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Les virus émergents

 | 
Jean-François Saluzzo
, 
Pierre Vidal
, 
Jean-Paul Gonzalez

Chapitre II. Facteurs d’émergence des maladies virales

Texte intégral

1Les facteurs d’apparition des maladies virales émergentes se répartissent, selon leur origine, en facteurs anthropiques (dus à la présence de l’homme) et naturels, les deux groupes étant souvent très étroitement liés. En effet, les modifications écologiques induites par l’homme peuvent largement influencer les paramètres naturels d’émergence des virus. L’effet de serre en particulier peut avoir une influence importante sur le réchauffement de la planète et par conséquent sur l’écologie des vecteurs et des maladies qu’ils sont susceptibles de transmettre. Malgré les nombreuses recherches menées sur ce phénomène, il est difficile de prévoir l’amplitude du réchauffement du globe terrestre dans les années à venir, et son impact à court terme demeure minime. En revanche, on sait de manière certaine que les modifications apportées par l’homme à l’écosystème aboutissent souvent à des perturbations favorables à l’émergence des viroses. C’est pourquoi dans ce chapitre la part des facteurs humains est prépondérante, comparativement aux facteurs de risque présentés par la nature.

Facteurs de risque d’origine anthropique

2Nous avons regroupé les facteurs contemporains favorisant l’émergence des virus en grandes catégories qui correspondent chacune à un type d’activités ou de comportements humains, en les illustrant par des exemples de maladies virales nouvelles (émergentes ou ré-émergentes). Ces facteurs de risque sont principalement liés aux modifications écologiques, à l’évolution des politiques de santé, aux pratiques socio-culturelles nouvelles, enfin aux pratiques médicales elles-mêmes.

Facteurs de risque liés aux modifications écologiques

3Homo sapiens sapiens, comme ses ancêtres hominiens et simiens, est omnivore. Sa pensée réfléchie lui a permis d’inventer et de développer des techniques pour améliorer le rendement de son économie de subsistance alimentaire ; il a domestiqué le feu et créé des outils. Son action sur l’environnement naturel est donc très ancienne. Très tôt par exemple, il a incendié les forêts sèches et les brousses pour chasser. Les préhistoriens parlent de la « révolution néolithique », datée d’environ dix mille ans, quand l’homme a commencé à transformer la nature. L’élevage a modifié de vastes espaces végétaux et a mis les humains en contact avec les parasites d’animaux (les tiques par exemple). L’agriculture a créé de nouvelles espèces végétales et transformé de fond en comble de vastes espaces par le défrichage, les brûlis, les jachères, la construction de barrages pour l’irrigation, toutes ces actions prenant toujours plus d’ampleur et s’accumulant au fil des générations : la majorité des terres cultivables de la planète a été touchée. Ainsi, on peut vraisemblablement dater du début de la période néolithique les premières transmissions interhumaines d’agents infectieux. Ce pourrait être notamment le cas du virus de la rougeole. Oldstone (1998) estime que ce virus aurait infecté l’homme il y a environ 6 000 ans, au début de la révolution agricole en Mésopotamie. Il proviendrait du virus de la peste bovine. Profitant de conditions favorables liées à une augmentation significative des densités des populations humaines, il se serait adapté à l’homme.

4L’espèce humaine, par ses capacités de réflexion et d’adaptation pour profiter au mieux de l’environnement terrestre, a connu une exceptionnelle réussite démographique. Sa croissance démographique est longtemps restée modérée, et la terre était vaste. L’impact sur l’environnement demeurait faible. L’isolement des populations était important (le grand nombre – quatre à cinq mille – de langues ayant existé ou existantes l’atteste). La maladie était présente, mais on ne connaissait pas d’épidémies étendues, l’absence de communications entre les populations et leur extrême fluidité s’y opposaient. Enfin, l’impact de l’homme sur son environnement biologique n’est pas du même ordre pour un habitant au kilomètre carré que pour quelques dizaines, voire quelques centaines, dans une économie agricole.

5La réussite démographique humaine, due en grande partie au développement de l’agriculture et du pastoralisme, trouve une de ses limites dans le contact avec des virus, favorisé par ces mêmes activités. Nous allons en donner quelques exemples contemporains.

Hôte et/ou environnement nouveau : les virus du groupe Hantaan

6En Corée, la mise en valeur des terres pour la culture du riz a favorisé le pullulement d’espèces commensales de rongeurs, jusqu’à ce que la fréquence des rencontres homme-rongeur soit suffisamment élevée pour que le virus sorte de son cycle naturel et qu’il infecte les agriculteurs. La maladie fut nommée « fièvre hémorragique de Corée ». Elle était connue depuis des siècles, mais elle devint, pour les milieux médicaux occidentaux, maladie « nouvelle » lorsque dans les années 1950 – durant la guerre de Corée – plusieurs milliers de militaires des Nations unies furent atteints (on constate là l’importance des facteurs socio-économiques dans la reconnaissance d’une maladie : il a fallu un nombre élevé de cas cliniques graves dans une population très médicalisée pour la révéler). Grâce aux efforts conjoints des chercheurs coréens et américains, l’agent responsable fut reconnu comme un virus « nouveau », baptisé Hantaan, du nom de la rivière coréenne qui sépare aujourd’hui les deux Corée (Lee et al., 1978).

7Dans les années 1980, un virus analogue fut identifié en Scandinavie, le virus Puumala, responsable d’une atteinte rénale aiguë, avec un tableau clinique radicalement différent. Comme en Extrême-Orient, on identifia un rongeur à la fois réservoir et vecteur du virus. En 1983, les virologistes américains mirent en évidence la circulation d’un virus proche dans les populations de rongeurs du Maryland. En France, les premières sérologies positives confirmèrent la présence de ce type de virus de l’Ile-de-France aux Ardennes (Méry et al., 1983 ; Dournon et al., 1983). En 1990 fut isolée une souche locale de virus Puumala, dont la fréquence apparaissait non négligeable : une étude réalisée à l’hôpital de Charleville-Mézières en 1990 a montré qu’un tiers des insuffisances rénales aiguës y seraient dues à ce virus. En Belgique, des colonies de rats de laboratoire furent trouvées naturellement infectées. La présence d’un virus Hantaan fut également détectée en République centrafricaine (Gonzalez et al., 1984). Pendant dix ans, tous ces virus, très proches antigéniquement, ne se sont avérés hautement pathogènes qu’en Extrême-Orient, alors qu’ils étaient présents dans le reste du monde, hébergés par des populations de rongeurs, associés à des contaminations humaines rares et sans conséquences graves. Mais, en 1993, une épidémie due à un Hantavirus (évoquée à la fin du chapitre précédent, cf. maladie des Indiens navajos) éclata au cœur des États-Unis et se révéla dramatique par sa mortalité élevée. Dès le début de l’épidémie chez les Navajos, le lien avec les rongeurs put être établi en raison de la pullulation de rats relevée cette année-là, due au fait que les moissons avaient été avancées et abondantes en raison d’une pluviosité exceptionnelle l’hiver précédent. Les États-Unis hébergent donc l’un des virus les plus dangereux que l’on connaisse, si on tient compte de son mode de transmission par aérosol et de sa forte létalité (67 % des personnes infectées). Pourquoi ce virus aujourd’hui ? Quels sont les facteurs humains et naturels qui ont entraîné son apparition ? Est-ce bien un nouveau virus, ou un virus qui a jusque-là échappé à la vigilance des Services de santé américains ? Cet aspect de l’écologie des Hantavirus sera discuté infra (cf. chapitre IV).

8Aujourd’hui, les infections causées par les Hantavirus sont une priorité de santé publique en Chine, où l’on dénombre plus de soixante mille cas par an et où les biotopes favorables aux réservoirs de rongeurs ne cessent de s’étendre, au rythme du développement agricole incessant qui suit la croissance des populations humaines (Saluzzo et Dodet, 1999 a et b).

Intensification de la culture du maïs et fièvre hémorragique d’Argentine

9La fièvre hémorragique d’Argentine (FHA) a été reconnue comme maladie nouvelle en 1953. Elle sévissait sous forme endémique dans un secteur des pampas de la province de Buenos Aires. Elle s’étendit peu à peu aux provinces voisines. Le virus responsable, un Arénavirus baptisé Junin, fut isolé en 1958 (Parodi et al., 1958). Son hôte réservoir est un rat du genre Calomys. Ces rats vivaient dans les pampas bien avant la colonisation humaine, et hébergeaient sans doute le virus Junin (cf. chapitre III la théorie de co-évolution des rongeurs et des virus). Pourquoi ne s’est-il pas manifesté auparavant chez les humains ? Et pourquoi choisir ce moment, alors qu’aucun événement n’avait en apparence bouleversé l’environnement ?

10Depuis un siècle, la culture du maïs entraînait la disparition progressive de cette zone de pampa aux herbes sauvages. Son rendement restait faible, à cause de la concurrence des mauvaises herbes parasites. Après la Seconde Guerre mondiale, l’utilisation d’herbicides favorisa la culture du maïs, ce qui poussa à son extension et multiplia les populations de Calomys. La fièvre hémorragique d’Argentine, jusque-là silencieuse – ou peut-être endémique et non remarquée -, devint épidémique.

11Une moyenne de 15 000 cas de FHA fut dès lors notifiée chaque année chez les travailleurs agricoles, avec un taux de létalité pouvant aller jusqu’à 30 %. Les épidémies prirent même un second souffle quand l’introduction des moissonneuses augmenta encore les risques pour les humains, en produisant des aérosols avec les déjections infectées des rongeurs, et en broyant et répandant les corps de ces derniers.

12On a ainsi assisté en quelques années à l’apparition et à l’évolution d’une fièvre hémorragique, en relation avec les transformations de l’agriculture et l’augmentation de la population de rongeurs. Mécanisation, dératisation, protection des travailleurs ont par la suite modelé le profil des épidémies. Il semble que l’incidence de la maladie ait diminué aujourd’hui là où elle était la plus forte ; mais elle s’étend en tache d’huile vers des zones où elle était inconnue. On assiste à une véritable évolution du profil épidémiologique de la FHA. Pour quelles raisons ? La question des facteurs d’émergence est cruciale dans le problème de l’apparition des maladies nouvelles. Pour l’un des découvreurs de la FHA, le docteur Maiztegui, des sous-populations de rongeurs, plus sensibles et plus efficaces dans la transmission du virus, se déplaceraient sous la pression et la concurrence d’autres rongeurs ou à cause de facteurs non identifiés, allant porter la maladie à la périphérie de la zone d’enzootie. Que se passera-t-il quand la FHA atteindra à l’ouest, au sortir de la pampa, la lisière forestière dans laquelle la faune est si différente ? Que se passera-t-il au nord quand elle atteindra les rives du rio de la Plata et du Parana ?

Culture du riz et encéphalite japonaise

13L’encéphalite japonaise est due à un Flavivirus (famille Flaviviridae), isolé dès 1935 au Japon. La maladie est connue depuis la fin du xixe siècle (Tsai, 1997). En 1924, ce virus fut à l’origine d’une importante épidémie dans ce pays où, à intervalles réguliers entre 1931 et 1948, d’autres épidémies furent rapportées. Initialement, le terme utilisé pour qualifier cette virose était « encéphalite japonaise type B », pour la différencier de l’encéphalite léthargique de type A. Le terme « type B » n’est plus employé aujourd’hui.

Figure 1. Expansion de l’encéphalite japonaise en Asie et en Australie (1924-2003).

Figure 1. Expansion de l’encéphalite japonaise en Asie et en Australie (1924-2003).

(d’après Tsai, CDC; Mackenzie, WHO; Barbazan, IRD)

14La figure 1 illustre l’avancée progressive de cette maladie jusqu’en 2003. Son cheminement allait d’est en ouest. Plus récemment, le virus de l’encéphalite japonaise a atteint le continent australien après passage du détroit de Torrés en 1995. Le risque est immense pour ce continent à l’agriculture extensive et où les élevages porcins sont nombreux. A la faveur de l’apparition de ces premiers cas d’encéphalite japonaise, de nombreuses enquêtes épidémiologiques ont montré, ce qui n’était pas connu, l’extension de vecteurs potentiels à presque tout le pays. Le virus circule suivant un mode enzootique commun à de nombreux arbovirus. Son cycle fait intervenir des vecteurs du genre Culex (Culex tritaeniorhynchus et C. vishnui) dont les gîtes sont constitués par les rizières et les mares. Les hôtes vertébrés, amplificateurs ou disséminateurs du virus, sont principalement les porcs et les oiseaux. Les cycles de circulation ainsi que le maintien du virus en période hivernale sont complexes, mais les poussées épidémiques prennent naissance principalement en milieu rural, chez les agriculteurs, lorsque sont réunies les conditions d’abondance vectorielle, conséquence d’une pluviométrie excessive. Les facteurs expliquant la progression géographique de cet arbovirus seraient le développement agricole en Asie, en particulier la culture en rizières, ainsi que l’élevage du porc, qui constitue une source alimentaire importante. En outre, la diversité des vecteurs et des hôtes amplificateurs explique l’établissement enzootique du virus de l’encéphalite japonaise dans des zones très variées (Saluzzo et Dodet, 1997a et b). A l’opposé, la vaccination a limité son expansion dans certains pays, comme le Japon.

15L’encéphalite japonaise n’est pas seulement une virose importante pour les pays asiatiques, mais également une source de contamination pour les voyageurs étrangers.

L’homme favorise la pullulation vectorielle : la fièvre hémorragique de Crimée-Congo

16Les premières flambées de cette maladie fébrile accompagnée de sérieuses manifestations hémorragiques ont été enregistrées en URSS (sud de la Russie et de l’Ukraine) en 1944. La maladie était nouvelle et résultait de modifications écologiques dues à l’action humaine : à la fin de la Seconde Guerre mondiale, des militaires soviétiques vinrent aider au développement des cultures ; comme la chasse était interdite, le gibier pullulait, en particulier les lièvres qui favorisèrent l’accroissement du vecteur, la tique Hyalomma margitanum, assurant ainsi la transmission du virus à ce type de population nouvellement arrivée. L’épidémie prit fin à la suite de violentes pluies qui entraînèrent une forte mortalité parmi les lièvres. En Astrakhan, où le virus a été à l’origine d’épidémies en 1953 et en 1968, ce sont également des changements environnementaux qui ont permis l’émergence de cette virose : la régulation des populations de tiques vectrices du virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo (FHCC) était assurée principalement par les inondations occasionnées au printemps par les crues du fleuve Volga. L’homme, en régulant le cours du fleuve, a favorisé à la fois la pullulation vectorielle et les réservoirs de virus, ce qui a été à l’origine des poussées épidémiques endiguées à leur tour par la survenue d’un hiver très froid. La maladie fut décrite dans d’autres régions d’URSS, puis en Europe de l’Est, notamment en Bulgarie et en Yougoslavie.

17Après de nombreux essais infructueux, le virus agent de la fièvre hémorragique de Crimée fut isolé en 1966 par les chercheurs soviétiques. Il s’avéra, en fait, identique à un virus isolé dix ans plus tôt au Congo belge (actuellement République démocratique du Congo), à Kinshasa, à partir d’une infection fébrile observée chez un jeune enfant (Casals, 1969).

