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    Detailed outline Full text I. Étudier l’évolution du patrimoine génétique des populations II. Étudier la diffusion d’une maladie génétique Footnotes

    La mucoviscidose en héritage

    This book is reviewed by

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    Table of contents

    Chapitre 1

    Génétique et généalogie, un air de famille

    p. 23-46

    Full text I. Étudier l’évolution du patrimoine génétique des populations 1. La génétique des populations 2. La dynamique de l’évolution des populations a. Les éléments de changement b. Les facteurs d’homogénéisation c. Les conséquences génétiques II. Étudier la diffusion d’une maladie génétique 1. Sciences humaines et génétique a. Les débuts de la démo-génétique b. L’étude de la maladie de Rendu-Osler c. Les liens entre géographie et mutations génétiques 2. Des bassins génétiques 3. L’apport de la généalogie dans l’étude des maladies a. Généalogie et reconstitution familiale b. Un intérêt récent et utile 4. Les difficultés liées à la recherche génétique et généalogique a. Les sources de base b. Quelle méthode adopter ? c. Les écueils Footnotes

    Full text

    1Le patrimoine génétique d’une population est la somme des caractéristiques génétiques individuelles de chacun de ses membres. Si la formule ne fait aucun doute, la définition du patrimoine génétique est bien plus problématique. À l’échelle individuelle il s’agit bien de l’ensemble du génome d’un organisme mais au niveau d’une population, on prend en compte la totalité des gènes présents sur l’ensemble des chromosomes de la dite population.

    2Génétique et généalogie sont deux termes qui se rapportent à l’hérédité d’un individu. Cette hérédité pose question. Comment le patrimoine génétique des populations évolue-t-il ? Quel peut être l’apport des généalogies à la compréhension des processus de diffusion des maladies génétiques ? Ce premier chapitre traitera de ces questions.

    I. Étudier l’évolution du patrimoine génétique des populations

    3Depuis longtemps, nous savons que le monde vivant présente une grande variabilité et que les caractères des parents peuvent être transmis à leurs descendants. Mais le support de cette hérédité a mis beaucoup de temps à être étudié puis établi.

    1. La génétique des populations

    4Le terme « génétique » vient du grec genno (γεννω′), qui signifie « donner naissance ». Discipline issue de la biologie, la génétique étudie les gènes et notamment la transmission des caractères héréditaires entre des géniteurs et leur descendance (l’encadré 1 présente quelques définitions de base utilisées en génétique).

    5Gregor Mendel est considéré comme étant le père de la génétique moderne. Ce moine et botaniste tchèque avait, dès 1865, proposé une explication nouvelle de la transmission des caractères. Fondant ses expériences sur l’étude des petits pois, il parvient à mettre en évidence la transmission « d’éléments hérités » de chaque parent. Il découvre que c’est la combinaison de ces éléments qui détermine l’aspect de la plante.

    6Une application des principes fondamentaux de la génétique mendélienne à l’échelle des populations a été initiée à partir des années 1920 à 1940. Ainsi, plus spécifiquement, la génétique des populations est l’étude de la distribution et des changements de la fréquence des allèles dans les populations d’êtres vivants. Les changements de fréquence des allèles sont un aspect majeur de l’évolution par la fixation de certains allèles et leurs augmentations, qui conduisent à une modification du profil génétique de la population.

    7Dans le domaine des sciences humaines, la diversité génétique est décrite à l’aide de données et d’outils de la démographie historique, notamment, les généalogies. Ainsi, la démographie génétique permet d’établir le rôle de l’histoire démographique d’une population sur l’évolution du bassin génétique au fil des générations.

    Encadré 1. Quelques notions de base en génétique
    ADN
    L’ADN, ou acide désoxyribonucléique, constitue la molécule support de l’information génétique héréditaire.
    Chromosome
    Le chromosome est le support de l’information génétique. Le corps humain est constitué de 23 paires de chromosomes, 22 autosomes et une paire formée des chromosomes sexuels X et Y.
    Gène
    Un gène est une partie d’un chromosome formant une unité d’information génétique. Un gène détermine la mise en place et la transmission d’un caractère. L’ensemble des gènes portés par un individu, ou par une population, constitue son patrimoine génétique.
    Allèle
    On appelle allèles les différentes versions d’une séquence d’ADN située à un endroit donné du génome appelé locus. La modification de séquence peut s’étendre à tout un gène ou à seulement une partie d’un gène voire à seulement une base de l’ADN. À chaque locus, un individu a deux allèles, l’un reçu de la mère et l’autre reçu du père. Si les deux allèles sont identiques, l’individu est homozygote. S’ils sont différents, l’individu est hétérozygote. Différents cas sont possibles pour les hétérozygotes : les deux allèles sont exprimés et on parle alors de co-dominance ou seulement l’un des deux allèles est exprimé : cet allèle est alors dominant sur l’autre allèle qui est dit récessif. Un allèle récessif ne s’exprimera que chez les homozygotes.
    Mutation
    Une mutation est une anomalie de la structure d’un gène. Elle peut entraîner une modification durable de certains caractères du fait de la transmission héréditaire de ce matériel génétique de génération en génération. Les causes des mutations génétiques sont généralement mal connues. Elles peuvent être le fait de facteurs environnementaux, comme la pollution atmosphérique ou les radiations, mais elles peuvent également survenir spontanément d’une génération à l’autre sans cause apparente. Selon la partie du génome touchée, les conséquences d’une mutation sont variables. C’est l’une des raisons principales de l’évolution des espèces.
    Microsatellite
    C’est un type de marqueur particulier sur le génome. Il s’agit d’une séquence d’ADN particulière qui se caractérise par la répétition d’un motif de quelques bases.

    8Dans un article intitulé Population et génétique : une nouvelle frontière pour les sciences sociales, Gérard Bouchard cherche à définir la frontière entre population et génétique (Bouchard, 1993) : « Alors que la génétique moléculaire et la biochimie étudient l’emplacement des gènes sur les chromosomes, leur structure, leurs variations (mutations) et leur fonction dans le métabolisme, la démographie génétique (ou la génétique des populations) étudie les modalités de leur diffusion parmi les individus et les descendances qui composent une population. » (op. cit., p. 398). Ainsi, l’enquête démographique traite de certains comportements individuels et collectifs dans le sens où ils influencent la reproduction et la diffusion des gènes, d’où résulte, en définitive, la structure d’un bassin génétique. Cette structure, du fait de son histoire démographique, présentera des expressions pathologiques ou épidémiologiques.

    9Les mutations peuvent servir de repère, de marqueurs biologiques pour les études en sciences humaines. Cependant, au-delà du marqueur, l’intérêt réside dans la diffusion de ces mutations dans la population. En ce sens, les événements démographiques (naissance, mort, migration, etc.) sont des facteurs de transmission génétique. En effet, ils ont la faculté de concerner au plus près l’individu et d’avoir une importance et des conséquences essentielles pour la collectivité d’un point de vue génétique. En effet, en analysant les aspects démographiques d’un ensemble d’individus et les ressorts de sa dynamique, la démographie met en évidence des comportements, des évolutions et des disparités intrinsèques au groupe étudié (Rollet, 2005).

    10Or, au niveau de la population, divers phénomènes pourraient expliquer la forte présence d’une maladie génétique, sous l’influence de « forces évolutives ».

    2. La dynamique de l’évolution des populations

    a. Les éléments de changement

    11L’évolution des patrimoines génétiques est due à des forces évolutives qui sont associées à la dynamique différentielle des allèles. La variabilité génétique est fixée par les facteurs de l’évolution : mutation, sélection naturelle, migration et dérive génétique.

    12À l’origine, ce sont les mutations génétiques qui font que les individus d’une population diffèrent les uns des autres. Ces singularités les rendent plus ou moins bien « adaptés » aux conditions de vie.

    13Un mécanisme de sélection naturelle trie alors les personnes les plus aptes à survivre ou à se reproduire en fonction de leurs mutations. La sélection individuelle se concrétise par les porteurs des mutations les plus viables qui peuvent les transmettre, par le biais de la reproduction, au fil des générations. Si l’environnement favorise la survie et la reproduction d’un individu porteur d’une mutation rare, cet individu engendrera une descendance plus importante dans la génération suivante. Avec le temps, la fréquence de cet allèle particulier augmentera dans la population.

