1ADN

2Acide désoxyribonucléique, molécule de base de l’hérédité. En anglais DNA. Pour plus de détails, consulter n’importe quel manuel de biochimie.

3AIC

4Akaike Information Criterion, de son auteur Hirotsugu Akaike (Akaike, 1974), est une mesure de la qualité d’ajustement d’un modèle statistique estimé par rapport aux données. Sa valeur dépend à la fois du nombre de paramètres du modèle et de la dispersion des données autour des valeurs attendues du modèle. Le meilleur modèle est celui qui présente le plus petit AIC. Plus de détails sont donnés en réponse 12.

5Allèle

6État héréditaire dans lequel un locus se présente. Chez les diploïdes, chaque individu présente deux allèles à chaque locus. Ces allèles peuvent être identiques (homozygote) ou différents (hétérozygote).

7Allelic dropout (pas de traduction simple)

8Phénomène qui fait qu’un allèle n’est pas vu en face d’un autre à cause, par exemple, d’une compétition pour la Taq polymérase lors d’une PCR avec peu d’ADN. Dans ce cas, un seul allèle se trouve amplifié et l’individu est erronément interprété homozygote. Quand les deux allèles d’un individu subissent le phénomène, on observe une donnée manquante.

9Améiotique

10Processus de reproduction qui se déroule sans intervention de la méiose.

11Apostatique (sélection)

12Processus sélectif qui avantage les génotypes ou phénotypes les plus rares. Par définition une sélection qui maintient une diversité stable.

13Arithmétique

14Voir Moyenne.

15Assortative mating

16Processus d’appariement préférentiel des partenaires sexuels qui se ressemblent le plus phénotypiquement (voir aussi homogamie).

17ARN

18Acide ribonucléique, normalement transcrit de l’ADN et ensuite traduit en protéine.

19Auto-incompatibilité

20Système interdisant l’autofécondation.

21Autosome

22Désigne un chromosome ordinaire présent en paire dans chaque zygote ou individu diploïde normal (antonymique de hétérosome).

23Auto-stop

24Hitchhiking en anglais. Phénomène sélectif au cours duquel la sélection à un locus entraîne des modifications de la distribution des fréquences génotypiques à un autre locus lié physiquement (proche sur le même chromosome) ou statistiquement quand le mode de reproduction est fermé (clonalité, autofécondation, très petites populations…).

25Bottleneck

26En français goulot d’étranglement. Désigne un processus démographique durant lequel une population subit une chute brutale d’effectif (nombre d’individus reproducteurs).

27Cline

28Généralement géographique, il correspond à l’augmentation ou la diminution graduelle des fréquences alléliques à un ou plusieurs loci le long d’un axe géographique et/ou d’un gradient écologique.

29Clonalité

30Reproduction asexuée où la descendance est produite sans subir ni ségrégation ni recombinaison (améiotique) et se retrouve donc génétiquement strictement identique à l’individu parental, à la mutation somatique près.

31CMH (MHC en anglais)

32Complexe majeur d’histocompatibilité. Complexe de gènes qui détermine (entre autres) la reconnaissance du soi et du non soi. Voir aussi HLA.

33Coalescence

34Phénomène qui décrit l’ascendance commune de deux gènes d’une population. Le temps de coalescence décrit, par exemple le nombre de générations qu’il est nécessaire de remonter pour atteindre le gène ancêtre commun de deux gènes pris au hasard dans la population étudiée.

35Codominant

36Décrit un marqueur génétique pour lequel tous les hétérozygotes sont distinguables des homozygotes (ni dominant, ni récessif).

37Consanguinité

38Indique la proportion de loci identiques par descendance au sein des individus, résultant d’un système de reproduction fermé (autofécondation, croisement entre apparentés) ou d’une taille limitée de la population. Notons que dans le cas où cette consanguinité (probabilité d’identité par descendance intra-individuelle) ne résulte que de la taille de la population, celle-ci devient égale à l’apparentement entre individus de cette population (probabilité d’identité par descendance interindividuelle).

