Table des matières

1. Concepts théoriques et statistiques

• Notions préliminaires
• Marqueurs cytoplasmiques
• Marqueurs nucléaires dominants
• Marqueurs nucléaires codominants
• Les allozymes
• Pas de tache où des traînées non interprétables sont présentes sur le gel
• Les taches révélées de tous les individus se retrouvent toutes au même niveau
• Les taches révélées ne sont pas retrouvées au même endroit
• Autres cas
• Commentaires sur les allozymes
• Les microsatellites

• Calcul des fréquences alléliques à partir d’un échantillon
• Conformité avec les proportions d’Hardy-Weinberg
• Les hypothèses d’Hardy-Weinberg
• L’équilibre d’Hardy-Weinberg
• Relaxation des hypothèses de Hardy-Weinberg
• La population est de taille finie
• Il y a mutation
• Mutation récurrente
• Modèle de mutation en nombre fini d’allèles ou KAM (K Alleles Model)
• IAM ou Infinite Allele Model
• SMM ou Stepwise Mutation Model
• Conclusion sur la mutation
• Migration
• Sélection
• Sélection directionnelle
• Sous-dominance
• Super-dominance
• La sélection fréquence-dépendante
• Hétérosis
• La sélection gamétique
• Le régime de reproduction n’est pas panmictique
• Autofécondation
• Les croisements systématiques entre apparentés
• L’homogamie
• L’hétérogamie
• La clonalité
• Les générations se chevauchent
• La notion de déficit en hétérozygotes, définitions
• Populations structurées, effet Wahlund et statistiques F (F-statistics)
• L’exemple du modèle en îles
• Le déficit en hétérozygotes dû à la structuration (effet Wahlund)
• Les statistiques F de Wright (1965)
• Définitions classiques
• Définitions en fonction des probabilités d’identité
• Inférer Nm à partir du F_ST dans un modèle en îles
• Pertinence du modèle en îles
• Autres modèles de populations structurées
• Estimateurs non biaisés des statistiques F
• Mesures de différenciation génétique alternatives au F_ST
• Les R-Statistiques
• Le F_ST maximum possible
• Différenciation génétique par paire d’échantillons ou d’individus
• Espèces haploïdes et loci liés au sexe
• Le problème de l’homoplasie
• Structuration à plus de trois niveaux
• Probabilités (ou indices) d’assignement
• Les déséquilibres de liaison

• Bases
• L’hypothèse nulle
• Qu’est-ce qu’un test statistique ?
• Risques de première et de seconde espèce
• Le principe des randomisations
• Intervalles de confiance de bootstrap et jackknife
• Le bootstrap
• Bootstrap sur les loci
• Bootstrap sur les populations
• Le jackknife
• Jackknife sur les loci
• Jackknife sur populations
• Applications numériques pour le jackknife
• Mise en garde
• Les permutations
• Tester la panmixie locale
• Tester le F_IS
• Tester s’il existe un déficit en hétérozygotes
• Tester s’il existe un excès d’hétérozygotes
• Tester un écart dans n’importe quelle direction (excès ou déficit)
• Autres méthodes pour tester l’écart à la panmixie
• Tests exacts
• Méthode de Rousset et Raymond (1995)
• Tester la pangamie
• Tester la structuration
• Tester le F_ST
• La méthode basée sur le G de Goudet et al. (1996)
• Test exact allélique de Rousset et Raymond (1995)
• Tester la panmixie globale
• Tester les déséquilibres de liaison
• Nombre de randomisations
• Correction du seuil
• Remarques sur les tests de déséquilibres de liaison et leur interprétation
• Le problème des tests répétés
• Les tests répétés sont indépendants
• Tester si un signal global existe
• Déterminer quels sont les tests significatifs, procédures de type Bonferroni
• Les tests répétés ne sont pas indépendants
• Tester si un signal global existe
• Déterminer quels sont les tests significatifs, procédure de Benjamini et Yekutieli
• Le cas des déséquilibres de liaison
• Tester la corrélation entre distances
• Distances génétiques et géographiques
• Les sous-échantillons sont alignés en une seule dimension
• Les sous-échantillons sont distribués sur deux dimensions
• Autres distances
• Tester les biais de dispersion de certaines catégories d’individus
• Tester la différence entre groupes
• Analyses multivariées
• Analyse factorielle des correspondances (AFC)
• Exemples
• Recommandations et astuces pour les utilisateurs de l’AFC
• Analyse en composantes principales (ACP)
• Analyse canonique des correspondances (ACC)
• Construction d’arbres
• Trouver une sous-structure cachée
• Commentaires sur les algorithmes bayésiens de clusterisation
• Estimer des effectifs efficaces
• Définition de l’effectif efficace d’une population
• Méthodes de calcul de l’effectif efficace des populations naturelles
• Détection de goulots d’étranglement
• Le cas spécial des allèles nuls
• Présentation générale
• Détecter la présence d’allèles nuls
• Trucs et astuces pour tester la présence des allèles nuls
• Le cas très spécial de la dominance des allèles courts
• Point de vue théorique
• Du point de vue pratique : détection de la dominance des allèles courts
• Méthode fastidieuse de régression multiple
• Méthode rapide de corrélation
• Le cas du « stuttering »