    14Lorsque Charles Darwin publie, en 1859, L’Origine des espèces au moyen de la sélection naturelle, il affirme, pour la première fois, que le processus évolutif n’est pas individuel. En effet, c’est la somme des constitutions génétiques individuelles qui constitue un phénomène de masse à l’échelle d’une population. L’évolution des espèces se présente alors comme un processus de tri que Darwin appelle « la sélection naturelle ». Par cette sélection, les organismes les mieux adaptés, parce qu’ils sont plus résistants ou plus fertiles et donc plus féconds, laissent une descendance plus nombreuse, tout en transmettant leur potentiel. En termes d’évolution, ce mécanisme est important du fait qu’il explique l’adaptation des espèces à leur environnement, au fil des générations.

    15Les migrations sont aussi une force de l’évolution car elles sont l’occasion de transmission d’allèles d’une population à l’autre. En effet, de nouveaux arrivants en provenance d’une population éloignée amènent des allèles nouveaux, augmentant la variabilité génétique de la population d’accueil.

    16Dans une population à faible effectif, on assiste à une fluctuation aléatoire de la fréquence des gènes d’une génération à l’autre, c’est ce que l’on appelle la dérive génétique. Du point de vue génétique, c’est la modification de la fréquence d’un allèle, ou d’un génotype, au sein d’une population, indépendamment des mutations, de la sélection naturelle et des migrations. Par définition, elle réduit la diversité génétique d’une population.

    17Dans de petites populations, le hasard peut modifier significativement les fréquences alléliques. En effet, les conséquences de la dérive génétique sont d’autant plus importantes que la population est petite, car, proportionnellement, les écarts observés par rapport aux fréquences alléliques sont plus perceptibles.

    18Les deux causes importantes de la dérive génique sont les goulets d’étranglement et les effets fondateurs.

    19Même les êtres humains constituant normalement de vastes populations sont susceptibles de traverser, occasionnellement, des périodes durant lesquelles seul un petit nombre d’individus survivent (épidémies, guerres, etc.). Lors de ces goulets d’étranglement, la variation génétique peut être perdue par l’effet du hasard.

    20Lorsqu’une espèce se répand sur de nouveaux territoires, des populations peuvent être fondées par un petit nombre d’individus pionniers. Ces pionniers ont peu de chance d’avoir la totalité des allèles présents dans leur population d’origine. Même s’ils les ont, leurs fréquences alléliques sont vraisemblablement différentes de celles de la population d’origine.

    21Ainsi, l’effet fondateur se produit lorsqu’un groupe restreint d’individus d’une population déjà existante migre pour former une nouvelle population (figure 1). En général, le groupe restreint ne « transporte » qu’une partie de la variété génétique de la population d’origine.

    Figure 1. L’effet fondateur

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    22La nouvelle population ainsi formée est alors moins diversifiée génétiquement que la population dont elle est issue.

    23Les conséquences de cette dérive génétique aléatoire sont :

    • des différences sensibles entre les populations de même origine, mais séparées : différences portant sur un grand nombre de loci et ne s’effectuant pas nécessairement dans le même sens pour chacun d’entre eux ;

    • la grande diffusion, au hasard, de certains gènes pourtant délétères, dans des populations particulières. Cette diffusion, si la mutation n’est pas apparue de novo, résulte de l’effet fondateur.

    b. Les facteurs d’homogénéisation

    24Par la suite, un processus d’homogénéisation peut se produire au sein des populations en fonction de phénomènes liés à la reproduction comme l’endogamie, l’homogamie, l’apparentement ou encore la consanguinité.

    25L’endogamie se définit comme la préférence accordée, lors du choix matrimonial, aux individus appartenant à la même communauté, ethnique, linguistique, culturelle, nationale, régionale ou villageoise. Elle est généralement issue de l’immobilisme géographique ou social des populations réduisant ainsi leur diversité génétique. À son stade le plus poussé, l’endogamie de territoire peut s’apparenter à des isolats. Il s’agit de groupes humains de faible effectif ayant vécu durant une longue période dans une situation d’isolement génétique presque parfait, pour des motifs plus souvent liés à la culture qu’à la géographie.

    26L’homogamie est le fait de se marier avec un conjoint qui nous ressemble socialement. Concrètement, on se rend bien compte que sur le marché matrimonial, les choix sont restreints. Ils dépendent du lieu de résidence, du nombre de célibataires auquel on retire les proches apparentés, de l’âge des proposants, de leur religion, de leur statut économique, professionnel… ; dans de telles conditions, le choix du conjoint reste limité. Mais ses conséquences sont invariables : les mariages homogames maintiennent la structure sociale existante et, en corollaire, par la reproduction, sa structure génétique.

    27L’apparentement (kinship) entre deux individus est le fait de partager un ancêtre commun. La reconstitution et l’étude des généalogies permettent de mesurer, entre autre, l’intensité de l’apparentement qui unit deux ou plusieurs personnes. D’une manière générale, plus la profondeur généalogique est importante, plus on est susceptible d’identifier des ancêtres communs et donc des liens d’apparentement entre des époux. Mais ces liens, puisque lointains, diminuent la probabilité de partager des gènes identiques.

    28La consanguinité (inbreeding) est une forme particulière de l’apparentement qui existe dans une population puisqu’elle représente l’apparentement des conjoints. C’est le fait pour un individu d’avoir des parents qui partagent un ancêtre commun. Autrement dit, une personne est dite consanguine lorsque ses parents sont apparentés. Mais les apparentements peuvent être plus ou moins lointains. Cet éloignement est calculé en termes de degrés de parenté. Il y a deux manières de déterminer ces degrés, celle du droit civil et celle du droit canon ou de l’Église. C’est cette dernière qui prévaut parmi les généalogistes et les généticiens. Concrètement il s’agit de remonter chacune des deux branches par génération jusqu’à l’ancêtre commun.

    29Dans l’exemple de la figure 2, Jean Morgant est l’ancêtre commun de deux prétendants au mariage. Il s’agit de Jean Morgant, fils de Jean et d’Anne Corre et d’Anne Le Maistr, fille de Claude et d’Anne Roignant. Ils sont donc parents aux troisième et quatrième degrés.

    Figure 2. Degrés de consanguinité selon le droit canon

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    30La consanguinité est une cause d’empêchement au mariage, tout comme l’affinité. Dans la religion catholique, les dispenses de consanguinité résident en un accord donné par un évêque ou par le pape pour un mariage entre apparentés. La dispense d’affinité est un accord donné pour un mariage entre deux individus ayant une parenté par alliance. Mais les limites de l’interdit de l’union entre individus ayant un parent commun ont varié dans le temps.

    31À partir du viiie siècle, l’empêchement au mariage fondé sur la parenté ne cessa qu’après le septième degré. C’est seulement au concile de Latran IV (1215) qu’eu égard aux immenses difficultés à appliquer le système, notamment dans les petites communautés rurales, l’Église revint du septième au quatrième degré (Héritier, 1981). La dispense au quatrième degré doit être demandée à l’évêque. Elle signifie que les époux ont des arrière-arrière-grands-parents communs, quatre générations les séparent de ceux-ci. Au deuxième degré, seul le pape peut l’accorder. Lorsque la parenté est trop proche, le mariage devient incestueux. C’est le cas de la parenté du premier degré (entre frères et sœurs) interdite par l’Église. En 1917, l’interdiction a été ramenée aux unions du troisième degré (mariage entre petits-cousins, trois générations séparent les époux de leurs ancêtres communs) et, depuis 1983, elle est limitée au deuxième degré. Ainsi, les cas de consanguinité les plus proches rencontrés sont 2-2 : des cousins issus de germains.

