150 à 400 g d’aliments et boissons fermentées sont consommées par jour et par personne dans le monde, ce qui représente selon les pays de 5 à 40 % de la prise alimentaire. Plus de 5 000 aliments fermentés sont répertoriés et parmi eux des fleurons des cultures locales. La fermentation, via l’action des microorganismes sur des matières premières extrêmement variées, a sécurisé et diversifié notre alimentation depuis plus de 10 000 ans. Issus d’une longue tradition, durables, d’une infinie diversité aromatique, et contenant des quantités élevées de microorganismes vivants, les aliments fermentés ont une place particulière au cœur de nos régimes alimentaires.

Une longue histoire et une extraordinaire diversité

2Lors de la fermentation, les microorganismes transforment les matières premières, via des modifications biochimiques. Celles-ci limitent la croissance des germes indésirables entraînant un allongement de la conservation (sécurisation), et génèrent parallèlement des goûts, couleurs et textures variés (diversification). Parmi ces modifications figurent la consommation des sucres, la production d’acides organiques, ainsi que la production de centaines de composés aromatiques. Un grand nombre de matières premières d’origine animale ou végétale peuvent être fermentées, : lait, viande, poisson, œufs, céréales (riz, maïs, blé, seigle, avoine, sorgho, mil), fruits et légumes (choux, olives, cornichons, soja, haricot, carottes, manioc), cacao ou thé, et dans le but particulier de générer des boissons alcoolisées : raisin, malt, orge, et canne à sucre – cette liste n’est pas exhaustive. Entre l’Europe, l’Afrique, l’Inde, ou l’Asie, selon les ressources locales, la carte des matières premières fermentées diffère grandement.

3En revanche, les produits finis sont toujours des aliments à forte valeur ajoutée culturelle et gustative : pain, fromages, yaourts, charcuterie, condiments, sauces aromatiques, choucroute et innombrables aliments végétaux fermentés en Asie sans oublier le vin et la bière, présents sur tous les continents. Sous l’appellation générique « fromage », « bière » ou « sauce de soja », des centaines de variantes existent selon les pratiques locales avec une remarquable diversité organoleptique. Ainsi, l’homme a développé un grand savoir-faire empirique autour de la fermentation, savoir qui fait partie du patrimoine alimentaire d’une région, et ce bien avant la reconnaissance par Pasteur en 1865 du rôle joué par les microorganismes. Par ailleurs, les aliments fermentés traditionnels sont durables par essence, issus de la conjonction des ressources locales et de la créativité de l’homme, et impliquant des procédés réalisables sans équipement particulier, et sans chaîne du froid. Enfin, quand les ressources naturelles sont peu diversifiées (comme le poisson chez les Inuits) ou produites de manière saisonnière, la fermentation a permis d’établir des régimes assez diversifiés pour permettre la survie dans des biotopes extrêmes, autre forme de durabilité.

Les aliments fermentés sont des produits « vivants »

4La plupart des aliments fermentés contiennent des niveaux élevés de micro-organismes vivants, d’1 million à 10 milliards par gramme. Depuis Pasteur, des générations de microbiologistes ont exploré les espèces présentes, leur contribution à la qualité finale du produit, et constaté une grande diversité d’acteurs : bactéries, levures et champignons. Cet écosystème microbien* provient de la matière première, de l’environnement, des pratiques de fabrication et parfois d’un ajout empirique de levains. Il varie donc dans le temps.

5La maîtrise de ces flux microbiens a toujours été un défi, qui devient abordable aujourd’hui avec les outils de métagénomique*. Au XX^e siècle, la volonté de rationnaliser à grande échelle la production de ces aliments et de garantir l’absence totale de pathogènes a entraîné l’avènement de levains dont la biodiversité est très réduite au regard des fabrications artisanales, appauvrissement dont on ignore encore les conséquences en termes de santé.

Intérêt nutritionnel des aliments fermentés

6Les aliments fermentés contiennent une biomasse microbienne élevée. Si la maîtrise de ces écosystèmes microbiens* progresse, on sait peu de choses des effets pour l’homme de leur consommation régulière. Dans une période de montée des pathologies liées à l’alimentation, d’augmentation des allergies, de fragilisation d’une partie de la population, la question mérite d’être posée.

7Au regard des travaux actuels, la fermentation augmente la valeur nutritionnelle des aliments. En effet, les micro-organismes peuvent produire in situ des vitamines (B ou K) ou des acides aminés essentiels, et inactiver des facteurs antinutritionnels (fractions non comestibles de l ‘ aliment). Elle peut aussi augmenter la digestibilité du produit via une hydrolyse* partielle des sucres (c’est le cas du yaourt dont le lactose est prédigéré par les ferments lactiques), elle peut réduire l’allergénicité des protéines végétales par une hydrolyse partielle. Outre la transformation biochimique bénéfique de la matière première, d’autres pistes existent quant au bénéfice nutritionnel : quel est l’effet sur le système immunitaire et sa maturation de la consommation depuis le plus jeune âge d’aliments avec des niveaux élevés de micro-organismes vivants et diversifiés ? Cet écosystème alimentaire peut-il influencer même transitoirement la composition ou l’activité du microbiote* intestinal, dont on connait désormais les liens étroits avec la santé de l’homme ?

8Enfin, dans les pays en voie de développement, la part des produits fermentés dans la sécurisation de l’alimentation (par la préservation des matières premières) et dans l’apport de micronutriments n’a pas été explorée à la mesure des enjeux de santé voire de survie des populations concernées. Sains, durables, sources d’innovation mais aussi accessibles aux plus pauvres, les aliments fermentés représentent une dimension essentielle dans l’alimentation humaine.