39Crossing-over

40Phénomène chromosomique intervenant lors de la méiose et consistant à un échange de portions plus ou moins grandes et en principe de mêmes tailles des chromosomes homologues, précédant la formation des gamètes et résultant en un réassortiment (ou recombinaison) intra-chromosomique.

41Dème

42Unité démographique d’individus appartenant à la même unité de reproduction ou partageant les mêmes paramètres de régulation démographique (par exemple, entre lesquels la compétition intra-spécifique est maximale), synonyme de sous-population.

43Dérive génétique

44Décrit le processus par lequel les fréquences alléliques changent d’une génération à l’autre à cause d’un échantillonnage aléatoire des individus (gamètes, zygotes, adultes) devant survivre pour participer à la reproduction de la génération suivante dans une population de taille finie.

45Déséquilibre de liaison

46Exprime une association non aléatoire entre différents loci (souvent pris par paire). Beaucoup de facteurs différents peuvent influencer le déséquilibre de liaison (structure de la population, système de reproduction, sélection, etc.).

47Déviance

48Terme utilisé en régression linéaire généralisée (GLiM) qui décrit la dispersion de résidus autour des valeurs attendues définies par le modèle. Consulter des ouvrages spécialisés pour des définitions plus strictes.

49Dioïque

50Synonyme de gonochorique (terme un peu désuet aujourd’hui) et signifiant que l’espèce étudiée est séparée en deux sexes (femelles et mâles) (antonymique de monoïque).

51Diploïde

52Caractérise un organisme ou une cellule possédant un matériel génétique (chromosomes) en double, à l’exception des chromosomes sexuels quand ces derniers existent.

53Directionnelle (sélection)

54Processus sélectif tendant à accroître ou décroître (une seule direction) la fréquence d’un allèle (ou d’un phénotype) dans une population.

55Disruptive (sélection)

56Sélection directionnelle dans chaque sous-population ou habitat, mais divergente d’une sous-population à l’autre, ou d’un habitat à l’autre.

57Dominant

58Caractérise un marqueur génétique pour lequel un des allèles masque à l’état hétérozygote les autres allèles. Caractérise aussi un tel allèle (antonymique de récessif).

59Dropout

60Voir Allelic dropout.

61Épistatique (par exemple sélection)

62Forme de déterminisme génétique où les différentes formes d’un gène (allèles) vont avoir différentes répercussions sur l’expression phénotypique des allèles d’un autre locus. C’est typiquement le cas des gènes de régulation.

63Exon

64Partie d’un gène conservée lors du passage de l’ARN de transfert à l’ARN messager (épissage) et qui sera donc traduite en protéine.

65Fréquence dépendante (sélection)

66Voire Apostatique.

67Gamète

68Cellule sexuelle normalement haploïde. Chez les animaux, les gamètes femelles sont appelés ovules et les gamètes mâles spermatozoïdes.

69Gaussienne

70Se dit d’une distribution de données ordinales continues en forme de cloche (voir aussi Poissonienne et Logistique).

71Gène

72Une portion d’ADN qui code pour une fonction, c’est-à-dire transcrite en ARN de transfert et ensuite en ARN messager (ou mRNA). L’ARN messager devant lui-même être traduit en molécule active tel un enzyme.

73Génotype

74Donne la composition allélique complète d’un individu à un locus donné ou à une série de loci spécifiques (quand précisé).

75Géométrique

76Voir Moyenne.

77Germinal

78Qui provient de la lignée du même nom, cellules souches des cellules sexuelles (ou gamètes).

79Gonochorique

80Terme un peu désuet aujourd’hui synonyme de dioïque (antonymique d’hermaphrodite).

81Goulot d’étranglement

82voir Bottleneck.

83Haploïde

84Caractérise un organisme ou une cellule avec un matériel génétique (chromosomes) présent en un seul exemplaire. Les cellules sexuelles (gamètes) sont typiquement haploïdes.

85Harmonique

86Voir Moyenne.

87Hermaphrodite

88Se dit d’une espèce à reproduction sexuée où chaque individu peut assurer les deux fonctions femelle et mâle (antonymique de gonochorique).