18L’aire de distribution de ce virus (Nairovirus) comprend l’Afrique, l’Europe de l’Est, plusieurs États de l’ancienne URSS, le Moyen-Orient et différents pays d’Asie ; il est toujours transmis par des tiques dans ces régions. Bien qu’il ait été isolé à partir de vingt-cinq espèces, ses vecteurs les plus importants appartiennent au genre Hyalomma. Le virus FHCC est à l’origine d’hémorragies digestives extrêmement sévères, avec un pronostic très défavorable. L’une de ses caractéristiques les plus redoutables est son aptitude à provoquer des épidémies nosocomiales.

19On se demande pourquoi la forme hémorragique n’est pas aussi prévalente dans les pays d’Afrique de l’Ouest qu’en Eurasie (il est admis que la pathologie induite par le virus est identique dans les deux régions et s’apparente au groupe des fièvres hémorragiques virales). Les souches virales sont en effet génétiquement si proches que l’on considère qu’elles relèvent d’une seule espèce du virus. Les tiques vectrices appartiennent aux mêmes genres et ont la même efficacité comme vecteur ; enfin, et surtout, le réservoir ongulé est le même : le mouton. La réponse réside certainement dans le cycle de maintenance du virus dans la nature. Quelques expériences préliminaires nous donnent en effet à penser que l’hôte joue un rôle de sélection sur des sous-populations virales pouvant présenter un phénotype nouveau, qui se traduirait par une pathogénie accrue chez le vertébré. Plus de dix espèces de tiques peuvent transmettre le virus et tous les ongulés et les camélidés semblent sensibles à l’infection, même s’ils ne développent pas de maladie apparente. On se pose donc la question de savoir quelle combinaison hôte/vecteur créerait une sous-population virale hautement pathogène pour les humains en Afrique. Quant à l’origine géographique du virus, elle reste tout à fait inconnue.

L’homme introduit un réservoir de virus : la fièvre hémorragique d’Omsk

20La fièvre hémorragique d’Omsk fut décrite en 1944-1945 dans les régions rurales au nord de cette ville, en Sibérie. Deux flambées épidémiques sévirent en 1944 et 1945, avec plus de six cents cas enregistrés. Le virus appartient à la famille des Flaviviridae ; il possède des propriétés antigéniques proches de celles du complexe du virus de l’encéphalite à tique. La maladie se manifeste en milieu rural suite à la piqûre d’une tique (Dermacentor pictus). Le cycle d’amplification est complexe, faisant intervenir différents mammifères. Le rat musqué (Ondatra zibethica), introduit dans la région il y a une soixantaine d’années pour la chasse, joue un rôle important pour la transmission du virus dans plusieurs foyers naturels. Cet animal semble pouvoir transmettre le virus par contact direct – des cas isolés de fièvre hémorragique d’Omsk, observés pendant les mois d’hiver, se sont déclarés chez des personnes ayant chassé des rats musqués et manipulé leur carcasse.

Déforestation et maladie de la forêt de Kyasanur (Inde)

21En 1957, des rapports signalèrent des épizooties fatales touchant les singes sauvages dans les régions boisées du district de Shimoga, en Inde, accompagnées de flambées d’une maladie chez les villageois vivant à la lisière des forêts (Work et al., 1957). Les autochtones appelèrent cette infection « la maladie des singes », en raison du taux de mortalité élevé chez ces animaux. Ces observations suscitèrent une grande inquiétude chez les autorités médicales nationales et internationales ; celles-ci crurent un moment à l’apparition de la fièvre jaune sur le continent asiatique – cette éventualité menaçante est une des plus grandes craintes de l’Organisation mondiale de la santé.

22En réalité, le virus isolé appartient bien à la famille des Flaviviridae, comme celui de la fièvre jaune, mais se rapproche davantage du groupe des encéphalites à tique, bien que provoquant chez l’être humain une fièvre hémorragique. Le cycle de circulation du virus de la forêt de Kyanasur est complexe ; il fait intervenir une tique (Haemaphysatis spinigera) comme vecteur et divers mammifères jouent le rôle d’hôtes réservoirs. Les tiques se nourrissent sur les singes, lesquels développent une virémie importante et peuvent faire une maladie d’évolution fatale – ce fut l’épizootie simienne qui alerta les autorités.

23L’être humain est un hôte accidentel, il ne joue aucun rôle dans la transmission naturelle du virus. Il a cependant modifié de façon spectaculaire la situation épizootique silencieuse, en défrichant pour créer des pâturages ou à d’autres fins agricoles. Le bétail était mis en pâture autour de la forêt, offrant ainsi aux tiques une nouvelle et abondante source de repas sanguins ; ce qui entraîna une prolifération des tiques vectrices de la maladie – situation analogue à celle décrite pour le virus FHCC en Crimée, au lendemain de la Seconde Guerre mondiale. La maladie reste cependant limitée à quelques foyers. La surveillance de la mortalité des singes est un excellent indicateur de la survenue d’une flambée épidémique. La dernière poussée fut observée en 1982-1983, à la suite du déboisement de la forêt de Nidle pour y planter des anacardiers ; les travailleurs venant des zones voisines avaient remarqué dans la forêt, vers la fin du mois d’octobre, des singes morts ; les premiers cas humains de la maladie se produisirent en décembre.

24Le virus de la forêt de Kyasanur présente également la particularité d’avoir été à l’origine de nombreuses contaminations de laboratoire par des aérosols, tant en Inde qu’aux États-Unis.

Développement agricole dans la forêt amazonienne : les virus Oropouche et Machupo

25Le virus Oropouche (famille Bunyaviridae) a été isolé pour la première fois en 1955 à Trinidad chez un forestier présentant un syndrome fébrile. D’autres isolements ont été rapportés, notamment au Brésil. Mais en 1961 une importante épidémie s’est produite dans ce pays. Rien que dans la ville de Belém, 11 000 cas ont été rapportés ; par la suite, de nombreux cas se sont produits le long du fleuve Amazone jusque dans les grandes agglomérations telles que Manaus. Les différentes épidémies sont responsables de 263 000 cas, dont 130 000 rien qu’au cours de la période 1978-1980. Le virus Oropouche provoque une infection dominée par un syndrome fébrile accompagné de céphalées et d’arthralgies parfois associées à des signes méningés. L’association de ce virus avec des avortements au cours des épidémies est discutée. L’émergence du virus Oropouche est étroitement liée au développement agricole dans le bassin amazonien et à la dégradation de la forêt tropicale. L’intensification de la culture du cacao a favorisé la pullulation du vecteur Culicoides paraensis, dont un des gîtes favoris est constitué par les amas de fragments de coquilles de graines de cacao. Après une première amplification dans les plantations, le virus s’est déplacé avec les travailleurs amenés à regagner leur logement dans les villes en bordure du fleuve Amazone, qui connurent alors des épidémies.

26L’histoire du virus Machupo (Arénavirus) est étroitement associée au Dr Karl M. Johnson (surnommé « papa Machupo »), qui isola le virus en 1964 (Johnson et al., 1965) avant de se contaminer et de présenter une forme très sévère de l’infection. Ce virus fut découvert à la suite d’une importante épidémie de fièvre hémorragique survenue dans la ville de San Joaquin, dans la province du Beni, au nord de la Bolivie. Le nom donné à ce virus provient d’un fleuve affluent de l’Amazone.

27L’émergence du virus Machupo est étroitement liée aux activités agricoles. Le Dr Johnson rapporte en ces termes l’origine de l’épidémie : « Dans cette région où tout appartenait à la famille Casa Suarez, d’origine brésilienne, la principale activité était l’élevage, en particulier des bovins. Le bétail était exporté de cette région par le fleuve Amazone jusqu’en Europe et aux États-Unis. En contrepartie, le riz, le maïs, les haricots, les fruits et les autres denrées de première nécessité étaient importés pour assurer la subsistance des cow-boys locaux. Lors de la révolution agraire, en 1952, cette société familiale disparut et avec elle toutes ses activités économiques. La population locale dut se reconvertir dans l’agriculture pour subvenir à ses besoins. Ce développement agricole anarchique se traduisit par le défrichement de la forêt amazonienne, habitat d’un petit rongeur, Calomys callosus. Pour des raisons mal connues, ce rongeur s’adapta rapidement à l’homme et à la nourriture qu’il produisait. Sorti de la forêt avec le virus Machupo, qu’il excrétait en grande quantité, le rongeur allait être à l’origine d’une épidémie très sévère d’une maladie nouvelle dans cette région. »

28La lutte intensive contre ce rongeur a permis la disparition du virus... avant sa réapparition plus de trente ans après, dans la même région.

29Ces trois derniers exemples se réfèrent aux relations de l’homme avec la forêt tropicale. Dans le domaine des zoonoses, la forêt joue un rôle non négligeable dans le maintien de la circulation des virus. Elle est notamment considérée comme le « sanctuaire » de la fièvre jaune. Son régime pluviométrique peu contrasté et l’humidité constante qui en résulte font que les vecteurs y sont actifs toute l’année. L’extrême dilution vectorielle limite le contact avec les populations d’hôtes qui amplifient les virus (les singes dans le cas de la fièvre jaune) et par conséquent tout processus épizootique. Cela explique que les populations qui vivent en milieu forestier – tels les Pygmées en Afrique centrale – présentent des stigmates sérologiques d’arboviroses très discrets, comparativement aux populations des lisières de la forêt.

Irrigation par barrage : la fièvre de la vallée du Rift (FVR)

30Le virus à l’origine de la fièvre de la vallée du Rift (un Phlébovirus de la famille Bunyaviridae) a été isolé pour la première fois en 1930, près du lac Naivasha, dans la région du Rift au Kenya, au cours d’une épizootie touchant les petits ruminants. Pendant de nombreuses années, ce virus a été à l’origine d’épizooties en Afrique orientale et australe affectant principalement les ovins. L’être humain était contaminé chaque fois qu’il se trouvait en contact étroit avec des bêtes malades ou mortes ; les cas humains étaient peu nombreux et rarement mortels. Cette situation se modifia brutalement en 1975, date à laquelle la FVR fut à l’origine, en Afrique du Sud, d’une épidémie de fièvre hémorragique associée à une mortalité très élevée et à la survenue tardive de cas d’encéphalite.

31L’écologie de cette virose changea tout aussi soudainement en 1977, avec l’épidémie d’Égypte (Meegan, 1979). Celle-ci constitua une extension depuis la zone faunique « éthiopienne », à laquelle l’affection s’était jusqu’alors limitée, mettant fin au rôle « stérilisant » du désert saharien et nubien (exemple de franchissement d’une barrière géoclimatique majeure). Outre les importantes pertes en bétail, on estima les cas humains à 200 000, avec 1 % de décès. La diffusion à partir de zones d’épizooties connues et l’apparition du virus de la FVR dans un écosystème totalement nouveau ont, pour la première fois, attiré l’attention sur la maladie en tant que source potentielle d’introduction d’un germe pathogène pour l’animal et pour l’homme, en dehors de l’Afrique subsaharienne. L’aménagement du barrage d’Assouan sur le Nil et le développement agricole qui s’en est suivi permettent d’expliquer la survenue de cette épizootie ; le virus, trouvant des populations entièrement non immunes, a diffusé rapidement depuis le sud jusqu’à la région du Caire.

32Dix ans plus tard, la FVR s’est manifestée à nouveau au sud du Sahara, mais cette fois à l’extrémité ouest de l’Afrique, dans la vallée du fleuve Sénégal, sur sa rive mauritanienne, à la suite de la mise en eau du barrage de Diama, réalisé pour empêcher la remontée des eaux salines et favoriser l’extension de l’agriculture. Ce barrage fut inauguré quelques mois avant l’apparition de l’épidémie de FVR.

33Celle-ci était-elle prévisible ? Dès 1980, Down (cité par Walsh, 1988) évoquait le risque, à la suite des premières enquêtes sérogiques dans la région du fleuve. En 1987, de larges enquêtes épidémiologiques, menées sur le bétail et les populations humaines, nous ont permis de mettre en évidence un foyer de circulation du virus de la fièvre de la vallée du Rift dans le sud de la Mauritanie. Dans un article publié par The Lancet (Saluzzo et al., 1987) quelques semaines avant l’apparition de l’épidémie, nous attirions l’attention sur les risques d’une manifestation de FVR, en relation avec la migration des troupeaux provenant du foyer sud-mauritanien, amenés à traverser les zones nouvellement irriguées par la mise en eau du lac de retenue du barrage. Ce scénario se réalisa effectivement en octobre.

34Les causes de l’épidémie furent à la fois climatiques et humaines. La sécheresse (diminution des pluies annuelles) qui perdurait depuis dix ans dans cette région du Sahel et une végétation raréfiée par le surpâturage et la consommation toujours croissante des rares arbustes comme bois de construction et de cuisine avaient conduit les éleveurs à rejoindre le fleuve plus tôt dans la saison, dans les zones récemment irriguées. Mais, cette année-là, les pluies furent en avance et de grosses averses mirent en eau les gîtes de ponte des moustiques. Le virus qui, habituellement, circulait à bas bruit dans quelques troupeaux disséminés fut transporté de troupeau en troupeau par le vecteur devenu abondant. Les premiers moutons malades furent sacrifiés et consommés, les femelles ayant avorté furent épargnées ; et les humains furent contaminés plus sûrement par les produits des bêtes infectées que par le vecteur du virus. Les éleveurs fuirent les lieux « où les brebis avortaient » et dispersèrent les troupeaux. Ils revinrent, comme à l’accoutumée, les années suivantes ; mais des pluies moins abondantes et l’immunisation d’une grande partie de la population contre le virus firent que la maladie ne se manifesta plus que de façon sporadique, avant de sembler s’éteindre (nous n’isolâmes le virus qu’une seule fois, dans un troupeau qui n’avait pas été touché en 1987). Le virus est donc entré dans une phase silencieuse, inter-épizootique, mais il est prêt à resurgir quand les facteurs favorisants seront à nouveau réunis.

35Il est probable que des situations identiques surviendront dans le cadre de la réalisation de nombreux projets d’irrigation, pourtant indispensables au développement agricole (projets en cours au Burkina Faso, en Guinée, en Gambie).

36Quel sera le devenir de cette virose en Mauritanie et en Égypte ? Les enquêtes séro-épidémiologiques réalisées dans ces pays ont révélé la quasi-disparition du virus après l’épidémie. Cependant, en 1993, soit quatorze ans après, la FVR a fait une nouvelle apparition en Égypte, à proximité du barrage d’Assouan, malgré l’intensification des vaccinations d’ovins. De même, le virus est réapparu dans l’est de la Mauritanie en 1998, entraînant plus de 300 cas, dont six mortels. La séquence des souches isolées au cours de cette épidémie s’est avérée totalement identique à celles des souches de 1988 (Sall, 1999) : le virus se maintient selon un cycle enzootique, difficile à détecter.

