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Les virus émergents

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Jean-François Saluzzo
, 
Pierre Vidal
, 
Jean-Paul Gonzalez

Introduction

Texte intégral

1Le concept de maladie émergente a été établi en 1989 à Washington, lors d’une réunion organisée par la Fondation Fogarty le National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) et la Fondation Rockefeller sur le thème des maladies nouvelles. L’idée de maladies nouvelles avait pris forme depuis l’apparition du sida, syndrome nouveau associé à des virus nouveaux, au début des années 1980. Lors de cette réunion, trois questions essentielles furent débattues : aurait-il été possible de prévenir cette pandémie ? D’autres germes pourraient-ils reproduire des situations semblables ? Quels moyens devait-on se donner pour prévenir de telles épidémies ?

2L’histoire des maladies infectieuses au cours des vingt dernières années présente d’autres exemples de maladies nouvelles telles que la maladie des légionnaires – due à une bactérie, Legionella pneumophilia – ou la maladie de Lyme – due à un spirochète, Borrelia burgdorferi. Le parallèle avec le sida est évident : il s’agit dans tous ces cas de maladies nouvelles associées à des germes nouveaux. Ce sont là trois exemples de maladies émergentes, c’est-à-dire de maladies radicalement nouvelles dont l’incidence parmi les populations humaines progresse rapidement, au point de poser un important problème de santé publique. Toutefois, la perception de nouveauté est toujours relative. Lors de la réapparition du choléra en Amérique du Sud en 1991, après une éclipse de plus de cent ans, la maladie a été perçue par les populations autochtones comme nouvelle, alors que le germe était très anciennement connu. De même, l’apparition de la bilharziose dans des périmètres récemment irrigués après la construction d’un barrage sur le fleuve Sénégal, là où elle était absente auparavant, peut constituer un exemple de maladie émergente, alors que le germe est connu depuis l’époque pharaonique.

3Au début des années 1990, le concept de maladie émergente est donc créé. Des critères précis permettent d’identifier des syndromes ou des agents infectieux potentiellement « candidats » à l’émergence et qu’il est nécessaire de placer sous surveillance. Les agents infectieux répondant à ces critères peuvent dès lors être précisés. L’objectif est de mettre en place une politique scientifique de lutte élargie et cohérente. En 1991, aux États-Unis, le National Institute of Allergy and Infectious Diseases, après avoir adopté le concept de maladie émergente, en propose une première liste qui comprend en particulier la maladie de Lyme, la fièvre de Lassa, la dengue, le choléra et les fièvres hémorragiques virales. A priori, il n’existe que peu de relations entre ces différentes maladies infectieuses, d’étiologie différente (virale ou bactérienne). Leur point commun réside dans l’augmentation progressive ou soudaine de leur incidence dans les populations humaines. Dans cet ouvrage, nous nous limiterons aux maladies infectieuses d’origine virale, dont l’actualité, attestée par les différentes épidémies survenues ces dernières années, n’est plus à établir.

4Le terme de maladie virale émergente s’applique aux cas suivants :

  • un syndrome qui associe de façon originale une étiologie et des symptômes non observés jusque-là par la médecine (maladie nouvelle stricto sensu) : exemple du sida ;

  • une affection qui n’a jamais encore été identifiée dans une zone géographique ou un environnement humain donné : exemple du virus West Nile aux États-Unis ;

  • une affection qui réapparaît là où elle avait disparu, ou dans un environnement nouveau : exemple de la fièvre jaune ou de la dengue hémorragique en Amérique du Sud ;

  • une affection dont l’étiologie est nouvellement décrite (maladie connue, virus nouveau) : exemple des fièvres hémorragiques dues aux virus Ebola, Lassa, Marburg.

5La première phase dans l’étude du concept de maladie virale émergente va consister à retracer l’histoire des viroses décrites au long des cinquante dernières années. Rapidement, il apparaît que les arbovirologistes – spécialistes des virus transmis par les arthropodes (insectes ou acariens) – bénéficient dans ce domaine d’une expérience particulièrement précieuse. En effet, les arbovologistes ont découvert de nombreux arbovirus « nouveaux », le terme « nouveau » signifiant nouvellement décrit. Par ailleurs les arboviroses se caractérisent par des cycles complexes, qui font intervenir de multiples hôtes et vecteurs, et elles présentent des tableaux épidémiques variés, très dépendants des modifications de l’environnement et des comportements des hôtes ; de plus, les arbovirus possèdent un potentiel évolutif élevé qui explique la grande diversité des virus rentrant dans cette catégorie.