2. Applications à des exemples concrets

• Introduction
• État des lieux
• Premier recodage des données
• Premières analyses : indépendance entre allèles dans et entre loci dans les sous-échantillons
• Recherche d’allèles nuls et de dominance d’allèles courts
• Convertir le fichier pour Micro-Checker et ouverture du logiciel
• Analyses des loci autosomiques du premier sous-échantillon par Micro-Checker
• Analyses des autres sous-échantillons, des autres loci autosomiques et du locus IR08
• Bilan des analyses avec Micro-Checker
• Détection de dominance d’allèles courts par la méthode de régression multiple
• Bilan de l’analyse des déficits locaux en hétérozygotes
• Recherche d’une structure cachée (effet Wahlund)
• Introduction
• Construction des fichiers BAPS
• Analyse des fichiers par BAPS
• Commentaires sur l’analyse des fichiers par BAPS
• Conclusion sur les déficits en hétérozygotes
• Structure des populations et schémas de différenciation
• Structure génétique spécifique à chaque sexe des données brutes (sans tenir compte de BAPS)
• Structure génétique spécifique à chaque sexe des données clusterisées par BAPS
• Interpréter l’ensemble des résultats sur les biais de structuration
• Différenciation globale et isolement par la distance
• Définir différents niveaux de subdivision pour l’analyse hiérarchique
• Analyse hiérarchique sur données brutes (pas de cluster BAPS)
• Analyse hiérarchique sur données clusterisées par BAPS
• Test d’isolement par la distance
• Estimation d’effectifs efficaces, extrapolation des densités et de la dispersion
• Effectifs efficaces des tiques de Suisse
• Extrapolation des densités et des distances de dispersion des tiques en Suisse
• Conclusions de la 1^re édition de ce manuel sur la biologie et la génétique des populations d’I. ricinus en Suisse
• Discussion des résultats obtenus par des méthodes plus récentes d’analyse pour la 2^e édition de ce manuel
• Interactions avec les micropathogènes transmis
• Introduction
• Présentation des données
• Distribution des différentes borrélies dans les femelles et mâles d’I. ricinus : analyses de la 1^re édition
• Analyses correctes en modèles généralisés pour cette réédition
• Co-occurrence des différentes espèces de borrélies
• Analyses de la 1^re édition
• Analyses effectuées pour la réédition de ce manuel sur les occurrences des différentes espèces de borrélies dans leur environnement
• Co-occurrences des différentes espèces de borrélies
• Distribution spatiale
• Occurrence des différentes espèces de borrélies et génétique des tiques : analyses de la 1^re édition
• Différenciation entre tiques infectées et non infectées
• Différenciation entre tiques infectées par différentes borrélies
• Biais de structuration spécifique associé au pathogène
• Biais de structuration spécifique au pathogène et au sexe
• Occurrence des différentes espèces de borrélies et génétique des tiques : nouvelles analyses
• Différenciation entre tiques infectées et non infectées
• Différenciation entre tiques infectées par différentes borrélies
• Différenciation génétique pathogène spécifique
• Tests de comparaisons de niveaux de subdivision
• Pour Bbss
• Pour Ba
• Pour Bbundet
• Toutes borrélies confondues
• Tests de biais de dispersion pathogène spécifique
• Conclusion sur le statut infectieux et la génétique des tiques
• Conclusions de la 1^re édition sur les borrélies et I. ricinus en Suisse
• Conclusions sur les borrélies et I. ricinus en Suisse : 2^e édition