    32Les motifs de ces empêchements sont très anciens. Georges Duby avance néanmoins que ce fut pour l’Église un moyen (parmi d’autres) de contrôler les unions des princes et des seigneurs qui choisissaient des conjoints pour renforcer la puissance des lignages, lesquels pouvaient s’opposer au pouvoir de l’Église (Duby, 1981). En tout cas, il est certain que le risque de maladies génétiques n’y est pour rien puisque celles-ci ne sont connues que depuis le xixe siècle. En outre, moyennant paiement, l’Église a toujours accordé des dispenses, sauf, comme on l’a vu, pour la consanguinité du premier degré. Autant que l’on sache, l’idée d’une relation entre maladie génétique et consanguinité est assez récente et elle n’est pas d’origine ecclésiastique (Bouchard et de Braekeleer, 1992).

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    Demande de dispense de consanguinité auprès de l’évêque de Léon.

    Source : archives départementales de Quimper, série 7 G liasse 23, photographie © Éric Ménez.

    c. Les conséquences génétiques

    33L’apparentement peut se calculer de deux façons : par la consanguinité et par la parenté. Deux personnes ayant un ancêtre commun ont un lien de parenté et les enfants nés de leur union sont dits consanguins. Les époux apparentés peuvent partager des gènes identiques.

    34Pour mesurer la consanguinité, concrètement, il faut tracer l’arbre généalogique ascendant des deux géniteurs jusqu’à l’ancêtre qui leur est commun (figure 3).

    Figure 3. Généalogie représentant deux sujets apparentés (P et M) et un individu dit consanguin (I)

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    35Sur les généalogies schématisées, les femmes sont représentées par un cercle, les hommes par un carré ou un triangle. Une ligne horizontale relit les couples mariés mais aussi les frères et sœurs. Les lignes verticales vers le bas conduisent aux enfants du couple. En génétique, les symboles blancs désignent les gens non porteurs et les noirs les individus malades. Les formes à moitié colorées désignent les transmetteurs sains. Les générations sont indiquées en chiffres romains.

    36Un individu consanguin (I) peut recevoir à un locus le même allèle en double exemplaire provenant d’un ancêtre (A) commun à ses parents (P, M). C’est ce que l’on appelle l’identité par descendance (identity by descent, IBD).

    37La mesure de l’apparentement se réalise par le coefficient de parenté entre individus (ϕP, M). Il s’agit de la probabilité pour qu’un allèle pris au hasard en un locus chez P soit identique par descendance à un allèle pris au hasard en ce même locus chez M.

    38On peut définir le coefficient de consanguinité F, comme étant la probabilité qu’un individu (I) ait hérité de deux allèles identiques au même locus, l’un venant de son père (P) et l’autre de sa mère (M).

    39De fait, la valeur du coefficient de consanguinité d’un individu I est égale au coefficient de parenté (ϕ) de ses parents P et M. Pour mesurer la consanguinité, on utilise la méthode élaborée par Sewall Wright de path counting. Il s’agit d’énumérer toutes les boucles (path PA) entre I et l’ancêtre commun (A) de ses parents (Wright, 1922).

    40En pratique, il faut d’abord identifier les ancêtres communs. Puis, pour chaque ancêtre commun A, il s’agit de repérer toutes les boucles reliant les parents de I passant par l’ancêtre A. Ensuite, pour chaque boucle de A, la probabilité pour que le même allèle de A soit transmis à ses enfants est de 1/2, ou bien A transmet deux allèles différents à ses enfants (probabilité 1/2) mais avec une probabilité F(A), ces allèles sont IBD. À cela on ajoute n méioses du côté paternel : (1/2)n et m méioses du côté maternel : (1/2)m (figure 4). La contribution de A est alors la somme sur toutes les boucles.

    Figure 4. Proportion des gènes transmis à chaque génération par l’ancêtre A

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    41Enfin, le coefficient de consanguinité de l’individu I c’est la somme des contributions de chaque ancêtre commun.

    42La formule se résume ainsi :

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    43Où :

    A = ancêtre commun à P et M

    PA = chemin généalogique reliant P à M en passant par un ancêtre commun

    A n (PA) = nombre de générations entre le père P et un ancêtre commun A en passant par le chemin généalogique PA

    m (PA) = nombre de générations entre la mère M et le même ancêtre commun A en passant par le chemin généalogique PA

    ΣA = somme sur tous les ancêtres communs

    ΣPA = somme sur tous les chemins généalogiques possibles entre le père P et la mère M qui passent par l’ancêtre commun A.

    44Attention, parenté n’est pas synonyme de consanguinité (tableau 1). La parenté est associée au nombre de gènes en commun (identiques par filiation) alors que la consanguinité est associée à la proportion de gènes homozygotes par filiation. Deux frères ont la moitié de leurs gènes en commun alors qu’un enfant issu d’une union entre cousins germains a 1/16 de gènes à l’état homozygote (coefficient de consanguinité de 1/16 soit F = 0,0625).

    45Le coefficient moyen de parenté de N individus est égal à la somme des coefficients de parenté entre chacune des paires d’individus divisée par le nombre total de paires d’individus (soit N × (N-1)/2).

    Tableau 1. Quelques coefficients selon la relation de parenté

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    46La consanguinité est tout de suite évoquée quand on étudie les causes possibles de la diffusion d’un gène délétère.

    47En effet, sur le plan génétique, deux individus apparentés peuvent être porteurs d’allèles homologues ; plus leur degré de parenté est proche, plus la probabilité de transmettre deux allèles identiques provenant d’ancêtres communs augmente. Ainsi, la consanguinité a pour conséquence d’augmenter la fréquence des malades si le ou les ancêtres communs étaient porteurs d’une mutation délétère récessive. Les coefficients les plus utilisés sont ceux des enfants d’une union oncle-nièce (1/8), de cousins germains (1/16) et d’enfants de cousins issus de germains (1/64). Ainsi, la consanguinité accentue l’expression de certains traits génétiques. Mais ces traits peuvent être positifs aussi bien que négatifs. Et il est important de garder en mémoire que le coefficient de consanguinité est une mesure, une probabilité qui caractérise l’information généalogique et non l’individu lui-même.

    48Il y a trois cas où les mariages consanguins n’exercent que très peu, ou pas d’effet, sur le risque de maladies génétiques (Bouchard et de Braekeleer, 1992) :

    • lorsqu’il s’agit de maladies dominantes : il suffit alors que l’un des conjoints soit porteur pour que la maladie se transmette ; le fait que les deux conjoints soient parents ou non ne change rien au risque ;

    • lorsque la parenté est trop éloignée : si l’ancêtre commun se situe à la 7e ou 8e génération ou au-delà, la consanguinité est très peu significative, car la probabilité que les deux conjoints aient reçu un même gène de cet ancêtre est trop faible ;

    • lorsqu’un gène défectueux est très fréquent dans une population : la probabilité est alors très forte que, par le seul fait du hasard, deux conjoints non apparentés soient porteurs du gène et, dans ce cas, la parenté n’augmente pas beaucoup cette probabilité « moyenne ».

    49De ce fait, la consanguinité n’est significative que par rapport aux maladies récessives, où l’enfant malade a reçu de chacun de ses parents l’allèle muté.

    50Par ailleurs, comme le fait remarquer Alan H. Bittles, il est important de noter aussi que la consanguinité présente des avantages sociaux, elle peut permettre d’entretenir les liens familiaux, de conserver les biens matériels ou fonciers dans la famille. De même, les relations avec la belle-famille, notamment pour l’épouse, peuvent s’en trouver facilitées. Dans les régions où se pratique la dot, les négociations lors des arrangements pré-maritaux sont souvent facilitées (Bittles, 2012, p. 65).

    51D’une manière générale, l’environnement culturel et économique incite à l’endogamie, notamment pour le contrôle des biens matériels. Dès lors, on peut avancer que les caractères génétiques sont liés aux comportements sociaux et la difficulté consiste, bien entendu, à déterminer la part de la contribution génétique dans la variabilité totale du caractère et à faire la part des comportements sociaux (milieu social, pratiques culturelles, alimentation, religion…) et du contexte historique (existence d’une crise économique, d’une guerre…). On retrouve ici l’opposition bien connue entre « biologie » et « culture ».