6Ce domaine de la virologie a pris naissance à la suite de la démonstration du rôle tenu par le moustique Aedes aegypti comme vecteur de la fièvre jaune, qui demeure de nos jours encore la plus importante des arboviroses. Dans les années 1950, différents organismes mettent en place des réseaux de surveillance internationaux visant à recenser les virus transmis par les insectes et ceux présents dans des hôtes réservoirs (rongeurs, chauves-souris, oiseaux, animaux domestiques). Le bilan de ces investigations est surprenant : plus de 600 virus nouveaux sont décrits, pour la plupart dits « orphelins », c’est-à-dire qu’on ne peut les associer à aucune pathologie connue. Ces découvertes n’ont pas suscité à l’époque un grand intérêt et le risque potentiel de diffusion de ces virus qualifiés de « tropicaux » ne semblait aucunement inquiéter les autorités de santé. L’apparition du sida et la démonstration que les VIH provenaient de virus simiens présents chez différentes espèces de singe en Afrique et qui avaient pu s’adapter à l’homme puis diffuser hors du continent africain amenèrent les scientifiques à porter un regard nouveau sur les arbovirus, et d’une façon plus générale sur les zoonoses tropicales. Cet intérêt apparaît de nos jours justifié, avec la récente introduction aux États-Unis du virus West Nile (arbovirus transmis par les moustiques) ou la soudaine émergence du Coronavirus responsable du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère).

7Dans cet ouvrage, nous nous proposons de présenter le concept de virus émergents à travers de nombreux exemples, d’évaluer les facteurs qui favorisent cette émergence et de répondre en partie à la question de leur origine en nous appuyant sur des travaux relatifs aux arboviroses que nous avons menés à l’Institut Pasteur de Bangui, dans le cadre d’une collaboration entre les virologistes de cet institut et les entomologistes médicaux de l’IRD Les résultats que nous rapportons, qui n’ont jamais été publiés au préalable, révèlent l’extraordinaire diversité des virus découverts dans cette région d’Afrique centrale, et ils attirent l’attention sur le risque potentiel de leur future émergence Ils permettent d’avancer l’hypothèse que les menaces du futur pourraient résulter de virus déjà présents, notamment dans les régions tropicales, et qui, à la suite de facteurs favorables, émergeront de leur foyer naturel (exemples récents du virus West Nile et du Coronavirus responsable du SRAS). Il en résulte que l’organisation de la lutte contre les maladies virales émergentes passe par une surveillance accrue de la circulation des virus en zone tropicale, surveillance qui de nos jours est quasi inexistante. Outre la nécessité de cette surveillance internationale, appréhender les facteurs d’émergence des virus constitue un volet complémentaire de la lutte contre les épidémies de demain. Ces facteurs sont à rechercher, d’une part, dans les modifications écologiques induites par l’homme et, d’autre part, dans l’évolution des virus eux-mêmes.

8L’histoire des grandes pandémies nous enseigne que beaucoup de viroses humaines ont été à l’origine des zoonoses (maladies qui affectent les animaux), telles la variole ou la rougeole, dont les germes ont dû s’adapter à l’homme au cours d’un processus probablement long. Ce changement d’hôte a nécessité une évolution du virus, qui s’est réalisée selon des processus complexes. Une fois le franchissement de la barrière d’espèce réussi, les virus qui ont eu la possibilité de s’adapter à une transmission interhumaine efficace (respiratoire ou sexuelle) sont alors devenus une véritable menace pour l’homme. Mais la mise en place de ces cycles souvent complexes résulte également d’importantes modifications dans le comportement de l’espèce humaine. En effet, du temps où l’homme vivait en groupe de quelques dizaines d’individus, il était en contact avec des virus à transmission familiale ou chronique (herpès, Papillomavirus, rétrovirus, hépatite B) ou encore avec des virus agents de zoonoses, qu’il rencontrait notamment au cours de la chasse. Mais, à cette époque préhistorique, les épidémies ne pouvaient exister en raison des très faibles densités de population. Des changements radicaux se produisent il y a plus de 10 000 ans, avec l’avènement de la révolution agricole, qui rapproche l’homme des animaux récemment domestiqués et a pour conséquence des affections virales nouvelles, jusqu’alors inféodées aux animaux. Durant l’Antiquité, le développement des cités et des routes crée les conditions favorables à l’apparition des épidémies, désignées par le terme de « pestes ». Les transports, caravaniers d’abord, puis maritimes, permettent la diffusion des germes sur le continent eurasien et aboutissent au Moyen Âge à un équilibre, défini par l’historien Emmanuel Le Roy-Ladurie par le terme « d’unicité microbienne ». Les épidémies successives entraînent l’apparition d’un groupe d’individus devenus résistants par immunité acquise. De ce fait, les enfants nouveau-nés deviennent les cibles de ces germes qui seront alors à l’origine des maladies infectieuses de l’enfance (rougeole, variole, oreillons, rubéole). Cet équilibre sera de courte durée : l’arrivée de la Grande Peste en 1347 puis la diffusion des germes au xvie siècle dans le Nouveau Monde, où les populations indigènes sont décimées, sont la cause d’un effondrement démographique sans précédent dans l’histoire de l’espèce humaine. Dans un passé plus proche, à l’époque de la révolution industrielle, la tuberculose fait des ravages parmi les populations ouvrières regroupées dans les métropoles industrielles d’Europe du Nord. Il faut donc garder présent à l’esprit que, à tout moment, l’émergence d’agents infectieux, qu’ils soient d’origine parasitaire, bactérienne ou virale, découle des modifications apportées par l’homme à l’écosystème.

