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Initiation à la génétique des populations naturelles

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Thierry De Meeûs

Avant-propos

Texte intégral

1Ce document devrait permettre aux débutants et personnes non familiarisées avec la génétique des populations de pouvoir effectuer leurs propres analyses ou au moins de pouvoir mieux comprendre les conseils des spécialistes. Il a été au départ rédigé dans l’urgence pour les étudiants d’un Master de maladies infectieuses. Il a pour vocation d’être utile en premier lieu à ce type d’étudiants, mais il s’adresse également à un public plus large s’intéressant à la structure génétique des populations naturelles et aux inférences qu’il est possible de faire à partir de marqueurs génétiques variables dans le temps et l’espace. C’est pourquoi tous les retours, commentaires et suggestions susceptibles d’améliorer ce travail et d’en permettre une meilleure compréhension seront hautement appréciés. Les formules mathématiques sont nombreuses dans ce manuel. Leur compréhension sur le bout des doigts n’est pas indispensable. Seule la compréhension des grands principes est requise. Cependant, il est clair que d’arriver à comprendre la plupart de ces formules, dont certaines sont vraiment à la base de la génétique des populations, sera d’un très grand secours pour tous ceux qui souhaitent pouvoir s’affranchir le plus possible des spécialistes et de leurs remarques impatientes, parfois désobligeantes. Je me permettrai d’insister sur le fait qu’il ne faut jamais hésiter à demander conseil à un spécialiste. On ne risque en effet que le désagrément de se faire envoyer promener, ce qui n’est pas mortel. Aider ses collègues et en particulier les étudiants est un devoir sacré des chercheurs. Ceux qui refusent de le comprendre ne méritent à mon sens pas leur salaire. Alors mon adage en la matière est « aucune hésitation ! ».

2La plupart des exemples et des propos de ce manuel sont centrés sur des problématiques hôte-parasite-vecteur. Cela vient naturellement de mon expérience en la matière. Il n’en reste pas moins que les méthodes décrites ici sont applicables à tous les êtres vivants, même si d’autres outils sont utilisés ailleurs (en particulier, en bactériologie).

3Il me faut également remercier un certain nombre de personnes qui par leurs conseils, les échanges que j’ai pu avoir avec elles ou les coups de pouce qu’elles m’ont donnés m’ont permis d’acquérir les compétences qui sont les miennes aujourd’hui. Je ne remercie pas ici ceux qui m’ont aidé dans d’autres domaines de la biologie des populations non directement reliés aux thématiques développées dans le présent manuel. Je tiens d’abord à remercier Jérôme Goudet de m’avoir mis le pied à l’étrier des F-statistiques de Wright, de leurs estimateurs et des tests associés, ainsi que de sa patience lors de mon post-doc à Bangor alors que je le harcelais de questions parfois sans doute un peu débiles. Il me faut également remercier Michel Raymond et François Rousset pour les échanges parfois animés qui m’ont permis de mieux assimiler les statistiques parfois (souvent) non intuitives associées à la génétique des populations. Les discussions avec Jean-François Guégan et les conseils qu’il a pu me prodiguer m’ont grandement aidé, en particulier pour les modèles de régression. Un grand merci également à Éric Elguero, Benjamin Roche et Marc Choisy pour leurs conseils et astuces toujours utiles. Qu’il me soit permis ici de rendre hommage au regretté Anatoli Teriokhin, parti beaucoup trop tôt. Cette liste de remerciements, où les oublis sont obligatoires, serait particulièrement biaisée sans la présence de Christine Chevillon, grande traductrice de Rousset dans le texte devant l’éternel, et donc sans qui une grande partie de mes publications auraient été amputées de paragraphes particulièrement croustillants, voire n’auraient même pas vu le jour. Je me dois également de remercier les étudiants que j’ai encadrés et dont les remarques, révoltes et questionnements m’ont particulièrement enrichi, et pas seulement en termes de titres et travaux. Je pense plus particulièrement à Franck Prugnolle, mais aussi à Damien Caillaud. Merci aussi à Michel Tibayrenc d’avoir ouvert la voie de l’épidémiologie moléculaire et de m’avoir accueilli dans son laboratoire en 1999 et laissé entière liberté d’y mener mes recherches. Merci à tous mes collaborateurs, chercheurs, étudiants ou post-docs dont la liste exhaustive serait fastidieuse mais dont les principaux, non encore cités ci-dessus sont : Francisco Ayala, François Balloux, Anne-Laure Bañuls, Nicolas Barré, Adrien-Marie-Gaston Belem, Jérémy Bouyer, Bruno Bucheton, Mamadou Camara, Michel de Garine-Wichatitsky, Sylvie Hurtrez-Boussès, Florent Kempf, Mathurin Koffi, Naférima Koné, Laurent Lehmann, Annette MacLeod, Karen D. McCoy, François Nébavi, Flobert Njiokou, Denis Roze, Issa Sidibé, Gustave Simo, André Théron, Sophie Ravel, Virginie Rougeron et j’en oublie surement.

4Cependant, cette liste de personnes à remercier souffrirait d’une carence grave sans la présence des chercheurs de l’UMR IRD/Cirad 177 Intertryp qui ont la bonté de tolérer ma présence dans leur équipe. Merci à Gérard Cuny de m’avoir accueilli sans poser de question. Un tsé-tsé grand merci à Philippe Solano, maintenant vieux complice et à l’origine de mon intégration dans mon équipe actuelle et merci à Vincent Jamonneau de m’avoir permis de toucher au monde fascinant des trypanosomes africains. Merci à vous de me permettre de vivre cette expérience enthousiasmante au Burkina Faso. Merci aussi à tout le personnel du Cirdes et à mes étudiants burkinabè Jacques Kaboré et Modou Séré et merci à tous les étudiants ayant suivi (ou subi) mes cours et qui par leurs questions m’ont permis d’améliorer la vision que j’ai de mon travail.

5Merci à Tatiana Giraud (TG) d’avoir accepté le travail ingrat et combien fastidieux de relire ce travail et d’avoir ainsi contribué à une bien meilleure lisibilité de ce manuel.

6Merci à toute l’équipe des Editions de l’IRD pour leur travail et leur infinie patience, en particulier Yolande Cavallazzi, sans qui un nombre incalculable de coquilles continueraient à infester ma prose, Catherine Plasse, Michelle Saint-Léger et Thomas Mourier.

7Avant de terminer cet avant-propos, et parce que le monde de la recherche peut s’avérer parfois très (trop) compétitif, j’aimerais exprimer quelques opinions personnelles à destination des plus jeunes. La seule compétition qui mérite un intérêt est celle que l’on engage contre soi-même, et les autres, en particulier les collègues, sont là pour nous aider à mener à bien ce combat. Pour vaincre il faut renoncer à gagner. Je remercie donc tous mes échecs de m’avoir rendu meilleur.

8Et enfin pour paraphraser un proverbe africain d’origine incertaine « Mais entouka, ce qui est sûr c’est que ça va aller ! ».

© IRD Éditions, 2012

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