37Le diagnostic de la FVR en Mauritanie, en 1988, a bénéficié de facteurs favorables sans lesquels l’épidémie aurait pu ne pas être diagnostiquée. Dès 1983, grâce à l’appui du professeur Louis Chambon, directeur du réseau des Instituts Pasteur d’outre-mer, était organisé un programme de recherche sur les fièvres hémorragiques virales. Heureuse prémonition : à cette date, en dehors de la fièvre jaune, aucune fièvre hémorragique n’avait été rapportée au Sénégal. Le développement des techniques d’investigation de ces virus a permis de diagnostiquer la fièvre de la vallée du Rift à son apparition en 1987. Dès le début de l’épidémie, les autorités mauritaniennes notifièrent à l’OMS une importante épidémie de fièvre jaune, ce qui entraîna une vaste campagne de vaccination contre cette infection. Il y avait eu erreur de diagnostic, et cela n’empêcha pas l’explosion épidémique de la FVR ; au moins peut-on penser qu’elle aura été bénéfique pour les populations exposées au risque de la fièvre jaune.

38Mais, pour une épidémie parfaitement diagnostiquée, combien ne l’ont pas été ?

Les migrations des populations humaines et simiennes : la fièvre jaune en Afrique de l’Ouest

39Durant les années 1980, les épidémies de fièvre jaune en Afrique de l’Ouest ont été causées par un mouvement de grande ampleur des populations d’éleveurs semi-nomades, amenées à fuir la sécheresse des régions sahéliennes. L’épidémie de 1983 au Burkina Faso (Roux et al., 1984) illustre la réapparition d’une arbovirose à la suite de l’arrivée et de l’implantation d’une population non immune, en l’occurrence les pasteurs peuls en provenance du nord-est du pays où la maladie est inconnue, et donc non vaccinés. L’implantation de cette population s’est faite spontanément dans les zones « maudites » de la région où sévissait l’onchocercose, cette redoutable filariose qui avait entraîné le départ des populations locales. À la suite d’intenses campagnes, l’OMS, en collaboration avec l’IRD, dans le cadre d’un programme cofinancé par le Pnud et la Banque mondiale, avait réussi à éliminer ce fléau.

40Cette région redevenue hospitalière – tout au moins relativement, des épidémies de choléra s’y produisent encore – allait être le siège d’une des plus grandes épidémies de fièvre jaune recensées à ce jour. Pour une population estimée entre 25 000 et 35 000 habitants, la morbidité fut d’environ 50 % (70 % chez les enfants de moins de 14 ans). Le taux de mortalité fut de 4 %, soit 1 000 à 1 400 décès.

41Des mouvements plus localisés de populations ont abouti à des situations similaires ; ainsi au cours d’une épidémie au Nigeria, dont on peut suivre les déplacements : après avoir débuté en juin 1986 dans l’État de Benue, au centre-est du pays, l’épidémie se propagea dans le sud-ouest, suivant les déplacements des pasteurs (Nasidi et al., 1989.). Elle toucha progressivement l’ensemble du pays et pénétra dans les pays limitrophes comme le Cameroun. Les observations nigérianes peuvent être généralisées à l’ensemble de l’Afrique de l’Ouest. L’épidémie de Gambie, en 1978, fit suite à la circulation du virus amaril dans la région de Kédougou, au Sénégal oriental, les deux années précédentes ; le virus se déplaça vers la Gambie, probablement par l’intermédiaire des singes infectés du parc de Niokolo-Koba. Les épidémies du Ghana et du Burkina Faso de 1983 furent étroitement associées (Digoutte et al., 1998). Le seul facteur qui arrête la circulation du virus amaril est la fin de la saison des pluies. Il suffit que celle-ci se poursuive plus que la normale ou que l’amplification virale débute au tout début de cette saison pour que l’on assiste à une épidémie de grande ampleur chez les populations non immunes nouvellement arrivées. Cette situation est très différente des épidémies du début du siècle, où les colons et militaires, nouveaux arrivants, payaient un lourd tribut à la maladie qui se manifestait dans les agglomérations portuaires. Ce que nous observons à l’heure actuelle, ce sont des épidémies en milieu rural. Du reste, les vecteurs incriminés, notamment Aedes africanus, sont selvatiques. On imagine l’ampleur des ravages si des épidémies de fièvre jaune se développaient en milieu urbain.

L’urbanisation : la dengue à syndrome fébrile devenue dengue hémorragique

42Les lieux de concentration humaine que représentent les villes peuvent devenir les cibles d’une maladie apparue dans un environnement agricole ou selvatique. On a vu comment le défrichement d’un coin de forêt amazonienne et la culture du maïs qui s’ensuivit favorisèrent la multiplication d’un rongeur de l’espèce Calomys, porteur du virus Machupo, qui se répandit dans les localités de la région en y déclenchant une grave épidémie. Quand le vecteur du virus est un moustique, la maladie risque de sévir à une tout autre échelle que lorsqu’il s’agit d’un rongeur spécifique d’une région. La dengue en est le meilleur exemple, d’autant que cette maladie a évolué, depuis plusieurs décennies, dans le sens d’une gravité croissante.

43La dengue est une arbovirose connue depuis au moins deux siècles. Les premières épidémies ont été décrites en 1779 au Caire et à Djakarta (Gubler, 1997). En 1780, une épidémie, bien documentée, fut enregistrée à Philadelphie (Rush, 1789). Depuis, de nombreuses épidémies ont été notées dans les régions tropicales et subtropicales où le vecteur, le moustique Aedes aegypti, est présent.

44Le terme de « dengue » est classiquement associé à un syndrome fébrile qui peut également être rapporté à d’autres arbovirus, notamment au virus Chikungunya. L’utilisation de techniques spécifiques (isolement du virus et sérologie) au cours des quarante dernières années a permis de confirmer l’importance de cette maladie dans les pays tropicaux. Le virus comporte quatre sérotypes (1, 2, 3 et 4). Les sérotypes 1 et 2 ont été isolés au cours de la Seconde Guerre mondiale par le virologiste Albert Sabin, l’inventeur du vaccin contre la poliomyélite.

45Pendant longtemps, la dengue, à l’instar des diarrhées, a été considérée comme un incident mineur de l’acclimatation à la vie tropicale et comme une infection touchant principalement le personnel expatrié, coloniaux, militaires. Elle se manifestait par un syndrome fébrile d’évolution favorable. Pour les populations indigènes, la dengue ne constituait pas un problème de santé publique majeur.

46Cette situation a brutalement changé en 1954, avec l’apparition de la dengue hémorragique associée éventuellement à un syndrome de choc. Cette maladie a d’abord été décrite par des pédiatres philippins, puis à Bangkok en 1956. À cette occasion, deux nouveaux sérotypes (dengues 3 et 4) ont été décrits par Hamon (Hamon et al, 1960). La dengue hémorragique fut très rapidement signalée dans les différents pays de l’Asie du Sud-Est (Thaïlande, Malaisie, Viêt Nam, Cambodge, Singapour). À l’heure actuelle, le potentiel de manifestation épidémique de la dengue hémorragique pourrait s’exprimer chez un cinquième de la population mondiale ; plus d’un milliard d’individus vivent dans les zones épidémiques d’Asie, d’Amérique du Sud, des Caraïbes, d’Océanie et d’Afrique. Lors de la 46e Assemblée mondiale de la santé, en avril 1993, l’OMS a recensé 90 pays exposés à ce risque. La dengue hémorragique constitue la première cause de mortalité pédiatrique dans plusieurs pays d’Asie. Elle représente probablement le plus bel exemple de maladie émergente.

47Le principal facteur permettant d’expliquer cette évolution réside dans le processus d’urbanisation rapide et anarchique des grandes agglomérations des zones endémiques. En l’absence de réseaux d’adduction d’eau, les populations sont obligées de stocker l’eau, ce qui constitue des gîtes larvaires pour les deux principaux vecteurs de la dengue, Aedes aegypti et Aedes albopictus ; les détritus, les décharges forment également des gîtes.

48Cette évolution a été observée en Asie et dans le Pacifique après la Seconde Guerre mondiale. Pendant la guerre, les systèmes d’adduction d’eau ont été détruits, l’eau a alors été stockée dans les habitations pour l’usage domestique ou pour éteindre les incendies. Ces perturbations écologiques ont favorisé la pullulion d’Aedes aegypti. En outre, les déplacements permanents des militaires japonais et américains, sensibles au virus de la dengue, ont permis une rapide dispersion des différents sérotypes. Au lendemain de la Seconde Guerre mondiale, tous les facteurs étaient donc présents pour l’épidémisation de la dengue en Asie du Sud-Est. À compter des années 1950, l’extraordinaire essor économique de cette région, qui se poursuit de nos jours, aboutit à une urbanisation non contrôlée qui favorisa le déplacement des populations et donc des virus. Les 4 sérotypes de la dengue allaient désormais se propager selon un mode hyperendémique.

49C’est cette situation qui persiste de nos jours. En Amérique du Sud, l’apparition de la dengue hémorragique a été précédée par la réintroduction du vecteur Aedes Aegypti, éradiqué dans les années 1950. Le relâchement des campagnes de lutte antivectorielle a entraîné sa réapparition dans les années 1970 et sa rapide dispersion dans les grandes villes. La suite des événements est identique à la situation déjà connue en Asie : urbanisation, mouvements et concentration de populations ont mené à une situation d’hyperendémie avec présence de plusieurs sérotypes, associée à l’émergence de la dengue hémorragique.

Les politiques de santé

50Après l’altération des écosystèmes par l’homme, nous allons voir que la médecine elle-même peut constituer une source d’émergence des maladies infectieuses.

51Depuis les travaux de Louis Pasteur et de Robert Koch à la fin du xixe siècle, la lutte contre les maladies infectieuses, particulièrement grâce aux vaccinations, a constitué une étape décisive dans l’amélioration de l’espérance de vie, notamment en assurant une forte diminution de la mortalité infantile. Les vaccins de l’enfance ont amené à la quasi-disparition de nombreuses infections qui, durant des siècles, avaient décimé cette tranche d’âge. Pourtant, la moindre négligence dans le maintien des campagnes de vaccination peut aboutir à une dramatique résurgence d’une maladie que l’on pensait définitivement contenue. La lutte contre la fièvre jaune en Afrique de l’Ouest ces dernières années illustre ce propos.

52L’efficacité de certains vaccins, et notamment celui de la vaccine, a permis à l’Organisation mondiale de la santé d’éradiquer la variole. Un programme similaire visant à l’éradication de la poliomyélite est en cours d’achèvement. Ces extraordinaires succès posent la question de la place laissée par ces germes et du risque d’émergence de virus proches transmis selon un mode épidémique similaire : la possibilité de l’émergence du virus de la variole des singes (monkeypox) en remplacement de celui de la variole a été évoquée dès l’éradication de cette maladie en 1979. Cette possibilité ne s’est pas matérialisée à ce jour. La situation est plus complexe avec la future éradication de la poliomyélite et la possible apparition de virus transmis selon un mode identique (hydrique) tels que l’entérovirus E 71, décrit pour la première fois en 1969 en Californie et depuis lors responsable d’épidémies d’encéphalite associées à des séquelles neurologiques, en particulier en Asie. L’abandon des campagnes de vaccination est l’objectif final de toute éradication, mais, ces dernières années, les limites d’une telle stratégie sont apparues avec la possibilité d’utiliser le germe de la variole comme arme de guerre biologique. Un tel danger amène les autorités à se poser la question du risque pris à arrêter des campagnes de vaccination, et donc du bénéfice même des campagnes d’éradication.

Erreurs et responsabilités humaines dans les épidémies de fièvre jaune en Afrique

53Nous avons vu dans la partie qui précède le rôle des migrations des populations humaines dans la survenue des épidémies de fièvre jaune. À l’heure actuelle, la persistance d’épidémies est à imputer à une négligence humaine : l’arrêt des campagnes de vaccination.

54Pour comprendre la situation contemporaine, il est nécessaire de retracer brièvement l’histoire de cette maladie. La découverte, par la mission américaine dirigée par Walter Reed à Cuba, en 1900, du rôle d’Aedes aegypti comme vecteur de la fièvre jaune eut un retentissement mondial. Elle établissait la responsabilité des arthropodes dans la transmission du germe, théorisée par le grand parasitologue Patrick Manson. Cette découverte fut suivie d’une lutte intense contre le vecteur, qui aboutit à la quasi-disparition des épidémies, à tel point que l’éradication de la fièvre jaune parut possible. Toutefois, la survenue d’épidémies dans des régions où Aedes aegypti n’était pas présent allait mettre fin à l’espoir d’éradication ; Fred Soper (1936) décrivit alors la fièvre jaune selvatique (Jungle Yellow Fever), transmise par des moustiques appartenant au genre Haemogogus.

55Prenant acte de cette réalité, un autre mode de lutte fut choisi dans les années 1930 : la vaccination. Les équipes de l’Institut Pasteur de Dakar mirent au point un vaccin vivant atténué, obtenu sur cerveaux de souris (la souche française neurotrope). Ce vaccin, administré par scarification, a été utilisé jusqu’en 1983 dans les pays d’Afrique francophone, sur plusieurs millions d’individus. Il est de nos jours remplacé par la souche 17D, développée il y a une soixantaine d’années par Max Theiler, qui reçut pour ces travaux le prix Nobel de médecine. Cette souche vivante atténuée sert toujours à préparer un vaccin sur embryon de poulet ; stabilisé depuis 1983, il constitue l’un des plus efficaces vaccins au monde.

56La fièvre jaune était bien contrôlée en Afrique dans les années 1950. Une importante épidémie eut cependant lieu au Sénégal en 1964, suivie d’une dramatique flambée en Éthiopie, en 1968. La fièvre jaune réapparut dans les années 1980 et, contrairement à la période précédente, les épidémies se succédèrent cette fois d’année en année : Ghana (1977-1979), Gambie (1978), Ghana et Burkina Faso (1983), Mali (1987), Angola (1988), Cameroun (1990), Kenya (1993). Mais c’est au Nigeria que la maladie fut la plus mortelle. Depuis 1986, elle s’y manifeste sans interruption ; depuis cette date, 20 000 cas, dont 4 000 mortels, y ont été notifiés officiellement. Les données épidémiologiques laissent cependant à penser que ce chiffre peut être multiplié par dix, voire par cent. L’OMS estime que pour la seule période 1986-1988, il y aurait eu au Nigeria 440 000 cas, dont 250 000 décès. Les épidémies africaines sont essentiellement dues à l’arrêt des campagnes de vaccination. Alors qu’on célébrait en 1983 le cinquantième anniversaire du vaccin FJ 17D, jamais l’immunité vaccinale des populations n’avait été aussi mauvaise, comme l’atteste le fait que la tranche de population la plus atteinte soit celle des enfants, consécutivement à l’arrêt des vaccinations dans les années 1980. L’histoire de ces quinze dernières années révèle le piège dans lequel les autorités de santé se sont régulièrement laissé prendre. À chaque épidémie, d’importantes campagnes de vaccination sont entreprises en réponse à la peur causée par cette virose ; une partie des vaccins est alors utilisée inutilement en raison de vaccinations antérieures ou de l’acquisition d’une protection par contact naturel avec le virus de la fièvre jaune. La stratégie efficace consisterait à vacciner annuellement tous les enfants âgés d’un an, sachant que l’immunité obtenue à la suite d’une seule injection semble protéger à vie en zone endémique. Par exemple en 1983, lors de l’épidémie de fièvre jaune, cinq millions de doses du vaccin ont été fournies au Burkina Faso, pour une population de huit millions d’habitants, alors que la population réceptive au virus s’élevait à quelques centaines de milliers de jeunes enfants. Cette stratégie de vaccination de masse a certes un impact sanitaire important au cours d’une épidémie, mais ne correspond à aucun rationnel prophylactique. La période post-épidémique est rassurante, car la maladie semble avoir disparu ; et la vigilance des autorités diminue progressivement, jusqu’à l’abandon de la vaccination. Or, cette période de silence ne traduit pas l’efficacité de la vaccination, mais l’arrêt de la circulation selvatique du virus. En effet, à la suite d’une épizootie, la presque totalité des singes est immune ; il faut cinq à dix ans pour assurer le renouvellement d’une population simienne réceptive, apte à amplifier de nouveau le virus et à assurer sa diffusion hors de son cycle selvatique. C’est cette dynamique qui explique que les épidémies surviennent environ tous les dix ans. La situation au Nigeria a été un peu différente, en raison du déplacement du virus dans des régions à forte densité de population humaine.