9Dans cet ouvrage, notre propos se fondera sur l’affirmation prophétique de Charles Nicolle, prestigieux pastorien, lauréat du prix Nobel de médecine, qui écrivait en 1933 : « Il y aura donc des maladies nouvelles. C’est un fait fatal. Un autre fait, aussi fatal, est que nous ne saurons jamais les dépister dès leur origine. Lorsque nous aurons notion de ces maladies, elles seront déjà toutes formées, adultes pourrait-on dire. Elles apparaîtront comme Athéna parut, sortant tout armée du cerveau de Zeus. Comment les reconnaîtrons-nous, ces maladies nouvelles, comment soupçonnerions-nous leur existence avant qu’elles n’aient revêtu leurs costumes de symptômes ? Il faut bien se résigner à l’ignorance des premiers cas évidents. Ils seront méconnus, confondus avec des maladies déjà existantes et ce n’est qu’après une longue période de tâtonnements que l’on dégagera le nouveau type pathologique du tableau des affections déjà classées. »

10L’exemple du sida illustre ces propos : cette maladie est longtemps restée ignorée dans son foyer naturel africain. Ce n’est qu’après avoir été introduits aux États-Unis et en Europe que la maladie et ses virus furent décrits. De même, les réseaux de surveillance des épidémies n’ont été en mesure de détecter le Coronavirus responsable du SRAS qu’après la diffusion de celui-ci hors de son foyer naturel. L’exemple du SRAS met en évidence le point sensible de notre système de surveillance des maladies nouvelles, système qui ne devient efficace que lorsque le germe pénètre dans les sociétés hyper-médicalisées du Nord, alors qu’il peut passer inaperçu dans son foyer initial. Visiblement, la leçon du sida est loin d’avoir été retenue : malgré les remarquables découvertes scientifiques de ces dernières années, la vulnérabilité de l’espèce humaine face aux virus, « les seuls prédateurs de l’homme », selon l’expression du prix Nobel de médecine Joshua Lederberg, demeure entière.

11Il existe d’importantes différences dans l’appréhension des maladies infectieuses entre pays de l’hémisphère nord et de l’hémisphère sud, entre pays riches et pauvres, pas seulement au niveau de la surveillance. La perception même de la maladie diffère grandement selon les lieux et constitue un critère essentiel pour comprendre la notion de maladie émergente : les mêmes maladies peuvent être perçues comme de banales infections tropicales ou comme des fièvres épidémiques à surveiller de façon draconienne. C’est pourquoi il nous est apparu nécessaire, dans le chapitre I de cet ouvrage, de mieux préciser la notion de maladie infectieuse : elle varie selon l’origine et la condition sociale des individus, et selon les structures médicales environnantes. De même, la prise en compte des progrès de la science – notamment dans le domaine des techniques de diagnostic des maladies virales – est indispensable à la compréhension de la découverte des virus nouveaux. Le chapitre II est consacré à l’analyse des facteurs actuels d’émergence des maladies virales. Les facteurs anthriques s’avèrent déterminants, mais la nature, et notamment les changements climatiques, peut contribuer au déplacement des zones d’endémicité des maladies tropicales. Dans le chapitre III sont exposés les mécanismes biologiques et moléculaires d’émergence des virus. Ce ne sont pas seulement les facteurs anthropiques qui favorisent l’émergence des virus mais également les propriétés évolutives intrinsèques de ces derniers, qui jouent un rôle déterminant dans leur adaptation à l’homme et leur diffusion. Dans ce chapitre sont présentées les études menées en République centrafricaine dans le domaine de l’arbovirologie et des zoonoses tropicales. En effet, l’évolution biologique des virus et leur diversité naturelle plaident pour un rôle déterminant des zones tropicales dans l’émergence des virus qui demain seront responsables de redoutables épidémies.

12Il est évidemment impossible de prédire quels virus seront à l’origine des grandes pandémies du futur. Toutefois, nous tenterons de déterminer au chapitre IV les conséquences de l’expansion géographique des grandes viroses (dengue, fièvre jaune, Ebola, etc.) en termes de santé publique et d’évaluer par des exemples les menaces de demain.

13Mais face à ces menaces souvent très médiatisées, les chercheurs possèdent des outils de lutte. Ils envisagent même, pour les décennies à venir, d’utiliser les virus comme des « armes thérapeutiques », ce qui pourrait ouvrir d’extraordinaires perspectives pour le traitement non seulement des maladies infectieuses, mais aussi d’autres pathologies, comme certains cancers ou maladies cardio-vasculaires.

© IRD Éditions, 2004

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