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Initiation à la génétique des populations naturelles

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Thierry De Meeûs

2. Applications à des exemples concrets

Introduction

Texte intégral

1Il n’est pas nécessaire de préciser qu’avoir lu la première partie de ce manuel avant d’attaquer la partie pratique facilitera grandement la lecture et la compréhension de cette section, même si on peut très bien commencer directement ici. Je considérerai les notions de génétique des populations et de statistiques utilisées comme un minimum connues. Je ne m’étendrai donc jamais sur un concept ou une notion. Dans le doute, les lecteurs sont invités à se référer aux chapitres de la partie précédente de ce manuel.

2Tous les jeux de données utilisés dans cette partie sont disponibles sur internet, à télécharger sur mon site web à http ://gemi.mpl.ird.fr/SiteSGASS/SiteTDM/Data/. Tous les logiciels utilisés ou presque sont gratuits. En ce qui me concerne, j’utilise Excel (Microsoft corporation) pour gérer mes données, faire des calculs (transformations de données, par exemple) et des graphiques (comme des courbes). Pour les analyses statistiques classiques, j’utilise des logiciels commerciaux dont j’ai la licence. Cependant, dans un souci de libre accès à tous, j’ai essayé d’adapter tous les tests utilisés pour des logiciels gratuits (voir la liste des logiciels et URL de téléchargement en annexe).

3Tous les jeux de données analysés ont fait l’objet d’articles publiés dans des revues scientifiques. Cependant, toutes les analyses présentées dans ce manuel n’ont pas été publiées pour des contraintes d’espace et de lisibilité des articles. On ne publie en général pas les simulations et/ou analyses annexes redondantes que l’on peut être amené à faire pour vérifier la robustesse de certains résultats. Certaines améliorations, comme l’utilisation d’une méthode plus puissante non disponible à l’époque de l’article, ou parce que je n’y avais simplement pas pensé à l’époque, sont également présentées dans certains traitements des données et donc certaines conclusions peuvent parfois être quelque peu modifiées par rapport à l’article princeps.

© IRD Éditions, 2012

Conditions d’utilisation : http://www.openedition.org/6540

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