57La solution passe donc par l’incorporation du vaccin FJ 17D dans le programme élargi de vaccination. L’un des facteurs qui ont freiné cette décision a été la prise en compte du rapport coût/bénéfice, qui est évalué sur la base du coût des campagnes de vaccination pour sauver une vie. Il s’agit là évidemment d’un paramètre essentiel de la politique des États concernés. Si ce rapport coût/bénéfice est établi en dehors des épidémies, le nombre de cas enregistrés est insignifiant, ce qui laisse à penser que la vaccination contre la fièvre jaune n’est pas une priorité de santé publique, et surtout que les investissements seraient disproportionnés par rapport au bénéfice attendu Or il faut, au contraire, établir le risque en tenant compte de l’épidémiologie particulière de cette virose. Lors de l’épidémie de 1983 au Burkina Faso, nous avions estimé à environ 8 % le nombre de moustiques infectés ; si on le ramène au nombre de piqûres quotidiennes, il est facile d’estimer que, sur une période de trois mois, la quasi-totalité des populations vivant en zone épidémique est touchée.

58On peut imaginer les conséquences d’épidémies de fièvre jaune dans les mégapoles d’Afrique de l’Ouest, où la couverture vaccinale est très faible. Pour les touristes, cette vaccination est indispensable. La politique de certains États de ne pas rendre la vaccination obligatoire pour un séjour inférieur à 15 jours n’a aucune raison d’être, comme en atteste le décès en 1981 de deux touristes français dans un club de vacances au Sénégal. Lors de l’épidémie au Burkina Faso (1983), il s’est avéré qu’un nombre important de Français résidant dans la capitale, bien qu’en possession d’un carnet international de vaccination, n’avaient jamais été réellement vaccinés. Cette situation était particulièrement délicate pour les femmes enceintes. À tel point que l’ambassade de France fut amenée à rapatrier pour des raisons sanitaires un certain nombre de ressortissants en situation illégale.

Facteurs de risques socio-culturels

Urbanisation et promiscuité

59L’accroissement démographique de l’humanité n’a jamais été aussi rapide et important qu’au cours du dernier demi-siècle, grâce aux acquis de la médecine, à la croissance économique, aux progrès réalisés dans l’alimentation. La moitié de la population mondiale, soit près de trois milliards d’individus, habite en zone urbaine. Jamais autant d’êtres humains n’ont été concentrés dans des espaces aussi réduits et le phénomène ne fera que s’accentuer au cours des prochaines décennies.

60Une autre des réalités nouvelles engendrées par la concentration urbaine est la diversité génétique : l’homogénéité humaine en un lieu donné a fait place à l’hétérogénéité. Nous avons donc, en un même lieu, un groupe de populations aux immunités ou sensibilités virales différentes.

61Dans les agglomérations des pays du Nord, les risques virologiques sont induits par la promiscuité dans les transports en commun, les centres commerciaux, les stades et les lieux de spectacle, avec des processus de contaminations virales par aérosols, dont les exemples les plus communs sont les rhinites et les grippes, et plus récemment le SRAS. Dans les agglomérations des pays du Sud, les risques sont les mêmes. S’y ajoutent les risques qui découlent de la faiblesse économique des collectivités et des États au niveau des équipements (habitats insalubres, mauvaise adduction d’eau). Cela peut se traduire, en termes d’agression virale, par des épidémies de dengue, de fièvre jaune, etc., et par la multiplication des foyers nosocomiaux.

62Les diarrhées épidémiques causées par toute une catégorie de virus – Rotavirus, Astrovirus, Calicivirus – sont particulièrement graves chez le jeune enfant et le nourrisson. Elles sévissent dans les zones urbaines du Sud, mais aussi, dans une moindre mesure, dans celles des pays du Nord. Dans ces derniers, le fait qu’une majorité de mères travaillent a entraîné la multiplication des crèches pour les très jeunes enfants ; avec les services de pédiatrie en milieu hospitalier, ce sont les épicentres de la transmission des virus diarrhéiques.

63Un autre moyen de transmission des agents infectieux particulièrement efficace réside dans la transmission oro-faecale. Aux nombreuses infections connues se sont ajoutés certains germes d’apparition récente, tel le virus Norwalk (Calicivirus), habituellement responsable d’épidémies consécutives à la consommation d’eau contaminée (piscines, camps de vacance, croisières, consommation de fruits de mer collectés dans les estuaires, etc.). En 1999, une épidémie s’est produite dans le centre de la Finlande, à Heinâvesi (Kukkula et al., 1999). Sur une population de 4 860 habitants, entre 1 700 et 3 000 cas de gastro-entérites ont été rapportés. Cette épidémie était due à la présence du virus Norwalk dans l’eau potable après un traitement chimique insuffisant. Il faut noter que les contrôles des eaux, réalisés en routine, n’avaient révélé aucune anomalie. En fait, les tests pratiqués portent uniquement sur des bactéries entériques. À ce jour, aucune recherche de virus n’est effectuée pour le contrôle des eaux de boisson. Or certains virus, en particulier les virus non enveloppés, sont très résistants aux traitements chimiques. C’est le cas notamment des virus de la poliomyélite.

Les pratiques sexuelles : le sida

64Il n’est pas dans notre propos de retracer l’histoire des maladies vénériennes, récemment devenues maladies sexuellement transmissibles, largement dominées par la syphilis et différentes maladies d’origine bactérienne ; seul le cas du sida sera analysé ici.

65Le sida occupe une place particulière dans cet ouvrage puisqu’il est à l’origine du concept de maladies virales nouvelles. L’analyse du cheminement des VIH est révélatrice de notre propos : nous pensons que les zones tropicales constituent les zones d’émergence des fléaux futurs que risque de connaître l’humanité. Il nous est donc apparu indispensable de détailler l’histoire de cette virose.

66L’apparition du sida au début des années 1980 intervint à une époque où la communauté scientifique et les autorités nationales de santé considéraient que les maladies infectieuses étaient maîtrisées, ou qu’elles le seraient sous peu. Les antibiotiques et les vaccins étaient venus à bout du risque infectieux. Dès 1967, le ministre de la Santé des États-Unis pouvait rassurer ses compatriotes : il n’y aurait plus de maladies infectieuses que la médecine ne pourrait maîtriser. Les crédits de la recherche médicale s’orientaient alors vers la lutte contre le cancer et les maladies cardio-vasculaires. L’arrivée du sida allait profondément bouleverser cet optimisme : non seulement un virus nouveau induisait une maladie nouvelle, mais de plus il diffusait très rapidement à travers le monde. En vingt ans, le sida aura fait autant de victimes que la Grande Peste du Moyen Âge en Europe. La modestie face à la nature s’est imposée. On a pris peu à peu au sérieux les risques d’émergence de virus nouveaux. Le sida a fait prendre conscience à l’humanité, et notamment à ses dirigeants, du risque terriblement actuel représenté par les maladies infectieuses.

67Retraçons les grandes lignes de l’histoire de ce nouveau fléau. Il faut tout d’abord rendre hommage aux services de surveillance des maladies aux États-Unis. Dès 1980, au CDC d’Atlanta, Sandra Ford, responsable des ordonnances de médicaments distribués par l’État en dehors des circuits commerciaux, attira l’attention sur l’emploi, à cinq reprises sur une courte période, de la pentamidine, utilisée pour le traitement de cas de pneumocystose résistants aux antibiotiques. Au préalable, ce médicament n’avait été prescrit qu’à deux occasions entre 1967 et 1979.

68Au cours de cette même période, sur la côte ouest des États-Unis, les Dr Joel Weisman et Michael Gottlieb avaient remarqué parmi leurs patients des cas d’un syndrome mononucléosidique associé à des poussées fébriles et à des tuméfactions lymphatiques. L’examen biologique avait établi chez ces patients un effondrement du nombre des lymphocytes dû à la quasi-disparition des lymphocytes T4. L’examen bronchique révéla la présence du germe Pneumocystis carinii. Ces informations étaient mentionnées dans le bulletin épidémiologique du CDC daté du 5 juin 1981, qui faisait état de cinq cas graves de pneumonies observées entre octobre 1980 et mai 1981 dans trois hôpitaux de Los Angeles. Tous les malades étaient jeunes et homosexuels. A cette même époque, les cliniciens de New York rapportèrent l’apparition d’une maladie inhabituelle, le sarcome de Kaposi, rencontrée chez de jeunes homosexuels. Le sarcome de Kaposi est une maladie rare, d’évolution chronique, relativement bénigne et limitée aux personnes âgées. Cette maladie est distribuée principalement en Europe centrale, sur le pourtour de la Méditerranée et en Afrique. Dans le cas présent, elle touchait des hommes jeunes, et l’évolution de la maladie traduisait une malignité exceptionnelle, puisque sur les huit patients atteints, quatre étaient déjà décédés. La comparaison des observations effectuées à Los Angeles et à New York aboutit à considérer les formes malignes du syndrome de Kaposi et les pneumonies à pneumocystoses retrouvées chez les homosexuels comme les expressions probables d’une même affection liée à l’effondrement du système immunitaire. L’étiologie de cette maladie nouvelle porta à confusion. On parla de « gay cancer » et, pour les scientifiques, de « Gay-Related Immune Deficiency » ; la revue The Lancet proposa « Gay Compromise Syndrom ». On était loin de penser que l’on avait affaire à la plus grave maladie de la fin du xxe siècle. Le caractère transmissible n’était pas pris en compte. Le Dr James Curran, du CDC, faisait remarquer que « la meilleure preuve contre la contagion, c’est qu’à ce jour on n’a signalé aucun cas en dehors de la communauté homosexuelle ou chez les femmes ». Quant à la communauté homosexuelle, elle se berça d’illusions en affirmant que le « gay cancer » était une invention du corps médical. L’hypothèse de l’utilisation excessive des poppers (inhalation de composés chimiques à base de nitrite d’amyle) connut une période de vogue.

69En mai 1982, le Dr John Bennet avança l’hypothèse que le sida pourrait être dû à un virus transmis par voie sexuelle. Selon lui, il pouvait s’agir d’un virus nouveau, ou même d’un virus déjà connu, mais dont le pouvoir pathogène était modifié en raison de facteurs environnementaux qui restaient à déterminer. La première preuve d’une étiologie virale fut apportée en juillet 1982, lorsque des cas de sida furent signalés chez des sujets hémophiles ayant reçu des dérivés sanguins filtrés. Mais de quel virus s’agissait-il ? Le cytomégalovirus avait été isolé à plusieurs reprises chez des malades atteints du sida, ainsi que le virus d’Epstein-Barr. Ce dernier est responsable de la mononucléose infectieuse, mais également du lymphome de Burkitt, rencontré en Afrique dans une aire d’endémicité qui se superpose partiellement à celle du sarcome de Kaposi. Mais ces virus sont très fréquents, ils étaient connus bien avant l’apparition du sida. C’est un nouveau rétrovirus qui fut finalement identifié comme agent causal du nouveau syndrome. Toutefois, les circonstances de sa découverte s’avérèrent particulièrement houleuses et entraînèrent des conflits entre les équipes de l’Institut Pasteur et celles du NIH (National Institute of Health) américain (Saluzzo, 2002 b).

70À l’université de Harvard, Myron Essex, qui étudiait la leucémie des chats due à un rétrovirus (le virus FeLV) releva certaines similitudes entre cette infection, qui se traduisait aussi bien par des leucémies que des déficits immunitaires, et la nouvelle maladie. La piste des rétrovirus était ouverte.

71Le virus du sida a été isolé à l’Institut Pasteur par Françoise Barré-Sinoussi et Jean-Claude Chermann, qui travaillaient dans le laboratoire de Luc Montagnier. L’isolement a été obtenu en janvier 1983, à partir d’un fragment de ganglion cervical prélevé chez un patient homosexuel qui présentait des troubles mineurs, suspect de sida. Le virus fut d’abord appelé LAV (acronyme de Lymphoadenopathy Associated Virus), puis VIH-1 (virus de l’immunodéficience humaine). Ce nouveau rétrovirus appartenait au genre Lentivirus. En 1985, cette même équipe isola un deuxième rétrovirus, nommé VIH-2, chez un sujet ayant séjourné en Guinée-Bissau.

72La découverte de virus nouveaux associés à un syndrome nouveau à l’aube du xxie siècle, alors que l’on croyait les maladies infectieuses sous contrôle, constitua une surprise de taille. Comme lors de toute découverte d’un virus nouveau se posait la question de son origine.

73Entre 1969 et 1981, quatre épizooties avaient décimé des élevages de singes macaques en Californie. Une situation similaire était relevée dans d’autres élevages aux États-Unis, et notamment au New England Primate Center. Les singes mouraient en présentant un lymphome malin associé à un syndrome d’immunodépression qui évoquait le sida. En 1984, l’équipe de Myron Essex isola un virus dénommé virus SIVmac (Simian Immunodeficiency Virus), provenant de macaques, et proche parent des virus VIH. L’isolement du virus simien fut obtenu dans des conditions particulières, à partir de singes macaques originaires d’Asie et maintenus en captivité aux États-Unis. Seule cette espèce était infectée et malade. Les recherches s’orientèrent alors vers l’Asie, afin de déterminer la présence de ce virus chez les macaques sauvages. À la surprise d’Essex, aucun singe asiatique ne présentait d’infection par le virus SIVmac. Seuls les singes en captivité étaient infectés ! Comment expliquer ce paradoxe ?

74À cette époque, les premiers cas de sida furent rapportés en Belgique et en France chez des malades provenant d’Afrique. Une enquête réalisée par le CDC au Zaïre en 1985 révéla l’ampleur de cette maladie en Afrique centrale. L’équipe de Harvard se lança sur la piste africaine. Parmi les nombreux singes capturés en Afrique, les singes verts (Cercopithecus aethiops) présentaient une très forte prévalence en anticorps SIV Plusieurs souches virales différentes furent alors isolées sur des singes africains. Parmi celles-ci, la souche dénommée SIVagm, isolée chez le singe mangabey présente une très grande similitude avec le virus humain VIH-2. En outre, l’aire de distribution de ces singes se superpose à celle des infections humaines en Afrique de l’Ouest. Les chercheurs remarquèrent que tous ces virus ne provoquaient aucune maladie chez les singes africains. En revanche, leur inoculation aux singes macaques asiatiques entraînait une maladie très proche du sida.

