Table des matières
John M. Casselman et Erlend Moksness
PréfaceH. de Pontual, J. Panfili, P.J. Wright et al.
Chapitre I. Introduction- Quelle est l’information enregistrée par chacune des PC ?
- Quelle sont les méthodes utilisées pour révéler l’information requise ?
- Les données acquises sont-elles justes et précises ?
- Les patrons chimiques sont-ils informatifs et que reflètent-ils ?
- Comment ça marche ?
- B. Historique
- 1. Ostéichthyens
- 1.1. Scalimétrie
- 1.2. Otolithométrie
- 1.3. Squelettochronologie
- 2. Chondrichthyens
P.J. Wright, J. Panfili, B. Morales-Nin et al.
Chapitre II. Différents types de pièce calcifiée- A. Otolithes
- 1. Description et fonction
- 1.1. Description
- 1.2. Fonction
- 2. Accroissements périodiques
- 2.1. Accroissements primaires
- 2.1.1. Primordium
- 2.1.2. Premier anneau
- 2.2. Centres de croissance accessoires
- 2.3. Accroissements saisonniers et annuels
- 2.4. Structures liées à des cycles lunaires
- 2.5. Discontinuités structurales
- 2.6. Zones de croissance secondaires
- 3. Régulation du dépôt des accroissements
- 3.1. Influences exogènes sur les accroissements périodiques primaires
- 3.2. Régulation exogène de la périodicité annuelle des accroissements
- 3.3. Influences sur le taux d’accrétion
- 3.4. Régulation physiologique de la formation de l’otolithe dans le saccule
- 3.5. Régulation hormonale de la formation de l’otolithe
- B. Écailles
- 1. Description, diversité et fonction
- 2. Croissance des écailles et marques de croissance
- 3. Régulation des marques de croissance
- C. Squelette
- 1. Morphologie et organisation structurale des os
- 1.1. Constituants des tissus osseux
- 1.1.1. Cellules
- 1.1.2. Matrice organique
- 1.1.3. Matrice minérale
- 1.2. Organisation spatiale des tissus osseux
- 1.2.1. Lignes cimentantes
- 1.2.2. Vascularisation des tissus osseux
- 1.3. Signification histophysiologique des tissus osseux
- 1.3.1. Croissance osseuse
- 1.3.2. Remaniement osseux
- 2. Accroissements périodiques ou « le squelette comme une boîtenoire »
- 2.1. Marques de croissance
- 2.2. Déterminisme de la structure et de l’organisation spatiale des marques de croissance
- 2.3. Quelques exemples concrets
- 3. Régulation de la croissance appositionnelle
- 3.1. Formation des marques de croissance et saisonnalité
- 3.2. Métabolisme du calcium
- 3.3. Alimentation
- 3.4. Reproduction
- 4. Conclusion
B. Morales-Nin, J. Panfili, A.J. Geffen et al.
Chapitre III. Bases de la sclérochronologie- A. Estimation de l’âge
- 1. Critères de choix des pièces calcifiées
- 2. Sélection des marques de croissance
- 3. Processus d’estimation de l’âge
- 3.1. Estimation de l’âge individuel
- 3.2. Définition des groupes et des classes d’âge
- B. Événements marquants de l’histoire individuelle
- 1. Âge de la maturité sexuelle
- 2. Durée de vie (longévité)
- 3. Métamorphose et colonisation
- 4. Migration
- C. Influence de la forme et de la structure des pièces calcifiées sur l’interprétation des marques de croissance
P.J. Wright, J. Panfili, A. Folkvord et al.
Chapitre IV. Méthodes de validation et de vérification- A. Validation directe
- 1. Marquage
- 1.1. Marquage des poissons
- 1.2. Marquages des pièces calcifiées
- 1.2.1. Marqueurs fluorescents
- 1.2.1.1. Injection
- 1.2.1.2. Balnéation
- 1.2.1.3. Incorporation dans la nourriture
- 1.2.1.4. Marqueurs fluorescents
- 1.2.2. Marques induites par la température sur les otolithes
- 1.2.3. Marques induites par un cycle lumineux sur les otolithes
- 1.2.4. Marquage chimique des otolithes (85Sr, Sr et lanthanides)
- 2. Élevage et aquaculture
- 3. Traitement des données
- B. Validation semi-directe
- 1. Données qualitatives et/ou quantitatives ?
