est pas la seule dimension spatiale ou physique de la vue générale : les « branches » semblent indiquer, dès le parcours attentif des premiers chemins, une « logique » ou une « raison » qu’une forme d’interprétation doit pouvoir expliquer ou justifier. Avec ce type de projection, les distances (ou les éloignements) visuelles ou statistiques importent, mais aussi l’orientation des éléments. Cette sorte de géologie épistémologique que nous cherchions à isoler réclamait des attracteurs périphériques, presque des frontières, qui nous auraient indiqué les limites de la recherche sur la biodiversité. Notre boussole des disciplines (ou boussole thématique) devait permettre de naviguer dans l’espace de la recherche sur la biodiversité et d’en apercevoir les grands traits d’un seul coup d’œil ou d’y situer un champ de recherche précis. À bien y réfléchir, elle pourrait aussi permettre de situer des chercheurs, des laboratoires ou des projets (par exemple les futurs projets labellisés), par superposition ou comme si on la recouvrait d’un calque. Ou bien encore, remise à jour chaque année, on aurait pu lire les évolutions possibles ou probables en fonction du temps.

17Plusieurs réductions ont ainsi été tentées pour identifier les orientations majeures du système des disciplines et poser les grandes lignes organisatrices de notre boussole. L’une, en particulier, a consisté à réduire comme en cartographie (géographique) le territoire de départ en carte sur le principe du positionnement des 13 grandes catégories de disciplines. Le plan qui se dessine alors part des sciences pour l’ingénieur     vers la médecine verticalement et de la chimie vers les sciences humaines et     vers les mathématiques horizontalement :

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Réduction en 13 grandes catégories.

18Une autre réduction a été opérée en utilisant cette fois le principe du zonage. Cette version synthétique de la vue principale indique clairement une partition gauche-droite, de la biologie et la biochimie à gauche aux sciences humaines à droite et avec une colonne vertébrale qui va de l’ingénierie en haut aux sciences de la terre et des espaces en bas.

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Visualisation des catégories par zonage.

19Les deux procédés ne permettent pourtant pas encore de saisir la logique d’association des disciplines. Si l’on peut déjà admettre la bipartition manifeste de gauche à droite, entre la « biologie » (j’aurais tendance à dire « sciences du vivant et de la nature ») et les SHS (au sens large : l’homme et l’univers tels qu’ils sont produits culturellement, historiquement et géographiquement), il faut pouvoir justifier, en détail, de l’enchaînement des disciplines.

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Organisation des disciplines de façon linéaire.

20L’étude de chemins particuliers peut y aider. Si l’on en revient à la carte générale (donc à une structure de graphe qui est fondamentalement affaire de liens) et que l’on s’y promène en partant des deux disciplines les plus éloignées l’une de l’autre sur un plan horizontal (la « Thérapeutique » à gauche, « Langues et Littérature »à droite), on peut se rendre compte que le graphe contient comme une déclinaison des disciplines qui, de proche en proche et telles qu’elles sont liées dans des projets effectifs menés par les chercheurs, nous fait passer (et sans hiérarchie puisque les liens sont non dirigés) de l’univers des « corps » biologiques (substrat naturel de la biodiversité) à l’univers abstrait et contingent de la culture et de ses productions (ici, la littérature, mais en passant aussi par d’autres productions comme l’agriculture, les sciences de l’ingénieur ou les biotechnologies que l’on peut regrouper sous le label de « services écosystémiques »). Dans ce type de parcours, de gauche à droite et inversement, l’écologie et la biologie des populations constituent, non plus un cœur dense, mais des disciplines-pivot.

21Or, une autre lecture est possible, ordinale cette fois et très complémentaire. Sur le schéma, les deux ensembles majeurs que sont la « Biologie » et les « Sciences de la société » sont reliés via une ligne de fracture dont « l’Écologie » et la « Biologie des populations » sont encore le pivot : vers le haut, se profilent un ensemble de disciplines qui traitent de l’« environnement » au sens large, tel qu’il est produit, cultivé, exploité (sciences et techniques) ou tel qu’il impose aussi ses contraintes (bioclimatologie). Ainsi, la distribution des disciplines, dans la moitié supérieure de la carte, trouve sa logique : de part et d’autre d’une ligne verticale, Écologie/Botanique/Climatologie, on trouvera (sans surprise) d’un côté les disciplines qui étudient « l’environnement » sous l’angle de la culture (Écologie urbaine, Aménagement de l’espace et urbanisme, Histoire, Sciences politiques…) et, de l’autre côté, les disciplines qui étudient l’environnement sous l’angle de ses rapports au vivant (Écotoxicologie, Biotechnologie végétale, Endocrinologie et Métabolisme…). Dans la partie inférieure de la carte, la distribution obéit aux mêmes principes, mais au regard des espèces vivantes qu’il faut décrire, inventorier, analyser en tant que telles, or aussi dans leurs relations réciproques à titre de systèmes (ou « d’écosystèmes »). En bas, à gauche, un ensemble gouverné par la biologie des interactions (virologie, parasitologie, biotechnologies animales…) et, à droite, l’ensemble complémentaire des disciplines qui étudient les espèces vivantes (animales et végétales) sous l’angle, cette fois, de leur production historique (Sciences forestières, Agriculture, Sciences vétérinaires, Bio-ingénierie…).