75Des recherches de même nature furent entreprises afin de localiser l’origine du virus VIH-1. La découverte de trois souches de virus SIV très proches des virus VIH-1 humains chez les chimpanzés (Pan troglodytes troglodytes) en captivité provenant d’Afrique centrale suggère une origine simienne (Gao et al., 1999). D’autant que la distribution des chimpanzés se superpose aux lieux d’origine présumée de la maladie. Toutefois, des études récentes réalisées en Afrique centrale sur des échantillons provenant de chimpanzés non plus en captivité mais sauvages n’ont pas confirmé cette hypothèse. Au total, 58 chimpanzés ont été suivis et analysés. La présence d’une infection par un virus SIV n’a été détectée que chez un seul animal, et la séquence de ce virus diffère de plus de 30 % de celle des virus VIH (Santiago et al., 2002). Ces résultats sont surprenants, ils contrastent avec la forte prévalence pour les virus SIV rencontrée chez d’autres espèces simiennes et notamment les singes verts, dont certaines colonies sont infectées par un virus SIV à plus de 90 %. Ces résultats de terrain pourraient remettre en question l’espèce simienne incriminée dans l’origine du virus VIH-1, ou peut-être plus simplement le nombre de chimpanzés testés demeure-t-il trop faible pour que l’on puisse porter une conclusion.

76Quant à l’origine du passage d’un virus simien à l’homme, elle a été l’objet d’une importante controverse entre les tenants d’une infection transmise par le vaccin polio oral produit sur des reins de singe (Curtis, 1992 ; Hooper, 1999) et ceux qui penchent pour une infection naturelle. La piste d’une contamination par la vaccination a été définitivement écartée (relevé épidémiologique de l’OMS daté du 8 décembre 2000 : « Rejet de l’hypothèse d’une association entre le vaccin poliomyélite expérimental et l’origine du sida ») et l’hypothèse d’une infection par contact avec un animal lors de la chasse apparaît la plus vraisemblable.

77L’analyse de la séquence des souches virales de VIH-1 sur une période d’une vingtaine d’années donne une idée de l’évolution dans le temps de ce virus. À partir de ces données, le passage du virus simien à l’homme a pu être situé dans les années 1930. Pendant plusieurs années, il a donc circulé discrètement parmi les populations africaines, probablement en milieu rural. Ce n’est que dans les années 1970 que le virus a émergé sous forme d’épidémie puis de pandémie.

78L’apparition du sida à la fin du xxe siècle illustre parfaitement le risque permanent d’émergence de maladies infectieuses, et en particulier virales. Une zoonose en parfait équilibre avec son réservoir franchit une barrière d’espèce. Après une période de précaire équilibre, le virus se répand à la suite de modifications sociales et économiques et sort de son foyer naturel pour évoluer à travers le monde. Les virus VIH ont bénéficié de leurs propriétés particulières. Ils sont en effet capables d’induire une infection chronique persistante. Pendant cette période cliniquement silencieuse, ils peuvent se transmettre. Cette particularité explique que lorsque ces virus ont été découverts, des millions d’individus étaient déjà contaminés. La situation est tout à fait différente avec des virus induisant un syndrome aigu, comme le virus Ebola : la sévérité de la maladie et le mode de contamination permettent aux populations locales de prendre les mesures nécessaires de prévention.

Les risques du voyage

79L’histoire de l’humanité est aussi faite de la conquête de nouveaux espaces, habités ou pas. Plus les moyens de transport ont progressé, plus ont augmenté les contacts entre les groupes humains et la possibilité de leur intrusion dans des écosystèmes étrangers.

80L’époque moderne a connu les déplacements, définitifs ou non, de dizaines de milliers d’individus sur des espaces transcontinentaux ou intercontinentaux (« Grande Armée » napoléonienne, migrations massives en Amérique du Nord au xixe siècle). Il est vrai qu’en ce qui concerne la transmission de virus, quelques individus peuvent suffire. L’époque contemporaine connaît une explosion des déplacements ponctuels ou de longue durée, par groupes de milliers d’individus, qui reviennent en général dans leur pays d’origine.

81Ce sont en particulier des militaires. Des unités des Nations unies, essentiellement américaines, ont découvert à leurs dépens le virus Hantaan au cours de la guerre de Corée. Les militaires cubains présents au Viêt Nam ont ramené la dengue à Cuba, cette maladie présentant pour la première fois un caractère hémorragique sur le continent sud-américain. Cinq à six mille militaires français stationnent en permanence en Afrique tropicale, et sont relevés tous les quatre ou six mois : les services de santé concernés connaissent les pourcentages d’infections virales de ces troupes.

82Des manifestations diverses réunissent régulièrement, ici ou là sur la planète, des foules constituées d’individus venus du monde entier. Les jeux Olympiques constituent la plus importante de ces manifestations, qui représentent l’occasion idéale pour des transports et des échanges de virus.

83De plus en plus de gens voyagent sur de longues distances, à destination de pays « exotiques », pour diverses raisons – tourisme (vacances, loisirs dans lesquels la sexualité joue un grand rôle, safaris, visites familiales), travail (voyages d’affaires et politiques, voyages d’étude). Les « touristes » partent de chez eux, sont transportés à des milliers de kilomètres en moins de vingt-quatre heures, séjournent dans un autre environnement et un autre écosystème (même quand ils sont dans une ville moderne, un hôtel climatisé, un camp de vacances) pendant quelques jours ou quelques semaines, et reviennent aussi vite à leur point de départ. Les risques encourus ne se limitent pas à la classique « turista » (diarrhée du voyageur), en atteste la récente diffusion planétaire du Coronavirus responsable du SRAS.

84Parmi ces touristes, on relève de plus en plus de retraités qui, phénomène nouveau, se sont mis à voyager vers des destinations lointaines et exotiques. Or, d’une part, beaucoup n’avaient jamais mis les pieds hors d’Europe, d’Amérique du Nord ou du Japon auparavant et, d’autre part, ils ont malgré tout « l’âge de leurs artères » et l’on sait que les facteurs de résistance de l’organisme à un parasite diminuent avec l’âge. Ces touristes « vieillards » sont des candidats privilégiés à l’infection par un virus, connu ou pas, et à sa dissémination ultérieure.

Techniques et moyens de transport

85Il n’y aurait pas de commerce et de tourisme sans amélioration des moyens de transport. Ils n’ont cessé, depuis deux mille ans, de progresser en capacité et en rapidité, connaissant au cours des cent cinquante dernières années une progression géométrique phénoménale. La navigation hauturière et transocéanique, à partir du xvie siècle, a mis rapidement en contact des populations génétiquement différentes ; et nous avons probablement hérité de la syphilis, tandis que les Amérindiens recevaient la variole et la rougeole. Les marins de Magellan ont mis plusieurs années à faire le tour du monde, Philéas Fogg, quatre-vingts jours, et le Concorde faisait le tour de la Terre en trente heures...

86Les transports maritimes de passagers étaient soumis jusqu’à l’entre-deux-guerres à la réglementation des quarantaines, dont l’origine se situe au xive siècle lors de l’épidémie de peste noire qui ravagea l’Europe ; même écourtées, ces mesures constituaient une protection contre la diffusion étendue des maladies infectieuses. Le développement et l’essor de masse des transports aériens y ont mis fin. Cette réglementation a été exceptionnellement remise à l’ordre du jour en 2003 par l’Organisation mondiale de la santé pour lutter contre le SRAS. Les mesures de quarantaine appliquées lors de cette épidémie ont consisté à maintenir le sujet suspect à son domicile et à lui demander de surveiller sa température pendant une durée de 10 jours ; en milieu hospitalier, les malades ont été isolés dans des chambres à pression négative.

87L’avion est devenu le moyen le plus radical de diffusion des germes infectieux. Plusieurs centaines d’appareils long-courriers volent en permanence d’un pays à l’autre et d’un continent à l’autre. Ils acheminent deux types de vecteurs potentiels : les passagers, dont la plupart ignorent les risques qu’ils courent et font courir aux autres, et les arthropodes, dont beaucoup d’espèces pullulent dans maintes aérogares et zones de fret, pas forcément d’ailleurs uniquement sous les tropiques. Ces petites bêtes embarquent facilement dans les cabines et soutes des avions. La diffusion d’un aérosol insecticide à l’arrivée de certains long-courriers est rassurante, mais d’une efficacité douteuse.

88Les plus dangereux des arthropodes vecteurs potentiels de germes infectieux sont les moustiques. Ces dernières années, ils ont diffusé le paludisme dans le voisinage d’aéroports européens et américains ; des gens en sont morts près de Roissy, à côté de Newark (l’un des aéroports new-yorkais) et ailleurs. Une recherche menée à Londres a montré que des moustiques étaient présents dans 12 des 67 avions contrôlés en provenance de régions tropicales. Ils résistent bien mieux que les hommes aux conditions climatiques les plus extrêmes : des moustiques placés dans les coffres de train d’atterrissage d’un Boeing 747 étaient toujours vivants après six à huit heures de vol par – 42 °C ! Enfin, nous ne devons pas oublier que l’avion lui-même peut jouer un rôle dans l’apparition d’une épidémie. En 1979, un avion portant à son bord 54 passagers a été immobilisé durant trois heures sur un aéroport en Alaska, pour réparation du système de ventilation. Un passager souffrait de grippe, et le virus a pu contaminer 72 % des personnes embarquées ! (Moser et al., 1979).

89Le transport maritime, s’il est moins rapide, peut être également un moyen de transport de vecteurs. Aedes albopictus (un des principaux vecteurs de la dengue) a été introduit aux États-Unis dans une cargaison de pneus usagés provenant d’Asie et s’est adapté à son nouveau continent. Dans des conditions similaires, il a été introduit au Nigeria, où il pourrait devenir un vecteur majeur de la fièvre jaune. Par ailleurs, 367 espèces différentes (dont des espèces végétales) ont été trouvées dans les ballasts d’eau « potable » de cargos faisant le trajet entre le Japon et la Baie de Coos en Oregon (Carlton et Geller, 1993). C’est un fait : les insectes, comme nous, se déplacent par myriades partout sur la terre, grâce aux moyens de transport... des humains !

Les facteurs de risque liés aux pratiques médicales

Foyers épidémiques nosocomiaux

90Les établissements hospitaliers où l’on traite les malades, les locaux abritant les laboratoires où l’on recherche l’étiologie d’une infection, où l’on étudie les germes et où l’on manipule des produits biologiques sont toujours des lieux de densité de population très supérieure à la moyenne. Il arrive que des virus « s’échappent » d’un laboratoire à la suite d’un accident – rappelons à ce sujet l’apparition en Chine, en 1976, du virus de la grippe russe, si proche du virus qui circulait vingt ans auparavant que c’était « comme s’il avait été congelé pendant cette période » (Oldstone, 1998). On suggère que l’apparition de ce virus pourrait être liée à une contamination humaine, accidentelle, dans un laboratoire de recherche. Cette transmission accidentelle d’un virus dans un laboratoire, qui n’a pu être établie formellement faute d’investigations, vient de se reproduire à Singapour en septembre 2003. Un jeune chercheur s’est contaminé avec le Coronavirus responsable du SRAS ; par chance le virus n’a pas diffusé, et l’infection est restée limitée à un cas accidentel.

91Il arrive plus souvent qu’un patient atteint d’une maladie virale pas encore ou mal diagnostiquée fasse du centre de santé le foyer de dispersion du virus, dont la transmission aboutit à une épidémie en milieu hospitalier (transmission nosocomiale). Au cours de l’année 2002-2003, le virus associé au SRAS s’est amplifié à maintes reprises en milieu hospitalier, depuis son foyer initial (sud de la Chine) jusqu’aux hôpitaux des grandes agglomérations (Hong Kong, Toronto, Hanoi). Dans tous les cas, un malade présentait un syndrome grippal dont le personnel médical ne pouvait suspecter qu’il s’agissait d’une infection due à un virus nouveau. L’importance de la transmission aura été variable, certains malades dénommés « super-transmetteurs » ont joué un rôle déterminant dans la transmission du virus en milieu hospitalier ou dans la cellule familiale. Le personnel hospitalier a payé un lourd tribut à cette dramatique épidémie de pneumopathie atypique : à Toronto, près de 20 % des cas ont été observés parmi le personnel soignant. Et pourtant, le SRAS n’est pas la première épidémie nosocomiale résultant de l’introduction du virus à l’hôpital à partir de sujets malades. Plusieurs virus, notamment ceux du groupe des fièvres hémorragiques, ont été à l’origine d’épidémies similaires. C’est en particulier dans les hôpitaux de l’hémisphère sud que se produit ce type d’épidémies. Nous allons en donner quelques exemples.

La fièvre hémorragique de Crimée-Congo

92Le virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo a été à l’origine de poussées épidémiques nosocomiales très sévères, même dans des établissements modernes.

93La figure 2 illustre la séquence des cas observés au cours de trois épidémies. Au Pakistan, en 1976, un berger infecté par le virus FHCC fut opéré pour un cancer gastrique à l’hôpital de Rawalpindi ; il fut à l’origine d’une dramatique épidémie nosocomiale : six cas secondaires furent alors observés, cinq parmi le personnel hospitalier et un contact familial, avec trois décès ; puis cinq cas tertiaires hospitaliers, et deux autres contacts familiaux. L’épidémie de Dubaï, en 1979, entraîna également des décès parmi le personnel de l’hôpital, et un interprète fut contaminé. En 1984, en Afrique du Sud, une épidémie débuta dans l’hôpital moderne de Tygerberg, dans la région du Cap ; le chirurgien et six infirmières (dont trois qui n’avaient pas été en contact avec des malades, ce qui suggère une transmission à distance par aérosol) furent contaminés. Ces quelques exemples (d’autres épidémies nosocomiales furent enregistrées, en 1979, en URSS et en Irak et tout récemment au Pakistan en 2002), auxquels on doit ajouter des contaminations de laboratoire (nous en avons connu trois à l’Institut Pasteur), attestent de l’exceptionnelle contagiosité de ce virus, probablement l’un des plus dangereux à manipuler. Ce type d’épidémie est très difficile à prévenir, le diagnostic clinique au moment de l’hospitalisation étant généralement non spécifique ; ce n’est que tardivement, lors de l’apparition d’un syndrome hémorragique, que des mesures peuvent être prises.

Figure 2. Épidémies nosocomiales de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo.

Figure 2. Épidémies nosocomiales de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo.

La fièvre de Lassa

94Cette maladie nouvelle est causée par un Arénavirus de la famille des Arenaviridae, dont le réservoir hôte est le rongeur Mastomys natalensis. L’histoire de la fièvre de Lassa est étroitement liée à celle des hôpitaux « missionnaires » d’Afrique de l’Ouest et au rôle de la fondation Rockefeller, qui avait entrepris, dans les années 1960, un suivi des maladies virales chez les missionnaires américains.