- 1.1. Données qualitatives
- 1.2. Données quantitatives
- 1.3. Exemples d’études de validation semi-directe
- 2. Problèmes d’interprétation du bord des otolithes
- C. Validation indirecte
- 1. Comparaison avec les distributions de tailles
- 2. Méthodes utilisant d’autres informations sur l’âge
- D. Vérification
- 1. Différentes lectures réalisées par un ou plusieurs lecteurs : biais d’uniformité
- 2. Différentes lectures réalisées à partir de plusieurs pièces calcifiées
- 3. Tendance dans les patrons de croissance
- 4. Exactitude et précision
A. Folkvord, H. Mosegaard, P.J. Wright et al.
Chapitre V. Quelques exemples d’utilisation des données d’âge individuel- A. Croissance et analyse de la croissance
- 1. Modèles de croissance
- 1.1. Mesures de la croissance
- 1.2. Allométrie et modèles de croissance indépendants de l’âge
- 1.3. Modèles de croissance basés sur l’âge
- 2. Rétrocalcul
- 2.1. Éléments de base et hypothèses
- 2.2. Méthodes par régression versus méthodes proportionnelles
- 2.3. Points de départ des méthodes proportionnelles : détermination statistique versus points de référence biologique
- 2.4. Méthodes proportionnelles : HTEP versus HTCP
- 2.5. Formules de rétrocalcul (FRC) non linéaires
- 2.6. Problèmes relatifs au rétrocalcul
- 3. Recommandations
- B. Applications écologiques
- 1. Études du recrutement
- 1.1. Information sur la mortalité sélective
- 1.2. Mieux vaut être plus grand
- 1.2.1. Corrélations entre les tailles à différents âges et hiérarchies
- 2. Chronologie de l’histoire de la vie
- 2.1. Distribution des dates de naissance
- 2.1.1. Différentes approches pour tester l’hypothèse d’une mortalité dépendante de la taille et pour l’étude des dates d’éclosion
- 2.2. Transitions ontogéniques
- 2.3. Changement d’environnement
- 2.4. Reproduction
- 3. Sélectivité de l’échantillonnage
- C. Structures démographiques dans les modèles d’évaluation de stocks
- 1. Modèles structurés en âge pour les évaluations de stocks et les avis sur la gestion des pêches
- 1.1. Espèce unique, pêcherie homogène
- 1.2. Espèce unique, flottilles multiples
- 1.3. Plusieurs espèces, interactions techniques
- 1.4. Plusieurs espèces, interactions biologiques
- 1.5. Modèles spatiaux
- 2. De l’estimation des âges à l’application des modèles
- 2.1. Estimation de la composition en âge des captures
- 2.2. Étude de cas : la clé taille-âge en pratique
- 3. Résumé et critique
H.Troadec et A. Benzinou
Chapitre VI. Estimation de l’âge assistée par ordinateur- A. Qu’est-ce qu’un système d’estimation de l’âge et de la croissance assistée par ordinateur (EACAO) ?
- 1. Traitement de l’information visuelle
- 1.1. Unité d’acquisition
- 1.1.1. Formation de l’image numérique : échantillonnage 2D
- 1.1.2. Acquisition d’images de PC
- 1.1.2.1. Microscopie en polarisation
- 1.1.2.2. Moyennage d’images
- 1.1.2.3. Mosaïque d’images
- 1.2. Traitement d’images numériques
- 1.2.1. Rehaussement du contraste avec des opérations point à point
- 1.2.2. Réduction du bruit avec des opérations de voisinage
- 1.2.2.1. Profil d’image de PC : un signal multi-composante
- 1.2.2.2. Convolution spatiale : de la moyenne mobile au filtrage gaussien
- 1.2.2.3. Filtrage spectral : la transformée de Fourier
- 1.2.2.4. Filtrage linéaire des images de PC
- 1.2.3. Détection de contours par opérations dérivatives
- 1.2.4. Détection d’information structurelle par opérations morphologiques
- 1.2.5. Patron de croissance : la limite des filtres classiques
- 1.3. Analyse quantitative des PC : du 1D au 3D
- 1.3.1. Dénombrement de structures : du profil d’image 1D au profil synthétique (1,5D)
- 1.3.2. Formes 2D et 3D des PC
- 2. Traitement de l’information cognitive : vous lisez ou vous interprétez ?