• Introduction
• État des lieux
• Le cycle de vie particulier des mouches tsé-tsé et leur capture
• Premier recodage des données
• Premières analyses : indépendance entre allèles dans et entre loci
• Déséquilibres de liaison au sein des quatre zones
• Test de la panmixie dans les quatre zones d’échantillonnage
• Analyse par Micro-Checker
• Mise en évidence d’une sous-structuration à l’intérieur des zones A, H, C et D
• Analyse par piège
• Clusters BAPS
• Isolement par la distance entre individus
• Effectifs efficaces
• Densités efficaces
• Conclusions : isolement par la distance intra-zone (rolling on the river)
• Différenciation entre les quatre zones
• Analyse HierFstat du jeu de données total partitionné par BAPS
• Comprendre le manque de structure inter-zones avec un peu de théorie
• Comprendre le manque de structure inter-zones avec un peu de simulations
• Conclusions
• Résultats obtenus avec les analyses pour la 2^e édition
• Déséquilibres de liaison et panmixie locale dans les pièges
• Recherche du niveau hiérarchique minimal de structuration avec HierFstat
• Déséquilibres de liaison et panmixie locale dans les zones Zs
• Isolement par la distance entre les zones Zs
• Isolement par la distance en une dimension
• Isolement par la distance en deux dimensions
• Effectifs efficaces et distances de dispersion
• Effectifs efficaces
• Conclusions sur les nouveaux résultats de cette réédition

• Introduction
• État des lieux
• Analyse de la consanguinité relative intra-hôte
• Homozygotie et déséquilibre de liaison intra-hôte
• Analyse hiérarchique
• Analyses intra et inter-ferme
• Homozygotie, déséquilibre de liaison intra-ferme et différenciation globale
• Analyse des biais de dispersion sexe-spécifiques
• Tests de pangamie
• Recherche d’un effet Wahlund
• BAPS
• Flock
• Analyse DAPC pour la 2^e édition
• Conclusion des analyses intra-fermes
• Isolement par la distance
• Effectifs efficaces
• Densité efficace et distance de dispersion parents-descendants adultes
• Recherche de la signature d’un goulot d’étranglement
• Conclusions

• Introduction
• État des lieux
• Le jeu de données brutes
• Tester l’effet de la technique d’isolement des souches
• Création d’un fichier Fstat et MSA
• Analyse Fstat par paire de sous-échantillons
• Analyse NJTree
• Déséquilibres de liaison, homozygotie relative locale et système de reproduction
• Création du fichier Fstat
• Analyse des déséquilibres de liaison et des F_IS
• Déséquilibres de liaison
• Excès d’hétérozygotes locaux
• Différenciation génétique et structure des populations
• Calculs d’effectifs efficaces
• Construction des fichiers pour NeEstimator et pour MLNe
• Analyses avec NeEstimator
• Analyses avec MLNE
• Estimation de la taille clonale des foyers par modélisation
• Cas général
• Nombre infini de sous-populations
• Deux sous-populations
• Une sous-population isolée
• Structure à l’échelle sub-spécifique
• Conclusion
• Pour la 1^re édition
• Pour la 2^e édition

• Clé de décisions pour les études de génétique des populations empirique