95La maladie fut reconnue pour la première fois au début de 1969, dans le nord-est du Nigeria, dans l’hôpital de Lassa (Frame et al., 1970). Une sage-femme de la mission américaine était hospitalisée ; son état s’aggrava, elle fut transportée à l’hôpital de Jos, la capitale régionale, où elle décéda. Les deux infirmières qui s’étaient occupées de ce cas initial contractèrent la maladie. Un an plus tard, une importante épidémie, localisée dans l’hôpital de Jos, entraîna vingt-sept cas secondaires et tertiaires avec treize décès, dont un médecin. En 1972, à Zorzor, au Liberia, une épidémie nosocomiale provoqua quatre décès sur onze cas. Une nouvelle épidémie fut rapportée quelques mois plus tard dans le pays voisin, la Sierra Leone.

96Ces exemples montrent le rôle essentiel de l’hôpital dans la détection du virus de la fièvre de Lassa. Par la suite, des épidémies « naturelles » (transmission du virus à l’homme par contact avec des excréments de rongeurs réservoirs du virus) ont été rapportées en Afrique de l’Ouest ; ces épidémies « de brousse » peuvent être amplifiées considérablement en milieu hospitalier.

97Plusieurs cas de fièvre de Lassa ont été importés aux États-Unis et en Europe, mais sans aucune transmission nosocomiale.

La fièvre hémorragique à virus Ebola

98Les récentes épidémies (Côte d’Ivoire, Congo, Gabon et Ouganda) de cette maladie ayant fait l’objet d’une large couverture médiatique, Ebola est sûrement le virus tropical le plus connu du grand public.

99La première épidémie éclata en juillet 1976 au Soudan méridional, dans les localités de Nzara et de Maridi ; quelques semaines plus tard, une épidémie se produisit à l’hôpital de la mission de Yambuku, dans le nord du Zaïre (sans lien apparent avec celle du Soudan, huit cents kilomètres séparant les deux zones et les communications étant à l’époque inexistantes entre elles). Pour les deux épidémies, l’hôpital joua un rôle majeur dans l’amplification du virus et le personnel médical fut lourdement touché. À l’hôpital de Yambuku, après l’introduction du cas initial, sur dix-sept membres du personnel hospitalier onze décédèrent de l’infection à virus Ebola ; la transmission s’était principalement réalisée par le biais de matériel hospitalier contaminé par le virus. Sur 318 cas, 85 (27 %) sont consécutifs à l’utilisation de seringues non décontaminées. À Maridi, au Soudan, l’épidémie se propagea également en milieu hospitalier.

100En 1995, une nouvelle épidémie se déclara au Zaïre, à Kikwit. Comme pour les épidémies de 1976, après une transmission familiale, l’amplification eut lieu en milieu hospitalier. Dans le cas de l’épidémie de Kikwit, la disponibilité de seringues à usage unique, consécutive à l’épidémie de sida, a évité la transmission par injection, comme cela avait été observé à Yambuku. L’utilisation de gants lors de contacts avec les fluides corporels semble également avoir limité les cas hospitaliers. Il n’en reste pas moins que l’hôpital a joué un rôle essentiel dans l’épidémisation, les deux causes majeures ayant été les soins prodigués aux malades et la toilette funéraire.

101Ces trois exemples illustrent l’importance de l’amplification nosocomiale. On peut se demander si le risque existe en dehors des zones d’endémie, notamment dans les pays du Nord. Plusieurs cas d’introduction du virus Lassa en milieu hospitalier en Europe et aux États-Unis se sont produits ; récemment, un malade infecté par le virus Ebola en Côte d’Ivoire a été rapatrié en Suisse sans entraîner de contamination secondaire. Comme le remarque B. Le Guenno à la suite des dernières épidémies à virus Ebola, « la contamination se faisant à partir des fluides corporels d’un malade en phase clinique, le risque d’une épidémie dans un pays développé est extrêmement faible » (Le Guenno, 1995). Il n’en va pas de même pour le dernier représentant des virus nouveaux, le Coronavirus responsable du SRAS. Ce virus a pu se propager parmi le personnel soignant dans des structures médicales très modernes, comme l’hôpital Mount Sinai de Loronto. La grande facilité de transmission interhumaine par voie respiratoire de ce nouveau virus explique l’inefficacité des barrières médicales habituellement existantes. Seuls le renforcement des mesures préventives et l’isolement des malades suspects ont permis de maîtriser la propagation de ce virus.

Des accidents de laboratoire

102La manipulation de virus dans un laboratoire peut aboutir à des contaminations du personnel et, par la suite, à la diffusion de ces virus. De nombreux cas ont été rapportés, notamment par le Subcommittee on Arbovirus Laboratory Safety (SALS). Depuis 1980, ce comité américain recense à travers le monde les accidents de laboratoire dus à des contaminations par des virus. Plus de 600 contaminations ont été rapportées, dont 21 mortelles (CDC-NIH, 1993). L’amélioration des conditions de manipulation des agents infectieux, qui repose sur une classification des risques (de P1 à P4) et sur la création d’infrastructures adaptées, a permis de les limiter, sans cependant les éviter totalement, comme en témoignent les trois exemples qui suivent, auxquels nous pourrions ajouter le cas de virus responsable du SRAS, à Singapour en septembre 2003 – toutefois nous manquons encore d’informations sur les causes exactes de cette contamination au laboratoire.

Marburg, 1967

103Cet exemple peut paraître atypique : il concerne un virus jusque-là inconnu, qui fut révélé à la biologie à la faveur de cette contamination ; mais l’accident à l’origine de l’épidémie eut lieu dans un laboratoire.

104En août et septembre 1967, une maladie nouvelle associée à un syndrome fébrile qui évolue rapidement vers des manifestations hémorragiques sévères fut rapportée à Marburg et Francfort, en Allemagne fédérale, et à Belgrade, en Yougoslavie. La maladie fut caractérisée et le virus isolé (Martini et Siegert, 1971). Le virus responsable fut nommé « Marburg ». À Marburg, l’agent viral infecta certains des employés d’un laboratoire pharmaceutique à la suite de la manipulation de reins de singes destinés à la production de vaccins. Les individus malades contaminèrent à leur tour des membres du personnel médical ; sept des vingt-trois patients moururent. Huit autres cas (dont deux décès) furent identifiés à Francfort et Belgrade, chez des gens travaillant avec des singes qui, comme à Marburg, appartenaient à l’espèce Cercopithecus aethiops et étaient importés d’Ouganda. Rappelons que le virus Marburg est proche « cousin » du virus Ebola, formant avec lui la famille des Filoviridae.

New Haven, 1969

105La découverte du virus Lassa est étroitement associée à une collaboration entreprise à la fin des années 1960 entre des missionnaires américains amenés à effectuer de longs séjours en Afrique et des épidémiologistes et virologistes aux États-Unis. Lorsque les premiers cas furent détectés au Nigeria, des échantillons de sang furent envoyés au docteur Casais, spécialiste des fièvres hémorragiques et chercheur au YARU (Yale Arbovirus Research Unit) de l’université de Yale, à New Haven. Ce laboratoire, de réputation internationale, est le centre OMS de référence pour les arbovirus. En isolant le virus Lassa (Buckley et Casals, 1970), le Dr Casais se contamina et développa une forme très sévère de cette maladie nouvellement décrite ; il se rétablit lentement. Mais un technicien, Juan Roman, qui travaillait dans le même institut – bien que dans un laboratoire autre que celui de Casais – se contamina à son tour et décéda ; l’origine de sa contamination demeure inconnue. Ces accidents de laboratoire eurent un énorme retentissement en Amérique. La recherche sur ce virus au YARU fut arrêtée et les échantillons furent adressés au CDC d’Atlanta, qui possédait un laboratoire de haute sécurité. Le New York Times titrait le 18 février 1970 : « Un nouveau virus fatal au point que les scientifiques arrêtent leur recherche ».

106Vingt-cinq ans plus tard, un nouvel accident de laboratoire se produisit au YARU, faisant souffler un réel vent d’effroi et d’opprobre, sinon de panique, de New York à Boston, alimenté par les médias. Les premiers rôles de cette tragi-comédie – c’est ainsi que nous l’interprétons – furent tenus par un Arénavirus nommé Sabià et par l’un d’entre nous (Jean-Paul Gonzalez)...

Mew Haven, 1994

107Jean-Paul Gonzalez raconte : « Le 8 août 1994, je travaillais seul dans mon laboratoire du YARU (School of Medicine, Yale University) à l’étude phylogénétique du virus Sabià, agent d’une fièvre hémorragique brésilienne (décelé et isolé en 1990-1991 au Brésil, après avoir infecté trois personnes, avec un décès). Ce virus appartient au genre Arénavirus, qui comprend différents agents des fièvres hémorragiques associés aux rongeurs.

108Un tube contenant la préparation du virus Sabià se fêla dans l’ultracentrifugeuse, accident classique. “Protégé” par ma tenue réglementaire et par les installations de sécurité du local classé 3, j’appliquai la procédure de nettoyage ; et je poursuivis mon travail ce jour-là et les suivants.

109La fièvre commença à me tourmenter le 15 août, avec myalgies et céphalées. Devant la persistance des signes (je pensai d’abord à une réactivation de paludisme par Plasmodium vivax), je consultai le 19 et fus hospitalisé en isolement de sécurité, après avoir révélé mes soupçons, confirmés le jour suivant par les analyses (grâce au test de diagnostic d’infection Sabià que je venais de développer peu avant l’accident !) : j’étais bien infecté par le virus Sabià. Tandis que je sombrais dans la maladie, toutes défenses cédant, une quarantaine de personnes – experts accourus des quatre coins des États-Unis et responsables de santé publique – se réunirent à Yale-New Haven à mon chevet, dans la nuit du 20 au 21, pour décider du traitement et des mesures à prendre.

110Le traitement consista en l’administration d’une molécule antivirale à l’étude et de Ribavirine, non encore commercialisée, mais qui s’était montrée efficace contre la fièvre hémorragique Lassa. Après un week-end angoissant, je me rétablis en quelques jours et je fus “déchargé” de l’hôpital le 29 août. Les anticorps anti-Sabià apparurent dans mon sang un mois plus tard. Au total 135 personnes furent identifiées comme ayant été en contact avec moi durant l’incubation, le déclenchement de la maladie et l’hospitalisation. Aucune ne présenta au cours des semaines suivantes de symptômes relatifs à ma maladie ou de traces d’infection ; mes proches, suivis sérologiquement pendant deux mois, demeurèrent négatifs à Sabià.

111Mon accident du travail (je l’appelle “un accident de chasse”) apportait confirmation aux experts que, d’une part, un tel virus ne se transmet qu’au dernier stade de l’infection et par contact physique avec le malade, et que, d’autre part, dans un pays correctement équipé, un malade atteint de fièvre hémorragique peut être sauvé (Barry et al., 1995), le personnel médical protégé et la contagion empêchée. Le traitement que je subis de la part des médias fut plus douloureux que la maladie ! En septembre, un hebdomadaire populaire français me qualifia de “Français le plus haï des Américains” ! ; c’était heureusement faux ! Il est vrai que mon accident fit peur (le roman Virus [Preston, 1995] venait de sortir et le film Alerte était en tournage...). »

La responsabilité des chercheurs

112En recherche biologique, les risques de contamination des personnels de laboratoire ne seront jamais nuls ; les risques de diffusion dans l’environnement sont cependant aujourd’hui fortement diminués, grâce aux procédures et aux équipements sans cesse affinés et améliorés. Rappelons toutefois l’histoire du virus Zinga. Ce virus, isolé en République centrafricaine en 1969 à partir de moustiques et retrouvé à de nombreuses reprises dans ce pays et en Afrique de l’Ouest, est reconnu comme rentrant dans le groupe des arbovirus responsables d’arboviroses mineures avec syndrome fébrile accompagné éventuellement d’un exanthème. En 1983, ce virus, jusque-là considéré comme nouveau, a été identifié au virus de la fièvre de la vallée du Rift, redoutable agent du groupe des fièvres hémorragiques et connu surtout pour son extrême contagiosité. À tel point qu’avant l’utilisation du vaccin à usage humain, tout laboratoire qui manipulait ce virus comptait des contaminations. Nous en avons connu personnellement plusieurs au sein des Instituts Pasteur d’Afrique, toutes ayant évolué favorablement.

113Ce virus Zinga, après avoir été isolé en RCA, a été distribué dans différents laboratoires : Institut Pasteur de Paris, Institut de médecine tropicale d’Anvers (où d’intéressantes études de microscopie électronique ont été réalisées), à l’université de Yale, au CDC de Fort Collins et au laboratoire de l’Armée américaine à Fort Detrick. Ce virus avait été classé 2, c’est-à-dire qu’il ne nécessitait pas de précaution particulière pour être manipulé. Par chance, aucune contamination ou diffusion de ce virus ne s’est produite. Son introduction dans le cheptel, notamment aux Etats-Unis, aurait été une véritable catastrophe ; elle aurait pu se produire à Fort Collins, où le CDC est situé à proximité d’un centre d’élevage. Dans le même ordre d’idées, rappelons l’identification tardive du virus Ippy, isolé à partir de rongeurs en République centrafricaine, longtemps reconnu comme virus nouveau, non groupé, classe 2, qui s’est en fait révélé un Arénavirus proche du virus Lassa. Encore tout récemment lors de l’accident à Singapour, le chercheur qui fut infecté par le Coronavirus responsable du SRAS pensait travailler avec le virus West Nile. L’échantillon qu’il manipulait contenait par erreur le Coronavirus.

114Ces quelques exemples illustrent les risques d’accident dans des laboratoires et l’éventuelle diffusion de germes hautement pathogènes pour l’homme. Ce problème est crucial dans le cadre de l’éradication de la poliomyélite. L’objectif de l’OMS est d’éliminer définitivement les virus de la poliomyélite. Or ces virus sont très largement représentés dans les laboratoires de biologie : dans le monde plusieurs milliers de laboratoires ont déjà été identifiés comme dépositaires des virus polio. Il sera aisé de détruire les virus présents dans les laboratoires spécialisés tels que les centres de référence, mais de nombreux laboratoires possèdent des collections de virus ou d’échantillons qui pourraient potentiellement être contaminés par le virus polio sans qu’on le sache. Par exemple, en Inde, de nombreuses études ont été réalisées pour apprécier l’incidence des Rotavirus dans les diarrhées chez les jeunes enfants. Des milliers d’échantillons de selles ont été prélevés pour des études virologiques, il est probable qu’un nombre important de ces échantillons contenait aussi le virus de la polio. Autant dire que l’éradication définitive du virus polio prendra du temps !

115Enfin, qu’en est-il des virus qui voyagent d’un continent à l’autre dans les bagages des chercheurs ? Par exemple ces souches de virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, oubliées par un grand virologiste américain dans le congélateur d’un restaurant parisien, ou cette souris infectée par le virus de la rage, qui s’échappe de sa boîte pendant un vol aérien ; citons également une glacière ouverte sur le tapis roulant de l’aéroport de Roissy, qui répandait des centaines de tubes éparpillés sur plusieurs mètres contenant des virus dont certains de classe 4, et encore ces centaines de tiques vivantes d’origine africaine (accompagnées des virus qui vont avec) introduites aux États-Unis dans un bagage égaré qui se retrouve chez son propriétaire sans passer la douane. Mais il y a prescription ! Rassurons le lecteur, cette situation est devenue de nos jours impossible. Ces événements se sont toutefois produits entre 1981 et 1987.