22De là, on peut imaginer     dans le paysage intellectuel qui se dessine la recherche sur la biodiversité comme une intersection dont les axes orientés fixent l’espace comme les limites.

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Organisation des disciplines en boussole.

23La boussole finale, le « plan » si l’on veut de l’architecture disciplinaire de la recherche en biodiversité contient des axes, déployés depuis le centre vers la périphérie. Les savoirs scientifiques s’enchaînent pour couvrir tous les champs possibles de questionnement (du moins, dans la version actuelle de la configuration) où la question de la vie (et en son centre l’homme) se décline en fonction des autres espèces et des interactions (bas) et d’un environnement global où le végétal est inclus (haut), mais aussi, simultanément, en fonction des propriétés biochimiques d’un être naturel jusqu’au conditionnement culturel propre à l’homme. Le titre, l’écosphère, vient confirmer l’effet de clôture de cette boussole.

  • 4 B. Latour, La clef de Berlin et autres leçons d’un amateur de sciences, Paris, La Découverte, 1993.

24Un tel effet de totalité pourrait être mobilisé efficacement pour montrer à un jeune public toutes les implications du concept de « biodiversité », en particulier la façon dont l’homme s’insère dans un univers vivant qu’il contribue, par ailleurs, à produire lui-même. Au-delà de la valeur pédagogique de l’effet de circularité que renforce la forme englobante de la boussole, il reste que l’on ne sait pas à quoi en attribuer les propriétés : aux patterns sociaux qui semblent receler les data ou bien aux artefacts techniques et méthodologiques mobilisés ? D’un côté, ce résultat final issu d’une suite de transformations (« d’un support à l’autre », dit Bruno Latour4), depuis la table de données de départ en passant par les modifications successives dont le graphe et sa spatialisation n’ont été que le pivot central. De l’autre, l’enchaînement des disciplines et leur agencement général représentent un pattern organisationnel trop fort pour n’être pas considéré comme constituant.

25En épistémologie, en histoire ou en sociologie des sciences, on retrouve là la configuration classique d’un débat infini, que l’effervescence actuelle autour des big data a ranimé de façon intense. Ces formes statistiques traduites en boussole sont-elles un mirage né de nos instruments ? Sinon, d’où viennent-elles ? D’un savoir non su, d’une organisation implicite à laquelle chacune des activités scientifiques se plie sans pouvoir l’énoncer ? On pourrait aussi envisager la question de façon plus prosaïque, en raisonnant en termes de pertes et de gains. La mutation des données d’origine sous forme de listes brutes jusqu’à la boussole finale passe par une succession de phases où l’on a construit une table multidimensionnelle dont on a extrait seulement deux dimensions, on les a ensuite croisées pour produire une structure de graphe, visualisée avec un algorithme tout à fait particulier (le Force Atlas 2 développé dans le contexte des données web), pour finalement examiner quelques principes structurants essentiels à une vue organisée, justifiable éventuellement à travers un discours explicatif ad hoc. Les pertes semblent donc incommensurables depuis le data set de départ, sans même prendre en compte le contexte humain et technologique particulier qui était le mien au moment de l’étude (c’est-à-dire tout à fait relatif). Au contraire, envisager les gains d’un tel processus de transformation oblige à considérer la boussole comme le produit d’un enrichissement continu de l’information de départ qui permet de cerner de façon synthétique les grands axes d’une organisation spécifique des savoirs scientifiques, structurés autour d’un domaine nouveau et multidisciplinaire. Sur ce point, les gains sont énormes, aussi bien en termes cognitifs (une carte des disciplines qui assure l’aide à la navigation dans des masses d’informations qui s’accumulent année après année) que sociaux ou politiques pour accompagner la fondation dans l’animation de ses nombreux réseaux de coopération.