    II. Étudier la diffusion d’une maladie génétique

    52Les progrès en matière de connaissance génétique ont été fulgurants depuis plus d’un siècle. Ils ont permis de mieux appréhender l’étiologie des maladies. Les sciences humaines ont alors pu prendre appui sur ces résultats pour étudier notamment les processus de diffusions des maladies.

    1. Sciences humaines et génétique

    53Au fur et à mesure des progrès réalisés dans la recherche génétique et biomoléculaire, les interactions entre les sciences humaines et la génétique se développent.

    54Ainsi, dès le début du xxe siècle, plusieurs études s’appuient à la fois sur des observations de concentrations locales d’affections héréditaires rares et sur la description de quelques phénomènes démographiques et sociaux (migrations, échanges matrimoniaux, enracinement local, reproduction familiale…) qui influent sur la fréquence de certains gènes dans la population étudiée. Mais, d’un autre côté, des données génétiques ont aussi pu mettre en exergue certaines évolutions démographiques et sociales.

    a. Les débuts de la démo-génétique

    55Ainsi, le démographe Jean Sutter, dans une étude liant généalogie et médecine, a mis en évidence, dans le Finistère, un gradient très net dans la répartition de la luxation congénitale de la hanche (Sutter, 1972). L’épicentre de ce gradient étant constitué par un groupe d’origine celte très caractéristique, appelé les Bigoudens. Cette étude fut une des premières du genre à lier fréquence et distribution géographique d’une maladie.

    56Avant de travailler sur la mucoviscidose, le professeur Chaventré a réalisé au Mali une étude anthropobiologique d’une population touarègue : les Kel Kummer. Il a commencé ce travail de terrain dans les années 1960. Il a consacré sa thèse de doctorat, soutenue en 1973, à l’étude généalogique de l’ensemble de ce groupe (Chaventré, 1973). Il a par la suite effectué un travail biologique sur la base de ces généalogies (Chaventré, 1983), dont l’un des objectifs était de confronter les données familiales recueillies par tradition orale et formatées sous forme d’arbres généalogiques à divers marqueurs génétiques. Un résultat cohérent a été obtenu, notamment au niveau du cheminement de divers allèles rares trouvés chez les vivants.

    57Par la suite, Marie-Hélène Cazes a réalisé une recherche de démo-génétique sur un isolat du Mali, les Dogon de Boni (Cazes, 1993). Son objectif était de déterminer si ces derniers constituent un ensemble homogène du point de vue génétique ou si le relatif cloisonnement de chaque massif montagneux conduit à des populations sensiblement différentes génétiquement parlant. Concrètement, pour chaque individu (au nombre de 11293) ont été attribués : un numéro d’identifiant, l’état (mort ou vivant), le sexe, le nom, les dates de naissance et de décès, le numéro du père, celui de la mère, l’ethnie, le massif de résidence, le village et le quartier de naissance, le numéro de famille, le nombre de mariages et les numéros des conjoints successifs. En parallèle, 962 prélèvements sanguins ont été effectués en 1977 et 1978, ces informations ont été codées et rassemblées dans un fichier « génétique » informatique.

    58Chez les Dogon de Boni, une forte endogamie d’ethnie a été observée. Le facteur le plus déterminant de l’évolution de cette population étant sa subdivision en 4 entités distinctes. Il conduit à accélérer le processus de dérive génétique à l’intérieur de chaque sous-groupe, c’est-à-dire à appauvrir le patrimoine génétique qui s’homogénéise en raison des fluctuations aléatoires des fréquences géniques d’une génération à l’autre.

    59Ce recueil de généalogies fiables pour chacun des villages et sur six générations en moyenne, a fourni le matériel de base duquel découle toute l’étude génétique. C’est grâce au réseau généalogique qu’ont pu être analysés, dans la durée, les échanges matrimoniaux, le choix du conjoint, la consanguinité et l’origine génétique de la population. Ce type de données – indispensables pour une étude de génétique – est en fait, très utile dès que l’on veut analyser, avec un peu de recul, une population du point de vue de sa dynamique.

    60Néanmoins, la méthode de recueil des données généalogiques diffère selon la population étudiée. Dans le cas de cette enquête, c’est la mémoire orale qui avait prévalu. La présente recherche nécessite de se référer à des archives écrites.

    b. L’étude de la maladie de Rendu-Osler

    61En 1992, Guy Brunet a soutenu une thèse de doctorat en génétique des populations et démographie historique sur la complémentarité des recherches appliquées à l’étude de quatre maladies héréditaires (Brunet, 1992). Selon lui, il faut s’interroger sur le contexte social dans lequel les maladies héréditaires se diffusent.

    62Il s’est, par la suite, penché plus en avant sur la génopathie de Rendu-Osler (Bideau et al., 1980), maladie rare, létale, à hérédité autosomique dominante.

    63La découverte d’une concentration géographique a été l’amorce d’une enquête pluridisciplinaire. L’objectif principal était d’établir une banque de données démographiques et médicales conduisant à la reconstitution des familles par ordinateur puis à l’établissement des réseaux d’ascendance. Ses recherches ont mis en avant le fait que l’étude d’une mutation pathologique dans une population définie renvoie aussi bien à l’étude des faits de nature biologique qu’à des phénomènes liés au mouvement et aux structures de la population, ou aux caractéristiques des institutions et des structures sociales.

    64La maladie de Rendu-Osler étant alors un marqueur jouant un rôle d’indicateur, dans le temps et dans l’espace, des échanges sociaux et de leur évolution (Plauchu et Bideau, 1984), il a ainsi été prouvé que seule la démarche généalogique systématique permet de confirmer ou d’infirmer l’enracinement régional des familles des malades (Bideau et al., 1989).

    65Évelyne Heyer a consacré sa thèse de doctorat en génétique à cette même maladie à partir du fichier de population généalogique (Heyer, 1991). Son objectif était de mesurer la structure de cette population afin d’expliquer le maintien de la maladie. L’hypothèse d’une population isolée a été réfutée par une étude démographique qui a montré, au contraire, la présence d’une forte pression d’immigration et d’émigration. La population de la vallée de la Valserine, située dans le massif du Jura, est composée d’un noyau stable entouré d’une frange d’individus mobiles. Selon Évelyne Heyer, cette structuration n’est pas géographique mais dynamique : un individu du noyau contribue sur plusieurs générations à la population alors qu’un individu de la frange ne laisse, dans 70 % des cas, aucune descendance à plus de deux générations. Par la simulation de la transmission mendélienne sur les généalogies descendantes, elle a mesuré les conséquences de cette structure sur le devenir du patrimoine génétique de la population : mesure de la sélection, survie des allèles portés sur les premiers individus recensés dans la population, mesure de la variabilité génétique. Ainsi, environ 10 % des allèles portés par les individus actuels proviennent des premiers individus de la population. Du fait de la structure de la population, des allèles ancêtres se maintiennent en dépit de la forte immigration. Ainsi, la maladie de Rendu-Osler provient, vraisemblablement, des ancêtres vivant dans la vallée de la Valserine.

    c. Les liens entre géographie et mutations génétiques

    66En 1995, Gil Bellis a publié les résultats d’une étude géographique et généalogique menée depuis 1988 par le groupe d’étude des tumeurs à calcitonine (GETC) et l’Ined, sur la base du registre de malades créé par le GETC (Bellis et al., 1995). Les objectifs de cette étude étaient d’identifier, au moyen des généalogies, les apparentements existant entre les malades connus par chacun des registres nationaux, de permettre le diagnostic de forme familiale à l’occasion des apparentements de cas sporadiques, de localiser les foyers ainsi que l’origine géographique des mutations et de contribuer à la mise en place de mesures préventives.

    67La distribution géographique des ancêtres a permis de déceler l’existence de probables effets fondateurs en France. Les problèmes soulevés par cette recherche ont été évoqués dans cette publication. Il s’agit, entre autres, de la mobilité des familles, des changements de toponymes, des vérifications des données civiles impossibles et des sources incomplètes sur certaines périodes.