Transmission de virus par l’utilisation de produits biologiques

116L’affaire du sang contaminé par les virus du sida et des hépatites a révélé au grand public les risques d’infection par des produits biologiques utilisés dans la prévention ou le traitement des maladies. Tous les produits biologiques vivants (c’est-à-dire n’ayant pas subi de traitements aptes à éliminer des agents infectieux) peuvent être à l’origine de la transmission de maladies infectieuses. Incontestablement, le sang demeure le produit qui présente le risque le plus important, car il peut véhiculer des virus : on parle alors de virémie (présence du virus en quantité significative dans le sang). C’est notamment le cas des arbovirus. La virémie peut également traduire la multiplication chronique du virus dans un organe dont la production virale est libérée en permanence dans la circulation sanguine, comme pour les virus des hépatites B ou C ou le virus du sida. Le sang et ses dérivés ont ainsi été à l’origine de la transmission d’agents infectieux : virus des hépatites virales B et C, virus du sida, parvovirus B19, Cytomegalovirus, HTLV, etc. (Lefrère, 1996). Ces dernières années, d’importants progrès ont été réalisés pour assurer la sécurité virale des produits dérivés du sang. Ils passent tout d’abord par la sélection des donneurs et l’application de tests réalisés sur chaque don pour la recherche de marqueurs viraux. Enfin, des contrôles sont réalisés sur les produits intermédiaires et finaux. Grâce aux efforts portés sur la qualité du matériel de départ et sur le procédé de préparation, les produits dérivés du sang répondent à des critères de sécurité optimisés. Pourtant, le risque de transmission d’un virus n’est pas nul, comme l’attestent les quelques cas de transmission du virus West Nile aux États-Unis au cours de l’année 2002 -2003 consécutifs à des transfusions sanguines ou à des greffes d’organes. Ces accidents peuvent être qualifiés d’exceptionnels, puisqu’ils sont liés à un virus responsable d’une infection aiguë sévère dont la possibilité de transmission par transfusion était jusqu’alors considérée comme très improbable. Et pourtant, c’est ce qui fut observé. Deux raisons complémentaires expliquent cette transmission : un nombre important de sujets peuvent présenter des formes cliniques inapparentes d’infection par le virus West Nile, et ne peuvent être soupçonnés d’être infectés lors de la sélection des donneurs ; la recherche, récemment instaurée, du virus West Nile dans les centres de transfusion ne s’applique que sur un pool d’échantillons de sang, ce qui rend la méthode de détection trop peu sensible dans le cas d’échantillons contenant peu de virus Cet exemple démontre clairement que le risque zéro dans la transfusion sanguine n’existe pas et qu’une vigilance permanente doit être instaurée.

117D’autres accidents liés à l’usage de produits biologiques ont été rapportés : le virus de la rage a été transmis par une greffe de la cornée ; l’hormone de croissance a provoqué des cas de maladie de Creutzfeldt-Jakob.

118Les vaccins viraux ont également été à l’origine de la transmission d’agents infectieux. On peut citer comme exemple la transmission du virus de l’hépatite B par le vaccin de la fièvre jaune, en 1942, qui fut à l’origine de 28 000 cas d’hépatite, dont 62 décès. La souche vaccinale n’était pas en cause, mais le vaccin contenait du plasma humain destiné à le stabiliser et qui s’est avéré contaminé par le virus de l’hépatite B. Ce même vaccin a été à l’origine de la transmission à des millions d’individus du virus de la leucose aviaire. L’agent contaminant provenait du support cellulaire qui servait à préparer le vaccin. Une situation identique a été rencontrée avec le virus SV40, présent dans les cellules de reins de singe qui étaient utilisées pour la production du vaccin polio. Fort heureusement, les virus de la leucose aviaire et le SV40 n’ont induit aucune pathologie détectable chez les sujets vaccinés. Des mesures correctives furent prises à la suite de ces incidents (Horaud, 1975).

119Les sources de contamination des produits biologiques sont nombreuses, avec un risque très variable. Le sang total avec ses composants cellulaires et les produits biologiques (greffes) d’origine humaine qui ne subissent aucune inactivation virale sont source de risques relativement importants. L’apparition d’un virus nouveau induisant une infection chronique silencieuse telle que le sida constitue le risque le plus élevé.

120Les dérivés du sang – notamment les produits qui subissent des étapes de décontamination virale par chauffage – offrent en termes de sécurité virale d’excellentes garanties ; en revanche, ces procédés ne permettent pas d’éliminer le risque lié aux prions. Les cellules et les matières premières utilisées pour l’obtention de produits biologiques représentent également une source possible de contamination virale. Ce risque est plus important lorsque sont utilisées des cellules provenant d’organes de primates en captivité, telles que les cellules primaires de reins de singe, responsables dans le passé de contaminations avec le virus SV40, et dans lesquelles ont été découverts les virus Marburg – comme on l’a vu supra -ou Ebola souche Reston. Beaucoup plus insidieux et difficiles à détecter sont les virus provoquant des infections chroniques persistantes, comme les virus de la chorioméningite lymphocytaire ou les virus Hantaan, capables d’infecter les rongeurs et les cellules qui en dérivent.

121Les lignées cellulaires diploïdes (MRC5, WI38, FRhL) ou hétéroploïdes (Vero) représentent le risque minimal. Leur système de gestion (banques primaires et secondaires) et leurs conditions d’utilisation (nombre de passages limité) évitent l’introduction d’un virus nouveau ; ces systèmes cellulaires sont largement utilisés pour la préparation des vaccins modernes.

122Enfin, les matières premières servant à la préparation des produits biologiques peuvent constituer une source de contamination non négligeable (sérum de veau, milieu de culture, trypsine destinée à séparer les cellules, etc.).

123Les tests de détection de présence d’agents contaminants ainsi que l’inactivation virale par des méthodes validées (irradiation, inactivation chimique et thermique) assurent une grande sécurité par rapport à un risque potentiel de transmission d’agents infectieux par les produits biologiques. Dans ce domaine, la vigilance doit être permanente, et les mesures récentes prises par les industriels pour éliminer tout risque de transmission de l’agent de l’encéphalite bovine spongiforme illustrent cette mobilisation.

Les systèmes de quarantaine (animaleries)

124Les risques de transmission de virus par les animaux domestiques sont faibles, car ils sont bien connus. Il en est de même des animaux semi-domestiques (rongeurs de laboratoire), du fait que ceux-ci sont reproduits, élevés et gardés dans des animaleries. Mais le risque est présent dans le cas des animaux sauvages capturés aux quatre coins du monde – en particulier dans les zones tropicales -qui sont ensuite vendus et transportés, même s’ils sont placés en quarantaine avant d’arriver dans les laboratoires. Il s’agit essentiellement de rongeurs et de simiens, ces derniers étant les plus proches de l’humain dans la phylogenèse ; ils peuvent être hôtes ou vecteurs d’un virus connu ou « nouveau », comme on l’a vu avec le virus Marburg. L’affaire plus récente de Reston a confirmé la réalité de ce risque.

125Le 24 octobre 1989, le Hazelton Primate Center (entreprise d’importation de singes de laboratoire), situé à Reston, ville de 50 000 habitants de la grande banlieue de Washington, reçut une centaine de singes cynomolgus (Macaca fascicularis), expédiés de Manille, aux Philippines, trois jours auparavant. Ces singes avaient transité par Amsterdam – où plus de 23 000 primates passent chaque année par le dépôt spécialisé de la KLM – et par l’aéroport Kennedy de New York, où transitent mensuellement par l’animalerie de quarantaine 50 000 animaux sauvages de diverses espèces.

126Un taux inhabituel de décès fut constaté chez les cynomolgus les semaines suivantes. Les tests sanguins révélèrent la présence du virus de la fièvre hémorragique simienne (SHF) et du virus... Ebola (Dalgrad et al., 1992). Le virus tueur était en Amérique ! Un commando spécialisé, venu de l’USAMRIID (United States Army Medical Research Institute of Infectious Diseases) de Fort Detrick, au Maryland, vint jouer les « nettoyeurs », pratiquant l’euthanasie des 450 singes survivants, logés dans le même bâtiment. Les spécialistes de Fort Detrick et des CDC d’Atlanta retinrent leur souffle plusieurs jours, dans l’attente d’un premier cas humain dans la région ou ailleurs. Cet incident et la panique engendrée chez les autorités concernées demeurèrent ignorés du grand public pendant trois ans. Les laboratoires détectèrent une souche inédite d’Ebola, nommée depuis Ebola Reston, qui semble non pathogène pour l’homme – quatre employés de l’établissement développèrent des anticorps, sans aucun signe clinique. L’enquête révéla une donnée inquiétante : des animaux théoriquement hors de contact avec les cynomolgus malades avaient été contaminés dans d’autres salles ; la possibilité que ce virus se propageât aussi par aérosols fut sérieusement envisagée. Ce ne fut jamais prouvé scientifiquement ; il semblerait que la contamination se soit produite par le biais d’aliments ou par usage de matériel mal lavé.

127L’origine de l’infection des singes provenant des Philippines demeure un mystère. L’hypothèse d’une contamination lors du transport par contact avec un singe africain a été émise, mais les enquêtes épidémiologiques n’ont pu la confirmer. Les enquêtes épidémiologiques menées aux Philippines ont établi une fréquence élevée de transmission du virus Ebola Reston chez les singes en captivité. Chez un fournisseur, il a été montré qu’au cours d’une même année, 13 % des singes étaient trouvés infectés. Les conditions d’hygiène déplorables et l’utilisation à plusieurs reprises de seringues contaminées expliquent la transmission du virus (Miranda et al., 1999). Ce centre sera définitivement fermé en 1997. Par la suite, trois autres épidémies dues à la même souche de virus Ebola Reston ont été décrites au Texas, à Philadelphie et à Sienne (Italie), toujours chez des singes en provenance des mêmes importateurs philippins.

128Ces poussées épidémiques révèlent l’efficacité des systèmes de quarantaine qui ont été mis en place après la survenue de l’accident dû au virus Marburg, dans les années 1960. Si la réglementation sanitaire du commerce d’animaux sauvages pour laboratoires ou zoos est, semble-t-il, bien respectée (l’entreprise de Reston donna vite l’alerte après avoir remarqué l’anomalie), elle l’est peut-être moins dans les animaleries de commerce, ouvertes à tout public, les vétérinaires urbains étant mal avertis de ce genre de risque (comme les médecins généralistes le sont parfois peu des infections virales exotiques dont risquent d’être atteints leurs consultants voyageurs). En 2003, des rats de Gambie (Cricetomys sp.) qui étaient porteurs du virus de la variole du singe (monkeypox) ont été importés aux États-Unis. Ces animaux maintenus en captivité chez un importateur d’animaux contaminèrent des chiens de prairie qui transmirent le virus aux clients. Il y eut en tout 87 cas humains de variole du singe.

Les facteurs de risque naturels

Les oiseaux

Le virus West Nile

129Ce virus est l’un des plus anciens arbovirus connus puisqu’il a été isolé pour la première fois en 1937, dans le district de West Nile, en Ouganda. Son aire de distribution inclut le continent africain, mais il est également présent en Asie et sur le pourtour méditerranéen. Des cas ont été rapportés en Camargue en 1963 (Hannoun et al., 1964). Comme tous les arbovirus, le virus WN est transmis par les moustiques, en particulier ceux du genre Culex. Les oiseaux jouent un rôle amplificateur dans la transmission du virus au cours de la période de virémie.

130Chez l’homme, le virus WN est responsable de sévères méningoencephalites. En 1996, une épidémie a été rapportée en Roumanie dans la région de Bucarest (Le Guenno et al., 1996 ; Tsai et al., 1998).

131Plus de 700 cas d’infection aiguë du système nerveux central (méningite aseptique, méningo-encéphalite ou encéphalite), dont 17 décès, ont été rapportés entre juillet et octobre 1996. Il s’agissait de la première grande épidémie à virus WN en Europe. La séquence du virus qui a circulé en Roumanie s’est avérée identique à celle d’une souche isolée au Kenya. Cette observation permet de conclure à une introduction du virus en Roumanie par les oiseaux migrateurs (Miller et al., 2000), le delta du Danube constituant une importante zone de migration pour les oiseaux. La présence du vecteur Culex, favorisée par une dégradation de l’habitat en Roumanie, a permis l’épidémisation de cette virose. La question actuelle est de savoir si ce virus peut persister selon un mode enzootique dans ces régions à forte densité aviaire. Si tel est le cas, on peut s’attendre à d’autres épidémies dans cette région.

132C’est au cours de l’Open de tennis aux États-Unis, à New York, en août 1999, que le virus West Nile s’est à nouveau manifesté (Asnis et al., 1999). Au total, 62 cas dont 7 décès ont été rapportés dans la région de New York. Le diagnostic de cette infection virale s’est avéré très délicat. Initialement, en utilisant une technique sérologique de détection des IgM par ELISA, les virologistes avaient conclu à une infection par le virus de l’encéphalite de Saint Louis (SLE). Bien connu aux États-Unis, ce virus est transmis par les moustiques selon un cycle épidémiologique proche de celui du virus West Nile : il en est antigéniquement très proche (Flavivirus) et il se manifeste en été aux États-Unis. Tous ces paramètres inclinaient à conclure à une nouvelle poussée épidémique du virus SLE. Par la suite, l’analyse moléculaire et le diagnostic biologique ont permis d’identifier le virus West Nile. Il s’agissait de la première manifestation de ce virus dans le Nouveau Monde. La souche « New York » du virus WN s’avère très pathogène pour les oiseaux, contrairement aux souches africaines. L’analyse moléculaire révèle une homologie supérieure à 99 % avec des souches WN isolées au cours d’épizooties chez des oies en Israël. Comment ce virus a-t-il pu atteindre, depuis le Moyen-Orient, la côte est des États-Unis ? par le biais d’oiseaux sauvages, d’un animal de compagnie, d’un sujet virémique ? À ce jour, le mécanisme de l’introduction du virus n’est pas connu.