- 3. Un peu de théorie : perception visuelle et estimation d’âge
- Différentes théories...
- L’appoint des neurosciences...
- Et les pièces calcifiées...
- B. En quoi et comment l’ordinateur peut-il aider à l’analyse d’une pièce calcifiée ?
- 1. Que peut-on attendre d’un système d’EACAO ?
- 1.1. Aide à la quantification
- 1.2. Objectivité ou standardisation ?
- 1.3. Justesse et précision
- 1.4. Productivité
- 1.5. Mémorisation
- 2. Pour quel type d’étude ?
- 2.1. Études « ponctuelles »
- 2.2. Analyses en routine
H. de Pontual et A.J. Geffen
Chapitre VII. Microchimie de l’otolithe- A. Introduction
- B. Quelques définitions et principes chimiques de base
- 1. Fractionnement de masse des isotopes stables
- 2. Désintégration radioactive
- C. De quoi les otolithes sont-ils composés ?
- D. Incorporation des éléments dans l’otolithe : comment et où ?
- 1. Du milieu extérieur (eau et nourriture) au plasma sanguin
- 2. Du plasma sanguin à l’endolymphe
- 3. De l’endolymphe à l’otolithe
- 4. Éléments susceptibles de varier en fonction de leur disponibilité dans l’environnement
- E. Applications de la microchimie de l’otolithe
- 1. Schémas migratoires et histoire environnementale
- 1.1. Salinité
- 1.1.1. Comportement migratoire révélé par le rapport Sr/Ca
- 1.1.2. Composition isotopique du Sr
- 1.1.3. Isotopes stables
- 1.2. Température
- 1.2.1. Les rapports Sr/Ca peuvent-ils servir d’indicateurs de l’histoire thermique individuelle ?
- 1.2.2. Isotopes stables
- 2. Métabolisme et événements ontogéniques
- 2.1. Métamorphose
- 2.2. Reproduction
- 3. Estimation de l’âge
- 3.1. Utilisation des rapports 210Pb/226Ra et 228Th/228Ra
- 3.2. Utilisation du radiocarbone de la bombe atomique comme chronomètre
- 3.3. Autres chronomètres potentiels
- 4. Discrimination de stocks et populations
- 5. Autres applications
- 5.1. Caractérisation de l’habitat par les empreintes élémentaires
- 5.2. Marquage en masse
- 5.3. Analyse de carbonates biogéniques fossiles en paléoclimatologie et paléoécologie
- 5.4. Historique de la pollution et influences anthropogéniques
- F. À propos des autres pièces calcifiées
- G. Microchimie : exigences méthodologiques et problèmes rencontrés
- 1. Techniques analytiques
- 1.1. Composition élémentaire
- 1.1.1. Analyses de surface
- 1.1.2. Analyses globales
- 1.2. Mesure des isotopes stables
- 1.3. Radionucléides
- 2. Qualité des données
- 2.1. Sources potentielles d’incertitude
- 2.1.1. Échantillonnage
- 2.1.2. Conservation des poissons
- 2.1.3. Extraction de l’otolithe
- 2.1.4. Préparation de l’otolithe
- 2.1.5. Analyse de la composition
- 2.1.6. Analyse des données
- 2.2. Justesse et précision des outils analytiques
H.Troadec, H. de Pontual, J. Panfili et al.