89Hétérogamie

90Processus de reproduction sexuée au cours duquel les individus ou leurs gamètes sont d’autant plus attirés l’un par l’autre (pour la reproduction) qu’ils diffèrent génétiquement (antonymique de l’homogamie).

91Hétérosis

92Phénomène sélectif concernant l’ensemble du génome au cours duquel les individus les plus hétérozygotes (en nombre de loci) sont favorisés (survie et/ou reproduction accrues).

93Hétérosome

94Synonyme de chromosome sexuel. Chez les espèces dioïques, le déterminisme du sexe peut être chromosomique. Dans ce cas, la composition en chromosome sexuel diffère entre les deux sexes (chromosomes XY des mammifères, chromosomes ZW des oiseaux) (antonymique d’autosome).

95Hétérozygote

96État d’un locus chez un individu diploïde présentant deux allèles différents (antonymique d’homozygote).

97Hitchhiking

98Voir Auto-stop.

99HLA

100Human Leukocyte Antigen, équivalent du MHC des vertébrés pour l’homme.

101Homogamie

102Processus de reproduction sexuée au cours duquel les individus ou leurs gamètes sont d’autant plus attirés entre eux (pour la reproduction) qu’ils se ressemblent génétiquement (antonymique de l’hétérogamie, voir aussi assortative mating).

103Homoplasie

104Phénomène décrivant l’identité entre deux allèles ne résultant pas d’une parenté commune récente, qui sont alors qualifiés d’identiques par état. Les microsatellites, ou les SNP, sont par nature homoplasiques. Cependant, comme les taux de mutations sont d’autant plus bas qu’il y a peu d’allèles, on ne peut pas facilement prédire quel type de marqueur sera plus homoplasique que l’autre.

105Homozygote

106État d’un locus chez un individu diploïde présentant deux fois le même allèle (antonymique d’hétérozygote).

107IAM (Infinite Allele Model)

108Modèle de mutation où chaque mutation génère un nouvel allèle qui n’existait pas auparavant dans la population, et qui sera définitivement perdu s’il disparaît. Ne permet aucune homoplasie.

109Îles (modèle en)

110Modèle théorique de population structurée en n dèmes de tailles identiques N composés à chaque génération non chevauchante de (1 – m)N individus autochtones et de mN individus migrants provenant aléatoirement de n’importe quel des n –1 autres dèmes.

111Inbreeding

112Voir Consanguinité.

113Infinite island model

114Ou modèle en îles infini. Modèle en îles avec un nombre infini de sous-populations.

115Intercept

116Pour une régression linéaire où la relation entre deux variables Rep et Expl est modélisée par une droite Rep = Pente × Expl + Intercept, où l’intercept correspond à la valeur prise par la variable à expliquer (Rep) quand la variable explicative (Expl) est nulle.

117Infra-population

118Utilisé en parasitologie pour désigner l’ensemble des individus de la même espèce de parasite contenus dans un individu hôte.

119Intron

120Partie d’un gène qui ne sera pas traduite en protéine, car éliminée lors du passage de l’ARN de transfert vers l’ARN messager (phénomène d’épissage) (antonymique d’exon).

121Island model

122Voir Îles (modèle en).

123KAM (K Allele Model)

124Modèle de mutation en nombre fini (K) d’allèles. Modèle de mutation où chaque mutation change un allèle dans un autre allèle parmi les K – 1 restants, avec la même probabilité. Plus K est petit, et plus fréquente est l’homoplasie, pour un même taux de mutation.

125Linkage disequilibrium

126Voir Déséquilibre de liaison.

127Locus

128Décrit une portion de l’ADN située dans une position spécifique du génome. Un locus ne correspond pas nécessairement à un gène.

129Logistique

130Se dit d’une régression pour des données disjointes en vrai et faux (ou 0 et 1) (voir aussi Gaussienne et Poissonienne).

131Métapopulation

132Une population composée de plusieurs unités (sous-populations ou dèmes). Chaque sous-population peut être caractérisée par une probabilité d’extinction ou de recolonisation. Les dèmes peuvent aussi être stables (comme dans un modèle en îles).