    68Une autre étude liant généalogie et biologie moléculaire a été réalisée sur des patients atteints de mucoviscidose nés à l’île de La Réunion (Duguépéroux et al., 2004). Des données concernant ces patients ont été extraites du Registre français de la mucoviscidose. Trois mutations ont représenté 75 % des allèles détectés sur l’île (F508del1, Y122X, et 3 120+1G > A.). Ingrid Duguépéroux et al. notent que la distribution des mutations pourrait être expliquée par l’histoire de l’île de La Réunion : « Ce petit territoire (environ 2 500 km2) a d’abord été peuplé par des colons français (46 hommes et 37 femmes) au xviie siècle. Aujourd’hui, la population est d’environ 706 300 habitants (recensement de 1999) ; elle est composée pour moitié de descendants d’origine européenne, dont 85 % de la première colonisation française, l’autre moitié de descendants d’origine africaine ou asiatique. Il est à supposer que la mutation Y122X était présente parmi les premiers colons français, sa forte fréquence étant probablement le résultat d’un effet fondateur et de l’isolement par rapport au continent, suivie par une dérive génétique2 » (p. 188, traduction libre). Cette étude de recherche des fondateurs n’a été rendue possible que sur un territoire géographiquement bien délimité. En outre, l’arrivée des premiers colonisateurs a été clairement identifiée. Ces deux critères ne sont pas réunis dans le cadre de la présente étude.

    69En 2007, Alain Bideau et Guy Brunet dressent un bilan de 30 ans d’étude de la maladie de Rendu-Osler en France (Brunet et al., 2009). Ils rappellent qu’une enquête épidémiologique menée dans les années 1980 a d’abord permis d’en établir la prévalence en France à un niveau nettement plus élevé que ce qui était alors admis, et de pointer l’existence de zones de forte concentration. Néanmoins, la vallée de la Valserine, en dépit des apparences, n’a pas révélé son caractère d’isolat ; au contraire, elle a plutôt joué le rôle de couloir de communication. De même, l’étude généalogique et l’étude de démographie historique qui ont suivi, centrées sur le principal pôle de concentration, n’ont pas pu prouver la théorie d’un effet fondateur unique à l’échelle nationale. Mais elles ont autorisé à émettre des hypothèses quant à la date d’apparition d’une mutation locale. Enfin, l’identification, au cours des dernières années, des gènes responsables de cette maladie a permis d’en établir l’hétérogénéité génétique et d’identifier un grand nombre de mutations différentes présentes sur le territoire français. Toutefois, de nombreux malades résidant dans le principal pôle de concentration étudié précédemment partagent une mutation unique. Au terme de cette étude, exceptionnelle par son aspect interdisciplinaire et sa durée, les différentes démarches convergent pour affirmer l’existence d’un effet fondateur local, et s’accordent sur une datation approximative de cette mutation.

    2. Des bassins génétiques

    70À une échelle bien plus vaste, on retrouve au Québec un fichier unique au monde. Gérard Bouchard et al. (Bouchard et de Braekeleer, 1990) y ont développé le fichier de population BALSAC. Cette banque de données informatisées permet la construction automatique des histoires familiales et des généalogies ascendantes ou descendantes. Les données qui nourrissent le fichier sont tirées principalement des actes de l’état civil (naissances, mariages, sépultures). L’objectif est de recouvrir l’ensemble de la population du Québec, depuis le début du peuplement au xviie siècle jusqu’à la période actuelle. Les travaux de construction du fichier ont commencé en 1972 à l’université du Québec à Chicoutimi. Complétés pour les régions du Saguenay et de Charlevoix, ils sont en cours dans les autres régions du Québec. Le fichier BALSAC est principalement utilisé dans le champ de la génétique humaine (génétique des populations, épidémiologie génétique) et appuie également divers travaux relevant des sciences sociales et historiques.

    71Le fichier central a d’abord été construit sur la base du signalement des individus et des familles, à partir des familles reconstituées. Puis des fichiers sectoriels ou périphériques ont été rajoutés contenant des données à caractère social, économique, culturel, etc., chacun de ces fichiers devant être jumelé au fichier central et aux informations qu’il contient déjà.

    72Le principe du fichier-réseau BALSAC est fondé sur la possibilité d’exploiter les données selon un axe aussi bien vertical (toutes formes de transmission) qu’horizontal (analyses fonctionnelles, interrelations).

    73Il a notamment permis de réaliser une étude sur cinq maladies autosomales récessives (l’ataxie spastique de Charlevoix-Saguenay, la polyneuropathie sensori-motrice, la tyrosinémie, le rachitisme vitamino-dépendant et la fibrose kystique) de l’Est du Québec, et, plus particulièrement, du Saguenay (Bouchard et de Braekeleer, op. cit.).

    74D’après Marc de Braekeleer, les gènes de ces maladies ont été introduits dans la population du Saguenay par immigration et le nombre d’immigrants-porteurs était vraisemblablement élevé.

    75Une fois la population installée, du fait d’un nombre restreint de fondateurs, on assiste à une dérive génétique lors de laquelle les fréquences alléliques fluctuent. Certains allèles augmentent en nombre alors que d’autres diminuent, voire disparaissent au fur et à mesure des générations. De façon statistique, on sait que ce phénomène concerne plus les allèles rares comme ceux associés aux maladies héréditaires.

    76Cependant, d’autres facteurs peuvent avoir un effet sur les fluctuations des fréquences alléliques dont certains relèvent des comportements et caractéristiques sociodémographiques des populations. Gérard Bouchard et Raymond Roy ont utilisé l’expression « effet fondateur et effets multiplicateurs dans la population de Saguenay » (Bouchard et Roy, 1990.) Dans l’article éponyme, ils prennent l’exemple de la population du Saguenay issue en majeure partie de Charlevoix (région située à l’est de la ville de Québec). « 75 % des immigrants venus au Saguenay entre 1838 et 1871 provenaient de cette région. En outre, dans une proportion semblable, les reconstitutions généalogiques réalisées à partir de couples saguenayens porteurs de gènes délétères pointent également vers cette région. » (op. cit., p. 165.) La vigueur de la fécondité saguenayenne est un fait : « pour les femmes mariées à 20 ans, dans la deuxième moitié du xixe siècle, le nombre moyen de naissances se situe entre 10 et 11. » (op. cit., p. 167.) Ce mode de reproduction a pu favoriser la multiplication des gènes mutants, s’ils étaient présents dans la population fondatrice. Or, au Saguenay, à l’effet fondateur de nature génétique et démographique, se sont conjugués des effets sociaux multiplicateurs. Il s’agit, notamment, de l’enracinement des familles sur le territoire, de pratiques d’alliances conjugales préférentielles qui privilégiaient les descendants de Charlevoix, d’une reproduction différentielle puisque les couples venus de Charlevoix laissaient au Saguenay plus d’enfants que les autres.

    77Ainsi, dans la région du Saguenay-Lac-Saint-Jean (SLSJ), les gènes des fondateurs, délétères ou non, se sont le plus largement diffusés, augmentant ainsi le nombre de porteurs possibles dans leurs descendants (Tremblay et al., 2003).

    78De nombreuses autres études ont été menées sur des maladies héréditaires, particulièrement dans la région du SLSJ au Québec. Cette région, relativement isolée du Nord-Est du Québec, a fait l’objet, notamment, d’études en démographie génétique qui ont montré une forte concentration de maladies rares (la tyrosinémie congénitale, la dystrophie myotonique de Steinert, la polyneuropathie sensitivomotrice, l’ataxie de Charlevoix-Saguenay, la dystrophie oculo-pharyngée, l’acidose lactique congénitale par déficit en cytochrome oxydase, la fibrose kystique, l’hémochromatose, le rachitisme vitamino-dépendant, etc.). Ces études sont utiles du point de vue de la localisation des gènes, des diagnostics, des traitements, de la prévention et en santé publique (Laberge et al., 2005a).

    79Au niveau des recherches récentes, on peut citer celles du groupe de recherche interdisciplinaire en démographie et épidémiologie génétique (GRIG) (site Internet : www.uqac.ca/balsac). Les travaux du GRIG ont comme objectif principal de développer les connaissances sur la formation, la stratification et la composition des bassins génétiques des populations régionales du Québec, afin de mieux comprendre la diversité génétique de la population québécoise et les maladies héréditaires qui s’y manifestent.