133Comme pour la Roumanie se pose la question du maintien de la présence du virus WN en Amérique. Un cycle enzootique nécessite à la fois le vecteur, en l’occurrence des moustiques du genre Culex, et des hôtes amplificateurs, principalement les oiseaux. Lors de l’épidémie de Camargue en 1962, tous ces facteurs étaient apparemment réunis, mais il ne semble pas que le virus se soit définitivement installé, probablement en raison d’une forte dilution entre vecteurs et hôtes. Le maintien du virus aux États-Unis pourrait résulter de sa diffusion dans des réserves d’oiseaux. Aux États-Unis, les conditions climatiques, avec un hiver particulièrement rigoureux, sont très défavorables au maintien du vecteur. On peut toutefois envisager la transmission verticale (transovarienne) chez les Culex : par conséquent, le virus pourrait se retrouver dans les œufs du moustique et réapparaître au printemps. À la fin de l’année 1999, le débat était vif entre les experts qui pensaient que le virus allait disparaître et ceux qui considéraient qu’il ne pouvait pas se maintenir, en raison des températures hivernales, mais qu’il allait se déplacer vers le sud, et notamment en Floride, par l’intermédiaire d’oiseaux infectés. Aucune des deux hypothèses ne se révéla exacte. Le virus s’est maintenu durant l’hiver dans la région de New York chez des moustiques hibernants (Nasci et al., 2001). Les premiers cas d’infection chez les oiseaux ont été rapportés en avril 2000 dans le New Jersey. Au cours de l’année 2000, 9 cas humains d’encéphalite ont été rapportés, dont 1 décès. En outre, 60 chevaux ont été infectés, ainsi que de très nombreux oiseaux. Au cours de l’année 2001, 48 cas humains d’encéphalite (dont 1 décès), ainsi que de nombreux cas équins et la mort de plus de 6 000 oiseaux ont été rapportés dans dix-sept États de l’est des États-Unis (Zeller et al., 2001). Mais c’est en 2002 que le virus West Nile révéla son potentiel de dispersion sur la quasi-totalité des États-Unis : il fut à l’origine de 3 389 cas humains, dont 199 décès. L’année 2003 est marquée par une augmentation importante des cas d’encéphalite dus à ce virus ; dès la fin novembre 2003, on comptait plus de 8 000 cas humains.

134Le virus WN est apparu à la même époque en Russie. Entre juillet et octobre 1999, 826 cas d’infection due au virus WN ont été diagnostiqués chez des malades hospitalisés dans la région de Volograd. Parmi ceux-ci, 80 cas de méningo-encéphalite, dont 40 décès, ont été rapportés au cours de cette période estivale. Il s’agissait de la première épidémie de cette ampleur en Russie (Platonov et al., 2001).

135Des poussées épizootiques de virus WN ont été observées dès 1997 en Israël chez des oies domestiques, puis en 1998 chez des oiseaux migrateurs. Deux cas humains, dont un décès, ont été rapportés dans ce pays en 1999. En 2000, une épidémie s’est produite entre août et octobre au cours de laquelle 417 cas humains, dont 35 décès, ont été enregistrés (Weinberger et al., 2001).

136Enfin, le virus WN a fait son retour en France en septembre 2000 : dans les départements de l’Hérault et du Gard, une poussée épizootique a touché 76 chevaux, causant 21 décès II n’a pas été observé de cas humain au cours de cette épizootie (Murgue et al., 2001). Un cas humain très récent (octobre 2003) vient d’être rapporté dans le département du Var.

137On n’explique pas cette soudaine réémergence du virus West Nile dans le bassin méditerranéen, pas plus que son apparition dans le Nouveau Monde. Son maintien demeure une préoccupation majeure en termes de santé publique.

Le virus Sindbis

138Il s’agit d’un arbovirus également ancien, découvert en 1952 au nord du Caire et transmis par des moustiques ornithophiles. Chez l’homme, l’infection se traduit par une fièvre exanthématique. Présent aussi bien en Afrique qu’en Asie, ce virus a attiré l’attention en Europe du Nord dans les années 1980, lorsque des épidémies ont été rapportées en Suède (maladie d’Okelbo [Niklasson et al., 1984]), en Finlande (maladie de Pogosta) et en Russie (fièvre de Carélie [Lvov et al., 1984]). Dans tous les cas, un virus proche du virus Sindbis (Sindbis-like) a été isolé. À quel pays devait revenir l’antériorité de cette découverte ? La Russie, la Suède, la Finlande... ? En fait, ce fut l’Afrique... Lors d’un séjour à Fort Detrick avec le Dr Niklasson, le spécialiste des arbovirus en Suède, l’un de nous (J.-E Saluzzo) attira l’attention sur la description, réalisée en Afrique dans les années 1970, d’un virus proche de Sindbis, et que nous avions dénommé « Babanki » – virus totalement ignoré de la communauté scientifique. La comparaison entre les isolats du nord de l’Europe et le virus Babanki permit de montrer leur identité et d’expliquer l’origine de l’apparition du virus en Europe du Nord (Lundstrom et al., 1993) : il a été introduit par les oiseaux migrateurs depuis l’Afrique du Sud. On retrouve un schéma identique à celui du virus West Nile. Toutefois, un mystère demeure : la migration sud-nord nécessite plusieurs semaines (au moins un mois), ce qui paraît incompatible avec la durée de la virémie chez les oiseaux, qui n’est que de quelques jours. Il est donc possible que le virus se déplace par étapes successives et circule parmi les oiseaux dans différentes régions, comme l’atteste l’aire d’endémicité de cette virose. Il a également été évoqué la possibilité d’une infection persistante suivie de la libération du virus sous l’effet du stress lors de la migration. Enfin, la possibilité d’introduction de moustiques infectés lors de transports aériens n’est pas à exclure.

Les chauves-souris

139Il existe près de 900 espèces de chauves-souris, dont certaines sont impliquées dans la transmission de différents virus, et en particulier des Rhabdovirus. En Amérique du Sud, les chauves-souris vampires (Desmodus rotundus) transmettent le virus de la rage lors des repas sanguins. Les pertes économiques sont considérables : près de 100 000 bêtes meurent chaque année contaminées par le virus rabique transmis par les vampires. Les pays les plus affectés sont le Brésil, la Colombie et le Mexique. Pour ces trois pays, on estimait en 1987 les pertes à 40 millions de dollars. Des cas humains sont également rapportés. En 1989, 79 cas humains mortels ont été observés au Pérou et au Brésil. Autant dire que la rage transmise par les vampires en Amérique du Sud constitue un problème important de santé publique.

140Les chauves-souris insectivores et frugivores peuvent également transmettre des rhabdovirus. Le virus Duvenhague a été isolé pour la première fois en Afrique du Sud, puis au Zimbabwe, sur des chauves-souris insectivores (Nycteris thebaica) ; il a été retrouvé en Allemagne sur l’espèce Eptisecus serotinus, également insectivore. Ce virus a été associé, notamment en Europe, à des cas de rage. L’aire de distribution de ces deux espèces de chauves-souris se superpose sur le pourtour méditerranéen, permettant probablement la dispersion et l’évolution ultérieure du virus Duvenhague en Europe du Nord.

141Le virus Hendra a été identifié pour la première fois en septembre 1994 en Australie à Brisbane (banlieue de Hendra), à la suite d’une épizootie qui a entraîné la mort de 13 chevaux et un cas humain mortel (Selvey et al., 1995 ; Marray et al., 1995). En fait, une première alerte avait été donnée en août de cette même année à Mackay, à 1 000 km de Brisbane : deux chevaux et un fermier étaient morts, ce dernier d’une sévère méningo-encéphalite. Le virus incriminé, initialement dénommé morbillivirus équin, a été par la suite classé parmi les Paramyxovirus. Les enquêtes séro-épidémiologiques conduites en Australie ont révélé une large distribution géographique de ce virus ainsi qu’une association avec différents réservoirs. Parmi ceux-ci, la chauve-souris frugivore Pteropus pourrait jouer un rôle important, notamment dans la dissémination du virus.

142De septembre 1998 à avril 1999, 229 cas d’encéphalite, dont 111 mortels (48 %), ont été rapportés en Malaisie (Chua et al., 1999). En outre, en mars 1999, 9 autres cas d’encéphalites identiques, dont 1 cas mortel, ont été observés à Singapour (Paton et al., 1999). Ces différents cas ont été rattachés à des contacts avec des porcs. Initialement, le diagnostic d’encéphalite japonaise avait été proposé. Le virus de l’encéphalite japonaise est bien connu en Malaisie, où il est transmis en milieu rural par les moustiques, le porc faisant office d’hôte amplificateur. Toutefois, après l’isolement du virus et sa caractérisation antigénique et génétique, il est apparu que le virus incriminé était un virus proche d’Hendra, dénommé Nipah. L’importation de porcs infectés à Singapour explique les rares cas observés sur cette île. L’arrêt des importations de porcs provenant de Malaisie et les campagnes massives d’abattage menées dans ce pays ont permis de limiter la diffusion du virus. Les facteurs d’émergence du virus Nipah restent inconnus. On a évoqué la sécheresse et les dramatiques incendies de l’année 1997 en Asie du Sud, qui pourraient avoir modifié l’habitat naturel des chauves-souris et entraîné leur dispersion. Les pratiques agricoles, avec l’intensification des élevages porcins, auraient pu également jouer un rôle dans l’amplification de ce nouveau virus.

143L’intense surveillance des encéphalites virales, dans le cadre du programme d’éradication mondiale de la poliomyélite, et l’expérience acquise en Malaisie devraient favoriser la surveillance attentive de la dispersion des virus Hendra et Nipah en Asie. Des informations récentes laissent à penser que le virus Nipah aurait été découvert en Inde en 2003 (P. Rollin, CDC Atlanta, comm. pers.).

144De par leur large distribution et leurs déplacements, les chauves-souris peuvent jouer un rôle important dans la dissémination des virus. On a évoqué leur rôle comme réservoir du virus Ebola pour expliquer la présence de ce virus en Afrique et aux Philippines (Monath, 1999 a).

Les facteurs climatiques

145L’évolution du climat peut influencer le devenir des maladies infectieuses. On attend dans les années à venir une augmentation significative de la température avec des conséquences nombreuses sur l’extension des aires d’endémicité de nombreuses maladies infectieuses et notamment celles transmises par vecteurs (paludisme, dengue). Mais on peut dès à présent constater l’importance de perturbations climatiques telles qu’une sécheresse ou une pluviométrie anormalement abondante. Deux exemples illustrent l’importance de ces modifications naturelles régulièrement observées.

La sécheresse et le virus de l’encéphalite de Saint Louis (Flavivirus)

146En 1933, une importante épidémie d’encéphalite a sévi à Saint Louis (États-Unis). Bien qu’elle soit cliniquement bien reconnaissable, il fallut plusieurs années pour comprendre le mécanisme de son apparition et démontrer que la cause en était un arbovirus.

147L’année 1933 avait été caractérisée par une sécheresse exceptionnelle (la plus importante depuis le début des relevés statistiques en 1837). La ville, alors en plein développement économique, possédait des égouts à ciel ouvert. La sécheresse entraîna une évaporation importante reponsable d’une concentration élevée en sels minéraux, paramètre favorable aux gîtes larvaires du moustique Culex quiquejasciatus, vecteur du virus de l’encéphalite de Saint Louis. L’association de conditions climatiques exceptionnelles et de l’insalubrité liée à un développement urbain anarchique explique la survenue de cette épidémie.

L’abondance des pluies et le virus de la fièvre de la vallée du Rift

148La fièvre de la vallée du Rift représente l’une des maladies virales les plus importantes sur le continent africain. La construction de barrages en Égypte et en Mauritanie a été à l’origine des deux principales épidémies connues sur ce continent.

149Ce virus se manifeste à intervalles réguliers sous forme d’épizooties en Afrique de l’Est et du Sud. Au Kenya, la survenue d’épidémies est liée à l’abondance des pluies (Davies et al., 1985). Or, l’écologie des arbovirus soulève une question longtemps non résolue, celle du maintien du virus lors de la saison sèche. En effet, en fin de saison des pluies, les moustiques femelles pondent leurs œufs. Puis la sécheresse entraîne la quasi-disparition des adultes. Ce n’est qu’à la saison des pluies suivante que les larves éclosent et donnent une nouvelle génération de moustiques. Comment un arbovirus se maintient-il pendant la saison sèche ?

150La réponse à cette question a été apportée par des études expérimentales réalisées avec le virus Koutango (arbovirus du genre Flavivirus). Les chercheurs de l’IRD à l’Institut Pasteur de Dakar ont montré que ce virus se transmettait chez les moustiques par voie transovarienne, c’est-à-dire par passage du virus dans les œufs (Coz et al., 1976). Des observations similaires ont été obtenues pour le virus de la fièvre jaune (Aitken et al., 1979). Ces données expérimentales ont été confirmées dans la nature, quand, à plusieurs reprises, des arbovirus ont été isolés à partir d’adultes mâles. Or seules les femelles se nourrissent par repas sanguin et elles sont donc seules à pouvoir être infectées par cette voie par les virus. Au cours d’études réalisées au Kenya par une équipe de l’armée américaine, les modalités de la circulation du virus de la fièvre de la vallée du Rift ont pu être établies. Dans les zones de savanes, on observe de petites mares asséchées, localement dénommées dambos, qui se caractérisent par une légère dépression ; elles jouent un rôle de collecteur des eaux lors des premières pluies. Les chercheurs américains ont artificiellement mis en eau des dambos avant l’arrivée des pluies. Ils ont alors récolté les larves et les moustiques apparus et ils ont isolé le virus de la fièvre de la vallée du Rift à plusieurs reprises d’Aedes lineatopennis, et notamment de moustiques mâles de cette espèce (Linthicum et al., 1985). Cette spectaculaire expérience démontre la transmission transovarienne du virus dans la nature. Les chercheurs proposèrent le schéma suivant : les œufs d’Aedes infectés par le virus présents dans les dambos constituent la base du cycle. A la suite de pluies de faible importance, seule une partie des œufs est mise en eau, ce qui entraîne une faible pullulation vectorielle qui aboutit à un cycle enzootique assurant le maintien du virus grâce à la transmission transovarienne. En cas de pluies abondantes se développe un cycle épizootique consécutif à la mise en eau de nombreux vecteurs et de bétail. Par la suite, l’évolution peut se faire vers une épidémie qui touche, dans un premier temps, les éleveurs en étroit contact avec le bétail. C’est donc la pluviométrie qui règle le cycle d’amplification du virus RVF. L’étape suivante de cette étude a été de suivre la circulation du virus par satellite en fonction de l’évolution de la pluviométrie (Linthlcum et al., 1987).

151Les facteurs d’émergence des virus nouveaux que nous avons passés en revue à travers ces exemples permettent l’amplification locale des virus, puis leur diffusion éventuelle, capable de transformer un virus circulant discrètement selon un mode enzootique en un véritable fléau planétaire.

152Deux questions essentielles se posent : d’où proviennent ces virus, et quels sont les mécanismes intrinsèques qui transforment un virus en « dormance relative » en agent responsable d’une épidémie meurtrière ? Ce sont ces deux questions que nous allons traiter dans le chapitre suivant en proposant l’hypothèse de la présence de nombreux virus dans les zones tropicales, qui associée aux mécanismes de leur évolution pourrait expliquer l’émergence des maladies virales de demain.

Table des illustrations

Titre Figure 1. Expansion de l’encéphalite japonaise en Asie et en Australie (1924-2003).
URL http://books.openedition.org/irdeditions/docannexe/image/3360/img-1.jpg
Fichier image/jpeg, 180k
Légende (d’après Tsai, CDC; Mackenzie, WHO; Barbazan, IRD)
URL http://books.openedition.org/irdeditions/docannexe/image/3360/img-2.jpg
Fichier image/jpeg, 332k
Titre Figure 2. Épidémies nosocomiales de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo.
URL http://books.openedition.org/irdeditions/docannexe/image/3360/img-3.jpg
Fichier image/jpeg, 270k

© IRD Éditions, 2004

Conditions d’utilisation : http://www.openedition.org/6540

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