133Méiose

134Processus de production des cellules de la reproduction sexuée ou gamètes. C’est au cours de ce processus qu’ont lieu la ségrégation des allèles à chaque locus et la recombinaison entre loci, pour aboutir à la formation de cellules haploïdes.

135Microsatellite

136Élément constitutif de l’ADN. Il s’agit de courtes séquences répétées d’ADN réparties dans le génome et, la plupart du temps, sans fonction connue.

137Mutation

138Erreur héréditaire intervenant lors de la duplication de l’ADN.

139Monoïque

140Synonyme d’hermaphrodite (antonymique de dioïque).

141Moyenne

142Valeur unique x que devraient avoir les N individus i d’une population (ou d’un échantillon) pour que leur total soit inchangé. Il en existe trois types la moyenne

143arithmétique (la plus courante)  ; la moyenne géométrique

144 ou racine Nième des N produits x₁ × x₂ × … × x_i ; la moyenne harmonique .

145Neighbourhood model

146Modèle en voisinage. Un modèle théorique de population structurée où la migration de chaque individu est limitée par la distance, de telle sorte que l’apparentement entre individus devient une fonction décroissante de la distance qui les sépare, même en l’absence de toute barrière ou délimitation visible.

147Neutre

148Définit un locus ou un caractère dont le polymorphisme n’est soumis à aucune pression sélective d’aucune sorte (antonymique de sélectionné).

149Ordinales

150Qualifie des données que l’on peut ordonner (comptages ou mesures).

151Overdominance

152Superdominance. Processus sélectif au cours duquel la survie et/ou le succès reproducteur d’un individu se trouve augmentés si cet individu est hétérozygote à un locus donné.

153Ovule

154Gamète femelle.

155Pangamie

156Décrit un mode d’accouplement aléatoire (indépendant du génotype) des individus d’une population à reproduction sexuée.

157Panmixie

158Décrit un mode de reproduction sexuée où les zygotes sont formés par rencontre aléatoire de tous les gamètes de la population.

159Parthénogenèse

160Du grec παρθενος (partenos = vierge) and γένεσις (genèse), quand une mère produit des filles à partir d’ovules non fécondés.

161Pas japonais (Modèle en)

162Stepping-stone model. Modèle théorique de population subdivisée où les migrants ne s’échangent qu’entre sous-populations adjacentes.

163PCR

164Polymerase Chain Reaction, qui permet d’amplifier une portion d’ADN encadrée de séquences connues à partir de deux amorces d’ADN courtes spécifiques d’une zone de ces séquences flanquantes (plus de précisions dans Google).

165Phénotype

166Il s’agit de l’expression d’un caractère éventuellement héréditaire (comme la couleur des yeux). Pour des marqueurs codominants, le phénotype peut directement être traduit en génotype.

167Philopatrique

168Se dit d’un individu qui montre une tendance significative au retour vers son lieu de naissance.

169Phylogéographie

170Discipline visant à établir les relations de « parenté » entre populations géographiquement éloignées de la même espèce afin, par exemple, d’établir un scénario de colonisation de l’aire géographique occupée par cette espèce.

171Pléïotropique

172Se dit d’une sélection ou de l’effet d’un seul gène (ou famille de gènes) qui affecte deux caractères différents, comme par exemple les gènes du CMH (HLA chez l’homme) qui affectent à la fois le système immunitaire et la sélection du partenaire sexuel.

173Poissonienne

174Se dit d’une distribution de données ordinales discontinues (comptages) suivant une courbe en cloche (voir gaussienne et logistique).

175Polymorphe

176Condition qui décrit qu’un locus est variable d’un individu à l’autre, c’est-à-dire qu’il présente plus d’un allèle dans l’échantillon d’individus génotypés.

177Population

178Groupe d’individus partageant les mêmes paramètres démographiques, en particulier la régulation de la population, et partageant une ascendance commune plus probable avec les individus de la même unité qu’avec des individus d’autres populations définies comme telles, exception faite des migrants, bien entendu.