    80Hélène Vézina a, par exemple, développé une recherche sur l’introduction et la diffusion des mutations responsables du cancer du sein dans la population québécoise (Vézina et al., 2005a). La mutation R1443X liée à ce cancer est la plus commune dans la population québécoise. Elle a ainsi cherché à identifier les couples fondateurs qui auraient introduit la mutation sur le territoire afin d’analyser sa diffusion. Dix-huit généalogies ont été remontées et un couple fondateur a été identifié. En se fondant sur les généalogies descendantes, une concentration géographique des familles a été révélée.

    81Cette étude a le mérite de montrer une nouvelle fois que la génétique moléculaire et les analyses démographiques peuvent être complémentaires et avoir un impact concret sur les politiques de santé publique.

    82Lorsque l’on travaille sur une maladie qui est à la fois génétique, héréditaire et familiale, le travail pluridisciplinaire s’impose (encadré 2).

    83La génétique est une information nécessaire car ce sont les gènes qui servent de repère, de marqueurs biologiques. Le phénotype correspond à l’apparence de l’individu, à l’ensemble des caractéristiques que l’on peut mesurer ou qualifier et le génotype dépend de la collection de gènes dont a été dotée la personne lors de sa conception. L’étude de la transmission des caractères consiste à préciser l’interaction entre génotype et phénotype, en tenant compte, bien sûr du rôle du milieu.

    84L’information de base est donc la mutation, premier mécanisme responsable de la diversité génétique. Elle correspond à la modification brusque d’une séquence d’ADN qui va engendrer des changements structuraux ou fonctionnels chez l’individu. Les mutations vont pouvoir se transmettre à la descendance et avoir la capacité de se disséminer dans la population. En ce sens, il est intéressant de travailler sur des données familiales sur plusieurs générations.

    3. L’apport de la généalogie dans l’étude des maladies

    85L’étiologie de nombreuses maladies a progressé ces dernières années, notamment grâce à l’avènement de la génétique. Cependant, comme le disent Jean-Jacques Kupiec et Pierre Sonigo, « la génétique, théorie de l’hérédité, brise le lien matériel qui lie les ancêtres à leurs descendants et y substitue un lien virtuel, une information, un programme porté par une molécule magique, l’ADN » (Kupiec et Sonigo, 2000, p. 213).

    86Une démarche de recherche fondée sur la reconstruction généalogique a pour ambition d’humaniser l’information génétique en la reliant aux individus.

    Encadré 2. Maladie génétique, héréditaire et familiale
    Maladie génétique, héréditaire et familiale sont bien souvent confondues dans le langage courant. Une maladie génétique correspond à une affection apparue à un certain moment du développement embryonnaire. Elle touche le génome, c’est-à-dire le code génétique qui régit les fonctions de toutes nos cellules. Les maladies génétiques sont généralement liées à la mutation d’un gène.
    Une maladie héréditaire est transmise à l’enfant par un parent ou les deux. Il existe des maladies génétiques et héréditaires. C’est le cas de la mucoviscidose ; elle est génétique car elle résulte de l’affection d’un allèle et elle est héréditaire car elle est transmise par les parents, conjointement. On peut aussi dire que c’est une maladie familiale car on peut la retrouver chez plusieurs membres d’une famille, sur plusieurs générations.

    87Autrement dit, en s’appuyant sur des données moléculaires et sur leur chemin généalogique, on retisse le lien des malades avec leurs ancêtres.

    88Sur un plan méthodologique, on peut partir du document de référence publié en 1994 par Gil Bellis et Marc de Braekeleer sur la généalogie et la reconstitution familiale. Il y décrit les applications et les limites des généalogies et reconstitutions de familles en génétique humaine (de Braekeleer et Bellis, 1994).

    a. Généalogie et reconstitution familiale

    89Par généalogie, on entend l’identification des ascendants en ligne directe. « Une généalogie ascendante est un ensemble fini et structuré d’individus qui, tous, sont les ancêtres à différentes générations d’un individu distinct des précédents et que l’on appelle ego. Ego constitue le point initial alors que la fin d’une généalogie ascendante est indiquée par les ancêtres fondateurs, individus dont les parents sont inconnus, et par les semi-fondateurs, individus dont un seul des parents est inconnu » (Létourneau et Mayer, 1988, p. 215).

    90Généralement, une recherche généalogique commence par identifier les ancêtres d’un individu, génération par génération. Partant de ses deux parents, on identifie les quatre grands-parents, les huit arrière-grands-parents et ainsi de suite. À chaque génération, on multiplie par deux le nombre des ancêtres. Si on ne prend pas en compte les collatéraux, il s’agit d’une ascendance en ligne directe. L’individu à la base de la recherche généalogique est appelé proposant, propositus, probant, cas index ou encore ego.

    91Dans la reconstitution de familles, on identifie les ascendants, les descendants et toutes les personnes situées à un même niveau générationnel. La reconstitution se fait donc non seulement en ligne directe par rapport à un individu, mais aussi selon les lignes collatérales.

    92En termes de recherche médicale, une étude généalogique se révèle intéressante dans le cas où au moins deux individus sont porteurs du même allèle muté. Les généalogies en ligne ascendante directe sont particulièrement utilisées en génétique des populations, notamment pour analyser les chemins probablement pris par les gènes. Il s’agit alors de rechercher les ancêtres communs aux porteurs d’une même mutation, aussi loin que possible. Les généalogies ascendantes permettent ainsi de localiser géographiquement et dans le temps des ancêtres de porteurs d’une mutation, de rechercher des possibles avantages sélectifs, d’analyser l’influence de la consanguinité ou de l’apparentement mais aussi de faire de la prévention dans les bassins génétiques repérés, au niveau des descendants.

    93Alors que les reconstitutions de familles concernent plutôt l’épidémiologie génétique (l’étude des facteurs influant sur la santé et les maladies) et les applications cliniques.

    b. Un intérêt récent et utile

    94Les généalogies représentent un matériel de recherche fécond. En effet, elles permettent de tracer l’histoire biologique des êtres vivants. Elles décrivent les chemins par lesquels le patrimoine génétique collectif a été transmis de génération en génération. En ce sens, l’approche généalogique se montre originale dans la mesure où elle aborde les problèmes de santé individuels dans leur dimension familiale et permet une compréhension des particularités d’un individu en lien avec son contexte historique et culturel.

    95Néanmoins, la généalogie s’effectue majoritairement dans le cadre familial et très peu de projets ont été menés par la recherche scientifique. Mais, comme le signalent André Chaventré et Gil Bellis (Chaventré et Bellis, 1992), l’intérêt des biologistes, des généticiens et des épidémiologistes pour les études généalogiques est extrêmement récent. Ce sont surtout les progrès spectaculaires de la biologie moléculaire qui ont mis en évidence l’importance capitale des généalogies pour aider à résoudre certains problèmes et surtout pour mettre en place une méthodologie de la prévention.

    96En effet, la seule trace biologique laissée par les ancêtres décédés est constituée par les gènes qu’ils ont transmis à leurs enfants qui, de génération en génération, se retrouvent dans le patrimoine génétique des membres actuels du groupe. L’analyse à double composante, génétique et généalogique, permet d’ancrer le singulier dans le collectif.

    97La généalogie peut représenter alors un support d’information et de soutien psychologique pour les patients et leurs apparentés, notamment dans le cas de la mucoviscidose. Laëtitia Guéganton-Lebarrois a mis par exemple en évidence le fait que les parents, suite à l’annonce du diagnostic de mucoviscidose chez leur enfant, tentent de se construire une explication (Lebarrois, 1996). Il s’agit de comprendre l’étiologie et la raison de la survenue de la maladie alors que, du fait du caractère récessif du gène, il n’y a, le plus souvent, aucun antécédent familial connu de mucoviscidose. La maladie étant héréditaire, la recherche étiologique est ici plus culpabilisante qu’adaptative. Pour faire face, les parents la transforment en fatalité avec une recherche de « coupable » transgénérationnelle. Et, dans la pratique, on peut noter que les grands-parents sont victimes de cette recherche de « coupables ». On souligne, d’ailleurs, une certaine rivalité des lignées se rejetant la faute. Et, le sentiment de culpabilité personnelle au regard de la transmission génétique était a priori, plus important chez les grands-parents, que chez les parents.