26C’est là, à mon sens, la véritable plus-value générée par notre démarche : le passage des masses de données aux smart data, en particulier la traduction en indicateurs graphiques de propriétés statistiques massives pour déboucher sur des instruments de synthèse tournés vers la construction de l’interprétation, voire de la décision. En accumulant les occasions de produire ce genre de boussoles, en stabilisant une méthode, on pourrait même penser à automatiser la procédure, masquant ainsi sous forme d’une « boîte noire » toutes les opérations artisanales de transformation des data dont chacune arrêtait auparavant le regard critique du sociologue ou de l’épistémologue. Ce projet de cartographie mené de façon artisanale tout au long de l’année 2010, nourri d’essais successifs et de modifications régulières de nos petites chaînes de traitement de l’information, contenait déjà en germes toute une série d’automatisations potentielles représentatives de l’ère actuelle gouvernée par la quête généralisée des patterns statistiques dans le big data. C’est à la même époque que je voyais se développer autour de moi des dispositifs dédiés à des masses analysées en temps réel et restituées sous forme de cartographies (le service InMaps de LinkedIn sur lequel travaillait Mathieu Bastian, les projets d’interfaces développées par Linkfluence qui allaient devenir Radarly, les avancées méthodologiques et techniques de Mathieu Jacomy sur la cartographie des controverses…). À petite échelle, et lentement, cette transformation progressive des data en boussole synthétique illustrait déjà une forme de quête généralisée des patterns contenus dans les bases de connaissances, mais aussi sur le Web. Nous ne faisions là que participer à notre modeste niveau à la formidable accélération des procédures de traitement de l’information au cœur du Web des données et des services associés qui émergeait de façon généralisée autour des années 2010 et dont les data sciences ont depuis fait leur objectif principal. Ce mouvement autour des data semble largement associé aux masses et à nos capacités décuplées de calcul sur les machines, mais sa figure principale m’apparaît résider dans la forme elle-même des data processing : ce que j’avais été amené à définir comme des chaînes de traitement de l’information, linéaires et modulaires, se transformaient à grande échelle sur le Web en boucles continues d’enrichissement où les data, à peine extraites du réseau, puis croisées, analysées, comparées, y retournaient enrichies en flux. Ce second âge des data, où les boucles de transformation continue remplacent petit à petit les processus linéaires de traitement, suppose la rénovation significative de nos outils d’analyse et de contrôle, un défi de plus pour la cartographie d’information à venir.

Notes

1 Cédric Chavériat, Flora Pelegrin (responsable du pôle Stratégie et animation scientifiques), Fatima Fadil (chargée de mission portail et interfaces web) et Xavier Le Roux (directeur de la FRB).

2 M. Foucault, L’archéologie du savoir, Paris, Gallimard, 1969.

3 Jack Goody, La raison graphique. La domestication de la pensée sauvage, Paris, Minuit, 1979.

4 B. Latour, La clef de Berlin et autres leçons d’un amateur de sciences, Paris, La Découverte, 1993.

Table des illustrations

Titre Image 12.2
Légende Structure d’un jeu de données relationnelles.
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-1.png
Fichier image/png, 42k
Titre Image 12.3
Légende Plusieurs réseaux peuvent être extraits d’un même jeu de données.
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-2.png
Fichier image/png, 364k
Titre Image 12.4
Légende L’étude des collaborations entre les laboratoires français autour des problématiques de biodiversité a constitué une part importante du travail de cartographie. Les laboratoires de recherche ont été regroupés par région (vues circulaire et géoréférencée à gauche) pour étudier de façon macroscopique les réseaux de collaboration. Dans des vues plus précises où figure chacun des laboratoires, les nœuds ont été anonymisés pour éviter les polémiques potentielles (un nœud est d’autant plus volumineux qu’il participe à de nombreux projets).
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-3.png
Fichier image/png, 13M
Titre Image 12.5
Légende L’identification et la description des communautés de chercheurs ont constitué une part importante du travail de cartographie. Ici, les chercheurs sont reliés entre eux en fonction de leur(s) participation(s) à différents projets de recherche. Ces derniers contiennent une description du type de biotope qu’ils analysent. En croisant les données-chercheurs avec les descripteurs de biotope, on peut produire une carte des biotopes et des communautés de chercheurs qui travaillent dessus.
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-4.png
Fichier image/png, 3,0M
Titre Image 12.7
Légende Réseau des disciplines (spatialisation avec Force Atlas 2).
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-5.png
Fichier image/png, 2,3M
Titre Image 12.8
Légende Réseau des disciplines (spatialisation circulaire).
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-6.png
Fichier image/png, 4,7M
Titre Image 12.9
Légende Réduction en 13 grandes catégories.
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-7.png
Fichier image/png, 419k
Titre Image 12.10
Légende Visualisation des catégories par zonage.
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-8.png
Fichier image/png, 530k
Titre Image 12.11
Légende Organisation des disciplines de façon linéaire.
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-9.png
Fichier image/png, 16k
Titre Image 12.11
Légende Organisation des disciplines en boussole.
URL http://books.openedition.org/oep/docannexe/image/15505/img-10.png
Fichier image/png, 50k

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