179Purine

180Base, constituant essentiel des nucléotides eux-mêmes éléments de base des acides nucléiques (ARN et ADN), complémentaires des Pyrimidines. Il en existe deux : l’adénine (A) complémentaire de la thymine (T dans l’ADN) et de l’uracile (U dans l’ARN) et la guanine (G) complémentaire de la cytosine (C).

181Pyrimidines

182Base, constituant essentiel des nucléotides eux-mêmes éléments de base des acides nucléiques (ARN et ADN), complémentaires des purines. Il en existe trois : la thymine (T), l’uracile (U qui prend la place de T dans l’ARN) et la cytosine (C).

183Récessif

184Caractérise un allèle qui est masqué quand hétérozygote avec un autre allèle (antonymique de dominant).

185Recombinaison

186Processus durant lequel les allèles de loci différents, auparavant associés, se retrouvent dissociés et réassociés à d’autres allèles. C’est ce qui se passe durant la méiose entre loci de chromosomes différents ou du même chromosome après crossing-over.

187Ségrégation

188Processus intervenant lors de la méiose et durant lequel les deux allèles de chaque locus se trouvent séparés pour devenir indépendants (dans des gamètes différents).

189Sélection

190Processus durant lequel la survie et/ou le succès reproducteur d’un individu dépend de son phénotype ou de son génotype d’une manière plus ou moins directe.

191Sélectionné

192S’applique pour un locus ou un caractère soumis à sélection (antonymique de neutre).

193Selfing

194Voir autofécondation.

195Sex-ratio

196Ratio du nombre de mâles sur le nombre de femelles dans une population. Égal à un quand il est équilibré.

197SMM (Stepwise Mutation Model)

198Mécanisme de mutation au cours duquel chaque mutation augmente ou diminue, avec une égale probabilité, la taille de l’allèle d’une unité (step) pré-définie. Ce mode de mutation génère beaucoup d’homoplasie et aboutit au fait qu’une ressemblance de taille peut se traduire par une ascendance commune de deux allèles.

199SNP

200Single nucleotide polymorphism. Marqueurs génétiques déterminés par la mutation d’un site (paire de base) de l’ADN, avec en général deux allèles possibles, car les transitions sont beaucoup plus fréquentes que les transversions.

201Somatique

202Ce qui vient du soma, c’est-à-dire n’impliquant pas les cellules de la lignée dite germinale (antonymique de germinal).

203Sous-dominance

204Processus sélectif au cours duquel les individus hétérozygotes à un locus donné montrent une survie et/ou un succès reproducteur réduit.

205Sous-population

206Voir Dème.

207Spermatozoïde

208Gamète mâle.

209Stepping-stone model

210Voir Pas japonais.

211Superdominance

212Voir Overdominance.

213Taq polymérase

214Enzyme : DNA polymérase extraite de l’extrémophile Thermus aquaticus capable de synthétiser de l’ADN à très hautes températures et utilisée pour les réactions de PCR.

215Tore

216Définit la surface d’une figure géométrique en trois dimensions ayant la forme d’une bouée ou d’un donut (pour les plus gourmands).

217TPM (Two Phase Model)

218Modèle de mutation combinant le KAM et le SMM avec une proportion variable de mutations générées par l’un ou l’autre des mécanismes correspondants.

219Transition

220Mutation ponctuelle consistant au remplacement d’une purine par une autre purine (A<=>G) ou d’une pyrimidine par une autre pyrimidine (C<=>T) (antonymique de transversion).

221Transversion

222Mutation ponctuelle consistant au remplacement d’une purine par une pyrimidine ou d’une pyrimidine par une purine (A<=>T, A<=>C, G<=>C, G<=>T) (antonymique de transition).

223Underdominance

224Voir Sous-dominance.

225Végétative

226Mode de reproduction purement asexuée où un individu donne naissance à plusieurs autres individus par simple division (mitose ou scissiparité).

227Vigueur hybride

228Voir Hétérosis.

229Voisinage (Modèle en)

230Voir Neighbourhood model.

231Wahlund (Effet)

232Diminution de l’hétérozygotie observée que produit le mélange dans un même échantillon d’individus hétérogènes génétiquement.

233Zygote

234Résultat de la fusion de deux gamètes. Le terme œuf est aussi parfois usité.