    98Mais cette culpabilité d’avoir transmis la maladie peut se retourner contre soi : ainsi la mère de Mme F., citée par Laëtitia Guéganton, n’admet pas, non seulement d’avoir transmis le gène, mais de le porter elle-même. D’après Mme F, il s’agit pour elle d’une véritable honte de porter en elle ce qu’elle nomme une « tare ». D’une manière générale, la souffrance d’un enfant et son développement anormal représentent une blessure narcissique pour les parents. Ainsi, le handicap touche l’essence même de la famille car il est toujours associé à l’aspect héréditaire. Et c’est l’identité familiale toute entière qui est engagée dans ce drame.

    99La généalogie permet une véritable prise de conscience, pour les familles, de la dimension collective du phénomène de transmission. Il s’agit, alors, d’une approche collective et non plus individuelle de la mutation.

    100En outre, l’arbre généalogique peut servir de support pour expliquer les risques encourus par les membres de la famille élargie et l’intérêt d’un dépistage des apparentés. La généalogie est aussi un moyen de tisser un lien social, de parler de la transmission et du vécu familial en matière de maladies et de décès aussi bien au sein de la fratrie que de la famille élargie. Cette communication peut permettre, par la suite, de prendre conscience de son probable statut de porteur sain pouvant transmettre la maladie. Et l’on sait que plus les individus connaîtront le mode de transmission de la maladie et leur histoire familiale et mieux ils seront informés. En conséquence, ils pourront ainsi faire des choix éclairés si ceux-ci s’imposent face à une situation de transmission de la maladie.

    101Pour les familles, la généalogie représente donc un moyen d’information et de communication sur le mode de transmission du gène CFTR et la situation de porteur sain. L’arbre généalogique pourrait être une base concrète pour une éventuelle politique de prévention.

    4. Les difficultés liées à la recherche génétique et généalogique

    102Les études fondées sur les généalogies sont rares car elles nécessitent un long travail de reconstruction (encadré 3). De fait, il faut définir, si possible dès le départ, le but que l’on souhaite atteindre afin de collecter toutes les données répondant à cet objectif, mais uniquement celles-là car le chercheur ne dispose jamais d’assez de temps.

    103Il est donc nécessaire de définir :

    • le type de généalogie : généalogie ascendante ou généalogie descendante ; les collatéraux recherchés ;

    • le type d’information que l’on souhaite collecter : les actes d’état civil, les registres paroissiaux ou de catholicité, les données issues des recensements, les actes notariés, les actes relevant de la justice civile et criminelle, le cadastre, etc.

    104Les recherches médicales fondées sur la reconstitution de généalogies requièrent de regrouper un certain nombre de données sur les proposants, des informations sanitaires et d’état civil. En France, ces informations répondent à des procédures en termes de respect des règles éthiques, déontologiques et juridiques. La première étape consiste donc à obtenir une autorisation juridique de constitution d’une base de données par une déclaration à la Commission nationale de l’informatique et des libertés (Cnil). Une fois cette autorisation acquise il s’agit de rechercher les informations de base dans les dossiers médicaux et génétiques des patients. Il est alors nécessaire d’obtenir l’aval des directeurs d’hôpitaux et des généticiens. Ensuite, il faut avoir accès à leurs bases de données et aller rechercher les informations désirées.

    105Les renseignements de base ainsi recueillis (noms et prénoms des malades, mutations, date et lieux de naissance et éventuellement décès) les recherches généalogiques peuvent commencer.

    a. Les sources de base

    106La démarche consiste, en partant d’un individu défini, à trouver ses descendants et/ou ses ascendants grâce à un ou des documents établissant sans ambiguïté la parenté. En France, ces documents sont généralement conservés dans les mairies ou des services d’archives spécialisés. Mais, afin de protéger la vie privée, les actes notariés et les actes d’état civil détenus par l’administration ne sont communiqués qu’après un délai de 75 ans après la date de l’acte, sauf pour les décès (loi du 15 juillet 2008 relative aux archives). Si le proposant a moins de 75 ans, il faut donc demander une autorisation au procureur de la République du tribunal de grande instance (TGI) de son lieu de naissance, afin de consulter les registres d’état civil. Cette autorisation est généralement accordée pour un an.

    Encadré 3. Génétique et généalogie, propositions pour un cadre de recherches
    • Objectifs des études génétiques et généalogiques
    Il s’agit de rechercher les ancêtres de porteurs d’une mutation, aussi loin qu’il est possible. Et ce, afin de :
    – localiser géographiquement leurs ancêtres communs
    – rechercher les groupes fondateurs
    – vérifier s’il existe des avantages sélectifs
    – étudier l’influence de la consanguinité ou de l’apparentement
    – expliquer la distribution et la diffusion des gènes
    – travailler sur la prévention au niveau des descendants
    – etc.
    • Méthodes et procédures
    1. Cadrer sa recherche (objectifs, types de généalogies, informations à recueillir)
    2. Demander des autorisations (Cnil, TGI, équipes médicales)
    3. Recueillir des informations sur les proposants (centre de soins, institut de génétique)
    4. Rechercher les ancêtres proches (demander des copies d’actes en mairie)
    5. Établir l’ascendance (collaborer avec les cercles généalogiques, mettre en place des consignes de recherche)
    6. Stocker les données dans un logiciel adapté (capacité, numérotation individuelle, export)
    • Difficultés et limites
    – les autorisations administratives
    – les limites de l’état civil (actes manquant, illisibles, limités dans le temps, les fausses déclarations)
    – la mobilité familiale
    – la nécessité d’auxiliaires pour la recherche généalogique et le développement des outils d’analyse
    – le regroupement des arbres généalogiques de plusieurs proposants (problème de logiciels, de doublons, de cohérence orthographique, etc.)
    – la liaison avec des logiciels d’exploitation des données (anonymisation, statistiques, calculs, cartographies, schémas).

    107Regrouper les preuves d’une ascendance nécessite un véritable travail de patience. La reconstitution familiale peut s’avérer difficile selon le niveau de mobilité des ancêtres. En effet, la dispersion territoriale des familles introduit nécessairement une discontinuité dans la recherche d’actes d’état civil, voire des abandons suite à des recherches infructueuses. En effet, les documents sont éparpillés dans les différents services d’archives au gré des déménagements des ancêtres. Certains actes peuvent être introuvables, d’autres illisibles, l’information peut aussi être imprécise, si par exemple les parents ne sont pas cités. En outre, les actes sont limités dans le temps, il est rare de remonter au-delà du xvie siècle, or les mutations sont souvent apparues bien avant. On se trouve donc limité dans la recherche par la date des données. Notons enfin que les actes d’état civil renseignent sur les liens sociaux, qui ne sont pas nécessairement les liens biologiques. Autrement dit, le père déclaré à l’état civil n’est pas toujours le géniteur.

    108Malgré tout, une grande rigueur est nécessaire pour conduire une recherche généalogique : à chaque fois qu’une nouvelle parenté semble être établie, il faut s’attacher à démontrer que la déduction effectuée est la seule envisageable. En effet, il est fréquent que dans une même génération et en un même lieu, plusieurs personnes portent les mêmes noms et prénoms. On trouve même parfois des couples portant les mêmes noms et prénoms. Lorsqu’on ne dispose plus d’actes permettant d’établir de manière explicite la filiation, il faut redoubler de précaution : trouver d’autres actes étayant l’hypothèse. Et, en cas d’incertitude, d’absence de preuve certaine, il faut consigner que la filiation n’est pas prouvée autant pour pouvoir pousser les investigations par la suite que pour informer les autres généalogistes dans l’éventualité d’un échange de données généalogiques.

    109Les centres généalogiques sont d’une aide précieuse dans les recherches. Ils fournissent des conseils, des copies de relevés, des microfilms d’actes, etc. Ils gèrent aussi d’énormes bases de données qui sont mises en ligne sur Internet. Ces bases de données sont alimentées par des relevés, faits en mairie et/ou aux archives par des bénévoles, d’actes de naissances, mariages et décès. Les recherches généalogiques ont profité largement, ces dernières années de l’essor du développement des techniques informatiques. Le recueil d’information a gagné en rapidité et en qualité.

    b. Quelle méthode adopter ?