Chapitre VIII. Techniques de préparation et d’observation- A. Arbres d’aide à la décision
- B. Extraction et conservation des pièces calcifiées
- 1. Conservation et préservation des poissons entiers
- 2. Écailles
- 3. Otolithes
- 3.1. Extraction chez les poissons de grande taille
- 3.1.1. Section frontale de la tête (fig. VIII.B.2)
- 3.1.2. Section transversale de la tête (fig. VIII.B.3)
- 3.1.3. Section sagittale de la tête (fig. VIII.B.4)
- 3.1.4. Section ventrale de la tête à travers les branchies (fig. VIII.B.5)
- 3.2. Extraction chez les poissons de petite taille (fig. VIII.B.6)
- 3.3. Nettoyage et conservation des otolithes
- 3.3.1. Nettoyage et manipulation
- 3.3.2. Stockage et conservation
- 4. Pièces du squelette
- 4.1. Extraction
- 4.2. Nettoyage et conservation
- C. Préparation des pièces calcifiées
- 1. Écailles
- 1.1. Observation directe
- 1.2. Montage sur lame
- 1.3. Impression sur acétate de cellulose
- 2. Autres pièces
- 2.1. Préparations simples
- 2.1.1. Pièce calcifiée entière
- 2.1.2. Cassure des otolithes
- 2.1.3. Préparations simples pour les autres pièces
- 2.2. Enrobage et imprégnation
- 2.2.1. Produits d’enrobage
- 2.2.2. Enrobage individuel de pièces pour section ultérieure
- 2.2.3. Enrobage pour observation avec une lumière incidente
- 2.2.4. Enrobage multiple d’otolithes pour section ultérieure
- 2.2.5. Imprégnation des tissus osseux
- 2.3. Section
- 2.3.1. Section de pièces individuelles (fig. VIII.C.7)
- 2.3.2. Section multiple (fig. VIII.C.8)
- 2.3.3. Section au cryotome (Fig. VIII.C.9)
- 2.4. Montage
- 2.4.1. Montage des sections préalable aux étapes suivantes des préparations (fig. VIII.C.10)
- 2.4.2. Montage des otolithes de petits poissons (fig. VIII.C.11a)
- 2.4.3. Montage sur lame de plusieurs coupes d’otolithes
- 2.5. Ponçage progressif et polissage (fig. VIII.C.12)
- 2.6. Attaque acide, décalcification
- 2.6.1. Attaque acide de l’otolithe
- 2.6.2. Décalcification des tissus osseux
- 2.7. Chauffage et brûlage (fig. VIII.C.13)
- 2.8. Coloration (fig. VIII.C.14)
- 2.8.1. Coloration des otolithes (fig. VIII.C. 14a-b)
- 2.8.2. Coloration des tissus osseux (fig. VIII.C.14c)
- 2.9. Quelques considérations particulières pour les études de microchimie
- D. Observation
- 1. Microscopie photonique
- 1.1. Faible grossissement (loupe binoculaire)
- 1.1.1. Pièce entière
- 1.1.2. Milieu éclaircissant
- 1.1.3. Produits de montage
- 1.1.4. Éclairage
- 1.1.4.1. Lumière transmise (fig. VIII.D.1a, b)
- 1.1.4.2. Lumière réfléchie (fig. VIII.D.1c)
- 1.1.4.3. Projecteur de profil
- 1.2. Fort grossissement (microscope photonique)
- 1.2.1. Résolution
- 1.2.2. Objectifs à immersion vs objectifs à sec
- 1.2.3. Éclairage
- 1.2.3.1. Filtres
- 1.2.3.2. Microscopie confocale
- 1.2.3.3. Lumière transmise vs lumière réfléchie
- 1.3. Lumière polarisée
- 1.4. Lumière ultraviolette
- 2. Microscopie électronique
- 2.1. MEB
- 2.1.1. Caractéristiques du MEB
- 2.1.2. Préparation des échantillons
- 3. Microradiographie (F.J. Meunier)
- E. Conservation des préparations
- 1. Conservation des préparations de pièces calcifiées
- 2. Écailles
- 2.1. Écailles non montées
- 2.2. Écailles montées et impressions d’écailles
- 3. Otolithes
- 3.1. Collections d’otolithes
- 3.2. Otolithes entiers et cassés
- 3.3. Otolithes enrobés et en lames minces
- 4. Autres éléments du squelette
J. Panfili, F.J. Meunier, H. Mosegaard et al.
Glossaire