    110Les données recueillies doivent être enregistrées de manière organisée pour pouvoir être exploitées. Aujourd’hui les données sont souvent rapportées dans des logiciels spécialisés. Pour chaque ancêtre on établit une fiche dans laquelle sont consignés divers renseignements, selon l’objectif initial : nom et prénom, date et lieu de naissance, date et lieu de décès, date et lieu de mariage, nom et prénom du conjoint, dates, lieux et prénoms des enfants, etc. Pour identifier chaque ancêtre, un numéro personnel est affecté à tous les individus recensés dans la base de données.

    111Les projets de recherches fondés sur l’exploitation des généalogies sont encore relativement rares. Et il existe peu de méthodes décrivant le processus à suivre pour mener à bien ce type de recherche.

    112La technique la plus connue des démographes historiques est la méthode de reconstitution des familles à laquelle est attaché le nom de Louis Henry (Henry et Blum, 1988). Ce procédé basé sur l’exploitation des registres de naissances, de mariages et de décès permet de reconstruire les familles. Ces reconstitutions donnent lieu, par la suite, à des mesures de la fécondité, de la nuptialité et de la mortalité, mais aussi au suivi des parcours de vie individuels et familiaux. Cependant, cette technique est appropriée quand elle porte sur un petit nombre de ménages souvent peu mobiles.

    113Cette méthode ne peut s’appliquer à notre recherche établie sur les liens entre génétique et généalogie. En effet, nous avons opté pour une reconstitution des généalogies ascendantes, sans collatéraux. Il a donc fallu élaborer une méthode de travail adaptée au sujet de recherche. Les caractéristiques génétiques des patients étant connues, l’objectif principal était de rechercher les ancêtres de porteurs d’une mutation aussi loin que possible, en ascendance directe. Les premières générations jusqu’au début du xxe siècle ont été reconstruites par l’investigateur principal du projet grâce à des copies d’actes obtenues dans les mairies. Puis les recherches sur les générations suivantes ont été remontées par des bénévoles des centres de généalogies. Il a fallu créer des réseaux, communiquer sur le projet, les besoins, établir des consignes de recherches.

    c. Les écueils

    114À ce stade, on se rend bien compte que la pluridisciplinarité est déjà de mise. En effet, ce type d’étude nécessite des connaissances médicales, génétiques, historiques, généalogiques, mais aussi des qualités en termes de communication, de gestion de projets.

    115Malgré tout, la difficulté principale à laquelle est confronté tout chercheur qui fonde ses travaux sur la reconstitution généalogique est la gestion d’un grand nombre de données. En effet, le nombre d’ancêtres doublant à chaque génération, nous avons théoriquement 512 ancêtres à la 10e génération et plus de 524 000 à la 20e. Cette masse de données imposante nécessite une capacité de stockage des informations.

    116Une autre difficulté résulte dans le fait que nous ne travaillons pas sur une généalogie mais plusieurs. Et ces différentes généalogies s’entremêlent. D’un point de vue technique, cela suppose un traitement particulier des doublons, et une identification personnelle de chaque individu. En effet, une personne peut être présente dans plusieurs ascendances, c’est ce qu’on appelle un doublon, or dans la base de données il est important qu’elle n’apparaisse qu’une fois, en tant qu’individu unique. Le fichier doit être exempt de doublons. Afin de limiter ce risque, il est important d’accumuler un certain nombre d’informations personnelles sur chaque individu : date et lieux de naissance, mariage, décès. Et, le fichier nécessite un suivi des mises à jour car, malheureusement, il naît régulièrement des nouveau-nés atteints de maladies héréditaires.

    117En outre, des choix de méthodologies doivent être faits et les problèmes de définition de la population interviennent alors. En effet, on a une population de référence représentée par les malades. À partir de là, on peut choisir comme population de base de l’étude, les parents, porteurs sains d’une seule mutation. En parallèle, comme population témoin, on peut avoir des non-porteurs, ascendants de malade ou non. On se rend bien compte qu’il faut être rigoureux dans la définition même de la population de l’étude.

    118Ensuite, il est nécessaire de pouvoir traiter toutes ces données. Or, la plupart des logiciels de généalogie sont inadaptés. Et quant il s’agit de mettre en place des analyses fondées sur des algorithmes, un export des données s’avère nécessaire. Il faut donc être vigilant sur les qualités d’exportation du logiciel de stockage. En effet, aucun logiciel commercial n’est, à notre connaissance, capable de répondre à des besoins spécifiques d’analyses tels que, par exemple, des calculs de consanguinité, de parenté sur plusieurs généalogies simultanément ou encore l’identification d’un ancêtre commun à plusieurs proposants. Il est donc nécessaire de créer les outils d’analyse, ce qui rend, bien souvent, le chercheur dépendant d’un développeur en informatique. Or, comme les bases de données sont en constante évolution, chaque nouveau traitement ou calcul demande de faire appel au développeur. De même, à chaque changement de version du logiciel de généalogie, il est nécessaire de réadapter les outils de calculs.

    119Les techniques de visualisation des données sont aussi bien insuffisantes. Les réseaux de parenté, les systèmes de relations ne sont pas représentés graphiquement à l’échelle de plusieurs familles.

    120Une telle base de données est un instrument complexe, long à construire et lourd à exploiter. Cependant, des progrès importants ont été réalisés, grâce à l’informatique, sur le plan des méthodes de saisie, de validation des données, des techniques de gestion de fichier et de l’équipement lui-même.

    121En résumé, ce travail est un travail de reconstruction, il n’y a rien de novateur dans la méthode, la généalogie existe depuis très longtemps, l’une des nouveautés est d’éclairer la situation de ces généalogies par la biologie moléculaire, une donnée rare dans le contexte de données historiques qui fait le lien entre quelque chose de très moderne et technique avec le passé des individus. La difficulté réside dans le développement de cette technicité requise pour rassembler des données de manière à les rendre lisibles, exploitables et en retirer des indicateurs qui permettront d’offrir des réponses aux questions exprimées par les malades et leurs familles.

    Footnotes

    1 Dans un souci de lisibilité, la nomenclature usuelle du gène codant pour la mucoviscidose sera utilisée plutôt que la nomenclature internationale recommandée par le Human Genome Variation Society.

    2 “This small territory (about 2500 km2) was first populated by French settlers (46 men and 37 women) in the 17th century. Today, the population is about 706,300 inhabitants (1999 census), composed of one half of European ancestry, of wich 85 % descent from the first French « continental » settlers, the other half of African or Oriental ancestry. It is presumes that the Y122X mutation was present among the French first settlers, its high frequency being probably the result of a founder effect and isolation from the mainland, followed by genetic drift.”

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    1 Dans un souci de lisibilité, la nomenclature usuelle du gène codant pour la mucoviscidose sera utilisée plutôt que la nomenclature internationale recommandée par le Human Genome Variation Society.

    2 “This small territory (about 2500 km2) was first populated by French settlers (46 men and 37 women) in the 17th century. Today, the population is about 706,300 inhabitants (1999 census), composed of one half of European ancestry, of wich 85 % descent from the first French « continental » settlers, the other half of African or Oriental ancestry. It is presumes that the Y122X mutation was present among the French first settlers, its high frequency being probably the result of a founder effect and isolation from the mainland, followed by genetic drift.”

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    • Solliec, Tanguy. (2021) Des pages d’un atlas linguistique à une fenêtre sur l’histoire, le cas du breton. Résultats d’une analyse dialectométrique appliquée au Nouvel Atlas linguistique de la Basse‑Bretagne. Géolinguistique. DOI: 10.4000/geolinguistique.5990
    • Pellen, Nadine. Solliec, Tanguy. (2021) Dialectometry and Genetic Demography of Cystic Fibrosis. When Results Converge: The Case of Western Brittany. Studia Celto-Slavica, 12. DOI: 10.54586/NJGT6315

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